Endodontik infeksiyonların yeni nesil sekanslama metoduyla analizi
Next generation sequencing analysis of endodontic infections
- Tez No: 433340
- Danışmanlar: DOÇ. DR. EBRU ÖZSEZER DEMİRYÜREK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Diş Hekimliği, Dentistry
- Anahtar Kelimeler: Endodontik infeksiyonlar, endodontik mikrobiyoloji, pirosekanslama, pulverizasyon, Endodontic infections, endodontic microbiology, pulverization, pyrosequencing
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Endodonti Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 129
Özet
Amaç: Bu tez çalışmasının amacı primer ve sekonder/persistan endodontik infeksiyonlarda kanal içindeki mikrobiyotanın yeni nesil sekanslama tekniği ile bakteriyel komünite profilini araştırmaktır. Çalışmanın sıfır hipotezi, primer ve sekonder/persistan endodontik infeksiyonlar arasında mikrobiyal komünite profilleri açısından fark olmadığıdır. Materyal ve Metot: Çalışmaya 20 primer endodontik ve 20 sekonder/persistan endodontik infeksiyonlu 40 diş dahil edildi. Dişler atravmatik şekilde çekildikten sonra kriyojenik pulverizasyonla toz haline getirildi. Toz haline getirilen örneklerden mikrobiyal DNA ekstrakte edildi. 16S rRNA geninin V4 bölgesinde 454 GS FLX pirosekanslama analizi uygulandı. Bulgular: 40 örnekten toplam 2.606.128 dizi okuması, örnek başına 64.700 adet kaliteli okuma gerçekleştirildi. Çalışmada toplam 14 filum, 29 sınıf, 47 takım, 85 aile, 160 cins ve 368 tür saptandı. Her iki grupta en sık saptanan filum Proteobacteria oldu. İki grup arasında filum, cins ve tür sayısı açısından anlamlı fark saptanmadı (P>0,005). 4 primer endodontik infeksiyon örneğinde Methanibrevibacter oralis ve Candidatus nitrosoarchaeum limnia arkeaları saptandı. Sonuç: Sekonder/persistan endodontik infeksiyonların mikrobiyal komünitelerinin primer endodontik infeksiyonlar kadar çeşitli ve zengin olduğu gösterilmiştir. Primer endodontik infeksiyonlardan ilk defa Thaumaracheata filumuna ait Candidatus nitrosoarchaeum limnia türü saptanmıştır.
Özet (Çeviri)
Aim: This thesis study aims to investigate the intracanal microbial profiles of primary and secondary/persistent endodontic infections using next generation pyrosequencing method. The null hypothesis was that there is no difference in diversity of overall bacterial community profiles of primary and secondary/persistent endodontic infections. Material and Method: The study included a total of 40 teeth, which 20 of them with primary endodontic infection and 20 with secondary/persistent endodontic infections. Following atraumatic extraction, the specimens were cryogenically pulverized. Microbial DNA was extracted from tooth powders. 454 GS FLX pyrosequencing analysis was performed to V4 region of 16S rRNA gene. Results: Pyrosequencing analysis resulted a total of 2.606.128 sequences from 40 specimens and 64.700 high quality sequences per specimen. 14 phylum, 29 class, 47 order, 85 family, 160 genera and 368 species were detected in all specimens. There was no statistically significant difference regarding diversty and richness of phylum, genera and species (P>0.005). Methanibrevibacter oralis and Candidatus nitrosoarchaeum limnia archaeas were identified from 4 samples. Conclusion: The present pyrosequencing study demonstrates that persistent infections have as diverse bacterial community as primary infections. The archaea Candidatus nitrosoarchaeum limnia was detected in root canal of a tooth with endodontic infection for the first time.
Benzer Tezler
- Primer ve sekonder endodontik enfeksiyonlardaki bakteriyel mikrobiyomun yeni nesil dizileme yöntemi ile metagenomik analizinin yapılması
Metagenomic analysis of bacterial microbiome in primary and secondary endodontic infections by next generation sequencing method
BERTAN KESİM
Doktora
Türkçe
2022
Diş HekimliğiMersin ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEDA TEZCAN ÜLGER
- Türkiye'de diş hekimleri ve endodonti uzmanları tarafından endodontik enfeksiyonların tedavisinde sistemik antibiyotik kullanımının değerlendirilmesi
Evaluation of the use of systemic antibiotic in the treatment of endodontic infections by dentists and endodontists in turkey
AYGÜL ÇİL
Diş Hekimliği Uzmanlık
Türkçe
2021
Diş HekimliğiErciyes ÜniversitesiEndodonti Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURAK SAĞSEN
- Çocuk hastalarda görülen endodontik enfeksiyonlarda antibiyotik kullanımı hakkında diş hekimliği öğrencilerinin bilgi düzeylerinin değerlendirilmesi
Evaluation of the knowledge level of dentistry students about the use of antibiotics in endodontic infections in pediatric patients
GİZEM KARAGÖZ DOĞAN
Diş Hekimliği Uzmanlık
Türkçe
2021
Diş HekimliğiDicle ÜniversitesiÇocuk Diş Hekimliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ İSMET REZANİ TOPTANCI
- Periodontal-endodontal sorunlu dişlerin pzr analiz yöntemi kullanılarak mikrobiyolojik ve klinik değerlendirilmesi
Clinical and microbiologic evaluation of teeth with periodontal-endodontic problems using pcr analyze
ATA DEVRİM ÇAĞLAYAN
- Süt dişi kanallarından Enterococcus faecalis izolasyonu, kültürel ve moleküler yöntemlerle tanılanması ve antibiyotik duyarlılık profillerinin saptanması
Isolation of Enterococcus faecalis from permanent tooth root canals and identification by culture and moleculer methods and detection of antibiotic susceptibility
SEMİHA ÇETİNEL AKSOY