Investigating the functional mechanisms of proteolysis via FTIR and CD spectroscopy
Proteolizin fonksiyonel mekanizmalarının FTIR ve CD spektroskopisi ile incelenmesi
- Tez No: 749543
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ BURÇAK ALP, DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜNNUR GÜLER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Ekonomi Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 63
Özet
Peptit bağlarının enzimatik parçalanması proteoliz olarak bilinir ve protein polipeptit zincirinin enzimlerle peptit bağlarını parçalayarak bozulmasına neden olan doğal bir süreçtir. Proteoliz mekanizması ilaç, gıda ve biyoteknoloji sektörlerinde önemli bir yere sahiptir. Bu çalışmada, hidroliz sırasında sıcaklıkla birlikte hem su-etanol karışımları hem de döteryum oksit tamponu varlığında β-kazeinin zamana bağlı moleküler değişikliklerini incelerken aynı zamanda su-etanol karışımında sığır serum albümininin (BSA) moleküler değişimlerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Bu çalışmada β-kazeinin sekonder yapısındaki değişiklikler Fourier dönüşümlü kızılötesi (FTIR) spektroskopisi ile izlenirken, BSA'nın sekonder yapı değişiklikleri Dairesel Dikroizm (CD) spektroskopisi ile incelenmiştir. Her iki spektroskopik tekniğin uygulanabilirliği, farklı sıcaklıklarda ve farklı tampon koşullarında β-kazein ve BSA'nın triptik hidrolizi sırasında spektral değişikliklerin izlenmesiyle gösterilmiştir. FTIR spektroskopisi sonuçlarına göre en önemli değişiklikler amid I ve amid II bölgelerinde (1700-1500 cm-1) meydana gelmektedir. Ayrıca serbest bırakılan ürünler olarak karboksil gruplarının (asimetrik gerilme titreşimleri: vas(COO-)) ve NH gruplarının (NH eğilme titreşimleri) IR sinyalleri 1585-1613 cm-1 aralığında yükseldiği gözlemlendi. β-kazeinin konformasyonel değişikliklerinin izlenmesi için gelişmiş veri analizi uygulandı. Ayrıca, FTIR spektroskopisi sonuçlarına 'iki boyutlu korelasyon spektroskopisi (2DCOS) analizi' ve 'curve-fitting analizi' uygulanmıştır. CD spektroskopi sonuçlarından elde edilen verilerle, etanol varlığında BSA'nın yapısal bileşenlerinin hidroliz sırasında parçalandığı ve bozulduğu ortaya konulmuştur. Sonuç olarak, bu çalışmada biyoteknolojik teknikler ve proteomik çalışmalara fayda sağlayacak yeni metodolojik yaklaşımlar aydınlatılmıştır.
Özet (Çeviri)
The enzymatic breakdown of peptide bonds is known as proteolysis and it is a natural process that causes protein polypeptide chain to degrade via cleaving peptide bonds with enzymes. The proteolysis mechanism has significant importance in the pharmaceutical, food and biotechnological sectors. This study aimed to explore the time-dependent molecular alterations of β-casein in the presence of both water-ethanol mixtures and deuterium oxide buffer whereas the molecular alterations of bovine serum albumin (BSA) in water-ethanol mixtures together with the heat treatment throughout the hydrolysis. In this study, the alterations in the secondary structure of β-casein were monitored with Fourier transform infrared (FTIR) spectroscopy while the secondary structure changes of BSA were monitored with Circular Dichroism (CD) spectroscopy. The applicability of both spectroscopic techniques was attempted to be demonstrated by monitoring spectral changes during tryptic hydrolysis of β-casein and BSA at different temperatures and in different buffer conditions. According to the results of FTIR spectroscopy, the most significant alterations occur in the amide I and amide II regions (1700-1500 cm-1). Furthermore, as liberated products, the infrared signals of carboxylate groups (asym. stretch vibrations: vas (COO-)) and NH groups (NH bending vibrations) rise in the range of 1585-1613 cm-1. For monitoring the conformational changes of β-casein, advanced data analysis was applied. Furthermore, 'two-dimensional correlation spectroscopy (2DCOS) analysis and curve-fitting analysis were applied to the FTIR spectroscopy results. CD spectroscopy results revealed that with the addition of ethanol, the structural components of BSA broken down and degraded upon hydrolysis. In conclusion, new methodological approaches were elucidated that will be beneficial to the biotechnological techniques and proteomics studies.
Benzer Tezler
- Polimerik fotobaşlatıcıların sentezi ve fotofiziksel ve fotokimyasal özelliklerinin incelenmesi
Synthesis and investigation of photochemical and photophysical properties of polymeric photoinitiator
İSMAİL GÖKHAN TEMEL
- Investigation of the effects of the bag-1 – hsc70/hsp70 interaction on the bag-1 complexes in erad mechanism and ubiquitin/proteasome system
Bag-1 – hsc70/hsp70 etkileşiminin erad yolağı ve ubikitin/proteazom sistemindeki bag-1 komplekslerine olan etkisinin incelenmesi
EZGİ BAŞTÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Biyofizikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- N-alliloksi piridinyum tuzlarının katyonik polimerizasyonda başlatıcı olarak kullanımı
Thermally induced radical promoted cationic polymerization using a novel n-allyloxy pyridinium salt
VİLDAN BACAK
- Ürtiker ve nötrofilik ürtikerli (ürtikeryal vaskülit) hastalarda serum endokan düzeyinin araştırılması
Investigation of serum endocan levels in patients with urticaria and neutrophilic urticaria (urticarial vasculitis)
MESUT ÖNDEŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
DermatolojiPamukkale ÜniversitesiDeri ve Zührevi Hast. Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞENİZ ERGİN
- EIF2 alfa fosforilasyonu üzerinden gerçekleşen ökaryotik translasyonel kontrol mekanizmasına yeni ilaç etken maddelerinin etkisinin proteom ebadında araştırılması
Investigation of new pharmaceutical active molecules on eukaryotic translational control mechanisms through EIF2 alpha phosphorylation by proteomic tools
SELEN PEKER
Doktora
Türkçe
2016
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATMA DUYGU ÖZEL DEMİRALP