Mapping of newly developed genomic simple sequence repeat markers to lentil (Lens culinaris Medik.) genome
Yeni geliştirilen genomik SSR markörlerin mercimek (Lens culinaris Medik.) genomuna haritalanması
- Tez No: 752343
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MELİKE BAKIR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Mercimek, Bağlantı haritası, Simple Sequence Repeats, Recombinant Inbred Lines, Lentil, Linkage map, Simple Sequence Repeats, Recombinant Inbred Lines
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 81
Özet
Mercimek (Lens culinaris ssp. culinaris), 4063 Mbp haploid genom boyutuna sahip, otogam ve diploid (2n = 2x = 14) bir serin iklim baklagilidir. Ekonomik önemi, zengi protein içeriğine sahip olmassı nedeni ile insanlar ve hayvanlar için önemli bir gıda kaynağı olmasından kaynaklanmaktadır. Aynı zamanda kök nodülasyonu ve azot fiksasyonu için Rhizobia bakterileri ile olan simbiyotik ilĢkisi nedeni ile toprak verimliliği için de oldukça önemlidir. Bu tez çalıĢmasında, Saskatchewan Üniversitesi/Canada'da EstonxPI320937'nin melezlenmesi ile oluĢturulan ve 71 F7 RIL hattını içeren LR-39 populasyonu kullanılarak mercimekte yeni geliĢtirilen SSR markörlerinin mercimek genomuna moleküler haritalanması amaçlanmıĢtır. Toplamda, 100 SSR markörü kullanılmıĢ, bunlardan 12 adedinin polimorfizm gösterdiği belirlenmiĢve bağlantı haritalaması için kullanılmıĢtır. Bağlantı analizi sonucunda, 10 asdet SSR markörünün toplam uzunluğu 19.2cM olan iki bağlantı grubuna (LG) eĢleĢtiği belirlenmiĢtir. Bağlantı gruplarından LG-1, 8 markörden oluĢmuĢ ve 4.8cM'lık bir alanı kaplamıĢ, LG-2 ise 2 markörden oluĢmuĢ ve 14.4cM uzunluğunda bir alanı kaplamıĢtır. Polimorfizm gösteren 12 SSR marköründe 2 adedi bağlantı göstermemiĢtir. Mercimek genomunun 7 kromozomundan 2'sini kapsayan bu harita mercimek genomunu kısmen temsil ediyor olsa da, ileride yürütülecek haritalama çalıĢmaları ve markör destekli seleksiyon çalıĢmaları için kullanılabilir niteliktedir.
Özet (Çeviri)
Lentil (Lens culinaris ssp. culinaris) is an autogamous diploid (2n = 2x = 14), cool season food legume with a haploid genome size of 4063 Mbp. Its economic importance is not only owed to the rich protein content that provides nourishing diets to humans and animals, but also the soil fertility management orchestrated by the root nodulation and the symbiotic relationship with rhizobia for nitrogen fixation. In this study, molecular mapping of newly developed SSR markers to the lentil genome was actualised using an LR-39 population of 71 F7 RIL lines that was created by the hybridization of EstonxPI320937 at the University of Saskatchewan/Canada. In total, 100 SSR markers were used for analysis, however, 12 of them showed polymorphism and were used for linkage mapping. Linkage analysis revealed that 10 SSRs mapped into two linkage groups (LGs) covering a total length of 19.2cM. LG-1 consisting of 8 markers spanned 4.8cM and LG-2 mapped a length of 14.4cM for 2 markers. Out of the 12 SSR markers, 2 SSR markers were found unlinked. This map that covers 2 of the 7 lentil chromosomes partly represents the lentil genome, but could be used for further mapping studies, marker assisted selection and identification of QTLs linked to specific agronomic traits.
Benzer Tezler
- Mercimekte (Lens culinaris Medik.) AG ve AC mikrosatellitlerince zenginleştirilmiş genomik kütüphanelerden yeni ssrs (simple sequence repeats) markörlerin geliştirilmesi ve diğer baklagil türlerine transfer edilebilirliğinin test edilmesi
Development of new ssr (simple sequence repeats) markers for lentils (Lens culinaris Medik.) from genomic library enriched with AG and AC microsatellites and transferabilitiy of other legume species
ŞEHRİBAN DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
ZiraatErciyes ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MELİKE BAKIR
- Sığır 7'inci kromozomu (BTA7) üzerinde ovulasyon oranı QTL bölgesinde yeni mikrosatellit belirteç geliştirme yöntemleri
Developing of additional microsatellite markers on targeted regions containing ovulation rate QTL of bovine chromosome 7(BTA7)
HASAN KOYUN
- Cloning sequencing and expression of L-lactate dehydrogenase gene from Clostridium thermocellum and isolation, characterization and transformation of various cellulolytic, thermophilic, ethanol-producing bacteria
Clostridium thermocellum'dan L-laktat dehidrogenaz geninin klonlanması ekspresyonu ve çeşitli sellülolitik, termofilik, etanol üreten bakterilerin izolasyonu, karakterizasyonu ve transformasyonu
MELEK ÖZKAN
Doktora
İngilizce
2002
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
DOÇ. DR. ZÜMRÜT ÖGEL
- Antep fıstığı SSR lokuslarından yeni ISSR primerlerinin geliştirilmesi
Development of new ISSR primers from pistachio SSR loci
ÖZNUR KARADUT
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Ekmeklik buğdayda yeni geliştirilmiş EST kökenli mikrosatellit markırlarının farklı tahıl türleri arasında aktarılması
Transferring of newly developed bread wheat EST-derived microsatellite markers among different crop species
YELİZ ASLAN