Evaluation of different citrus varieties under huanglongbing constraints: Selection of genotypes with greater huanglongbin tolerance
Farklı narenciye çeşitlerinin huanglongbıng toleransı bakımından değerlendirilmesi: Huanglongbıng toleransı yüksek genotiplerin seleksiyonu
- Tez No: 749717
- Danışmanlar: PROF. DR. HÜLYA İLBİ, DR. ALİCİA AYERDI-GOTOR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: narenciye, huanglongbing, kalloz, mikrocitrüs, ploidy, primer tasarımı, qPCR
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tohumluk Bilimi ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 69
Özet
Huanglongbing (HLB) veya narenciye yeşillendirme şu anda dünya çapında narenciye endüstrisi için büyük bir tehdittir. Floem kısıtlı gram negatif α- proteobacteria, turunçgil HLB'sine neden olur ve tüm narenciye çeşitlerini ve hatta bazı narenciye akrabalarını enfekte edebilir. Bakterilerin üç formu (Candidatus Liberibacter asiaticus [CLas], Canditatus Liberibacter africanus [CLaf] ve Candidatus Liberibacter americanus [CLam]) tanımlanmıştır. Psyllids (Asya narenciye psyllid - Diaphorina citri ve Afrika narenciye psyllid - Trioza erytreae) bakterileri iletir. CLas ve Asya narenciye psyllid kombinasyonu, dünya çapında en fazla ekonomik kayba neden olan ve bu çalışmanın odaklandığı Karayip bölgesidir. Enfekte ağaçlarda önemli fizyolojik bozukluklar meydana gelir, bu da meyve kalitesini ve üretimini büyük ölçüde düşürür ve sık sık ağaç ölümüne neden olur. Bakteri, floem elek plakasında kalloz sentezinden sorumludur, bu da bitişik elek elemanları arasında bağlantı sağlayan gözeneklerin tıkanmasına yol açar, böylece yapraklarda sentezlenen şekerlerin ve nişastaların diğer bitki organlarına simplastik taşınmasını sınırlar. Semptomatik ve asemptomatik yaprakların yaprak sapı örneklerinin SEM analizleri, kalloz birikimini ve dolayısıyla bakterilerin varlığını açıkça gösteren fenotiplemenin bir parçası olarak yapıldı. Tüm Narenciye türleri HLB'ye duyarlıdır ve semptomlar tarlada değişen derecelerde gözlemlenebilir. Şimdiye kadar, ilgili türlerde, özellikle turunçgillerle cinsel olarak uyumlu yabani Avustralya turunçgil akrabalarında (Eremocitrus ve Microcitrus cinsi) katı direnç bulunmuştur. Triploid Tahiti kireci (Citrus latifolia), diğer diploid narenciye çeşitlerine kıyasla narenciye yeşillenmesine karşı daha 8 fazla tolerans gösterir. Bu tezde, HLB toleransı sağlayan genlerin tespiti için farklı diploid ve triploid turunçgil çeşitlerinin genetik değerlendirmesi yapılmıştır. Kapsamlı bir literatür çalışmasıyla HLB toleranslı 28 gen keşfedildi. Genleri tespit edecek primerler, NCBI'nin bir primer tasarım platformunda tasarlandı ve hem narenciye hem de mikro turunçgil genomu için uyumlu olacak şekilde yeniden kontrol edildi. Değerlendirme qPCR kullanılarak yapıldı. Tez kapsamında DNA ve RNA ekstraksiyonu için farklı kitler test edildi. Daha sonra en iyi performansı gösteren genler, ticari olarak önemli narenciye çeşitlerine tam direnç kazandırmak için bir MABC yetiştirme planında gen istiflenmesi için kullanılacaktır.
Özet (Çeviri)
Huanglongbing (HLB) or citrus greening is presently a major threat to the citrus industry worldwide. A phloem-restricted gram-negative α-proteobacteria causes citrus HLB and it can infect all the citrus cultivars and even some citrus relatives. Three forms of the bacteria (Candidatus Liberibacter asiaticus [CLas], Canditatus Liberibacter africanus [CLaf] and Candidatus Liberibacter americanus [CLam]) have been identified. Psyllids (Asian citrus psyllid - Diaphorina citri, and the African citrus psyllid - Trioza erytreae) transmit the bacteria. The combination of CLas and Asian citrus psyllid is the one that causes most economic losses worldwide and Caribbean region where this study is focused for. Infected trees present important physiological disorders, inducing hugely decreasing fruit quality and production, and frequent tree death. The bacteria is responsible for the synthesis of callose at the phloem sieve plate, leading to the obstruction of the pores that provide connections between adjacent sieve elements, thus limiting the symplastic transport of the sugars and starches synthesized in leaves to the other plant organs. SEM analyses of petiole samples of symptomatic and asymptomatic leaves was performed as a part of phenotyping that clearly show the callose deposition and thus the presence of the bacteria. All Citrus species are susceptible to HLB, and the symptoms can be observed in varying degrees in the field. So far, strict resistance has been found in related genera, particularly in wild Australian citrus relatives (Eremocitrus and Microcitrus genus) sexually compatible with citrus. Triploid Tahiti lime (Citrus latifolia) also presents with greater tolerance for citrus greening compared with other diploid citrus varieties. In this thesis, genetic evaluation of different diploid and triploid citrus varieties was performed for detection of genes that confer HLB tolerance. HLB tolerant 28 genes were discovered through an extensive literature study. The primers to detect the genes were designed on a primer designing platform of NCBI and rechecked to be compatible for both citrus and microcitrus genome. The evaluation was performed using qPCR. Different kits for DNA and RNA extraction were tested as a part of the thesis. The genes performing the best would then be used for gene stacking in a MABC breeding plan to confer complete resistance to commercially important citrus varieties.
Benzer Tezler
- İnsansız hava aracı ve yersel hiperspektral veriler ile narenciye ağaçlarında verim tahmini
Yield estimation of citrus trees with unmanned aerial vehicle and terrestrial hyperspectral data
MESUT ÇOŞLU
Doktora
Türkçe
2023
Mühendislik BilimleriAkdeniz ÜniversitesiUzaktan Algılama ve Coğrafi Bilgi Sistemleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NAMIK KEMAL SÖNMEZ
- Bazı turunçgil tür ve çeşitlerinde mutasyon ıslahıyla elde edilen genotiplerin soğuğa toleranslarının biyokimyasal analizlerle değerlendirilmesi
Evaluation of the cold tolerance with some biochemicals analyses in the genotypes obtained from mutation breeding in some citrus species and cultivars
ZEYNEP ERYILMAZ
Doktora
Türkçe
2019
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAMİDE GÜBBÜK
- Bazı limon (Citrus limon L.) çeşitlerinin kalitesi üzerine farklı hasat sonrası uygulamalarının etkisi
Effects of different postharvest treatments on quality of certain lemon (Citrus limon L.) cultivars
ASİL MERVE TOPÇU
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
ZiraatBolu Abant İzzet Baysal ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ İHSAN CANAN