Sığır 7'inci kromozomu (BTA7) üzerinde ovulasyon oranı QTL bölgesinde yeni mikrosatellit belirteç geliştirme yöntemleri
Developing of additional microsatellite markers on targeted regions containing ovulation rate QTL of bovine chromosome 7(BTA7)
- Tez No: 154811
- Danışmanlar: PROF.DR. HAYRETTİN OKUT
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Zooloji, Zoology
- Anahtar Kelimeler: BTA7 gen haritası (karşılaştırmalı, fiziki ve RH), gen belirteç-ilişkili seleksiyon (MAS), heterolog PCR, mikrosatellit gen belirteçleri, ovulasyon oram QTL, sığır genomik BAC kütüphanesi, Bovine genomic BAC library, BTA7, gene mapping of BTA7 (comparative, synteny and RH mapping), heterolog PCR, marker-assisted selection (MAS), microsatellite markers, ovulation rate QTL. m
- Yıl: 2004
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yüzüncü Yıl Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Zootekni Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZET SIĞIR 7'İNCİ KROMOZOMU (BTA7) ÜZERİNDE OVULASYON ORANI QTL BÖLGELERİNDE YENİ MİKROSATELLİT BELİRTEÇ GELİŞTİRME YÖNTEMLERİ KOYUN, Hasan Doktora Tezi, Zootekni Anabilim Dalı Tez Danışmanı: Prof. Dr. Hayrettin OKUT Ağustos 2004, 69 sayfa İkiz doğum, buzağıda düşük yaşama gücü, inekte ise güç doğuma neden olan verim olduğundan dolayı, bir çok süt ve et üreticisi tarafından istenmeyen bir özelliktir. Ovulasyon oranına etkiyen genlerin haritalanması (QTL Haritalama) üremenin genetik kontrolünü anlamamızı daha da kolaylaştıracaktır. Daha önceki çalışmalara dayalı olarak, ovulasyon oram QTL'i sign kromozomlanndan 5, 7 ve 19. sunda (BTA5, 7 ve 19) oldukları belirlenmiştir. Ovulasyon oram QTL'i için istatistiksel kanıtlar BTA5 ve 19 için önemli olmasına karşılık BTA7 üzerinde önerilen düzeyde anlamlı bulunmuştur. İlginç bir şekilde, BTA7 üzerinde iki ovulasyon oram QTL'i, 5 ve 57 çM'luk bölgelerinde haritalanmıştır. BTA7'nin QTL haritalama çalışmaları bu kromozomdaki mikrosatellit belirteçlerinin yeterli sayıda olmamaları yüzünden etkin bir şekilde yürütülememektedir. Bundan dolayı BTA7 üzerindeki ovulasyon oram QTL bölgelerini daha iyi belirlenebilmesi için olası QTL bölgelerindeki gen belirteçlerinin sayıca yoğunumun arttırılmasına gereksinim vardır. Bu çalışmada, domuzun 2. (SSC2) ve insamn 5. (HSA5) kromozomlarının karşılaştırmalı genetik harita (KGH) bilgileri kullanılarak BTA7'deki ilgi alam içerisinde yer alan QTL'le bağlı mikrosatellit gen belirteçleri geliştirilmeye ve BTA7 üzerindeki yerlerinin belirlenmesine çalışılmıştır. KGH ve fiziki (synteny) kromozom haritası bilgilerinden yola çıkılarak, domuzda daha önceden geliştirilen mikrosatellitler sığır genomik DNA'sında öncül (primer) olarak kullanılmış, bunların hiç birinin BTA7 üzerinde olmadıkları, buna karşılık 12 adet insan mRNA oligolanndan sadece üçünün BTA7 üzerinde oldukları gözlenmiştir. Ayrıca sığır genomik BAC kütüphanesinin yansırım PCR ve hibridizasyon yöntemleri ile taranması suretiyle dört yeni mikrosatellit geliştirilmiş, bunlardan birinin MARC- ikizlik deney sürüsünde polimorfik yapıda olduğu gözlenmiştir. BTA7 üzerinde oldukları saptanan insan mRNA oligolan ile birlikte yeni mikrosatellitlerin radyasyon hibrit panel yardımı ile BTA7'nin gen haritası(RH) çıkartılmıştır. QTL bölgesinin daha doğru olarak saptanması hem gen belirteç-ilişkili seleksiyon (MAS) uygulamaları hem de insan ve fare KGH çalışmalarında sığırdaki aday QTL ve lokuslarnun belirlenmesi bakımından önemlidir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT DEVELOPING OF ADDITIONAL MICROSATELLTTE MARKERS ON TARGETED REGIONS CONTAINING OVULATION RATE QTL OF BOVINE CHROMOSOME 7 (BTA7) KOYUN, Hasan PhD. Thesis, Department of Animal Science Advisor: Prof. Dr. Hayrettin OKUT August 2004, 69 pages Twin birth is undesirable by most dairy and beef producers and associated with a number of detriments including lower calf survival and poorer cow reproductive performance. Mapping QTL for ovulation rate will enhance to understand of the genetic control of reproduction. Based on previous efforts, ovulation rate QTL have been detected on BTA5, 7 and 19. Statistical evidence for QTL on BTA5 and 19 is with significant linkage level whereas for BTA7 is at the suggestive linkage level. More interestingly, two QTL detected on BTA7 have been mapped at 5cM and 57cM. Nevertheless QTL mapping efforts of BTA7 are currently hindered due to lack of sufficient numbers of microsatellite markers. In order to make more precise estimation of the locations for QTL on BTA7, it is necessary to increase marker density in the potential QTL containing regions. In this research, comparative map information coming from swine and human was used to identify genes in the regions of interest Out of this information and synteny mapping, swine microsatellites being used as primers in bovine genomic DNA were not observed on BTA7 whereas only three human mRNA oligos were detected on BTA7. In addition, screening half of a bovine genomic BAC library by PCR and hibridization, four new additional microsatellite markers, one of which is polymorphic in MARC-twinning cattle herd were developed. Newly developed markers and human mRNA oligos were mapped on BTA7 by radiation mapping (RH). More precise localization of QTL is important for both applications of marker-assisted selection (MAS) and comparative mapping efforts of human or mouse in order to map bovine candidate ovulation rate QTL.
Benzer Tezler
- Differential expression of proteins in active and inactive phases of Behçet's syndrome
Behçet sendromunun aktif ve inaktif fazlarında farklı protein ekspresyonları
KIYMET ASLI KİREÇTEPE AYDIN
Doktora
İngilizce
2019
Tıbbi Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- A linkage analysis and a genome-wide association study on familial multiple sclerosis
Ailesel multipl skleroz'da bağlantı analizi ve genom çapı ilişkilendirme çalışması
ELİF EVEREST
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Inactivation of bovine liver arginase by 1-ethyl-3 (3-dimethy-laminoprophy) carbodiimide
Başlık çevirisi yok
E.SUNA TÜRKOĞLU
- A.Ü. Ziraat Fakültesi Araştırma Uygulama Çiftliği sığır ve kuzu besicilik faaliyetlerinin ekonomik analizi ve işgücü istekleri üzerine bir araştırma
A Research on the economic analysis and the labour requirements of the cattle and lamb fattening enterprises on the research and application farm of the agriculture faculty of Ankara University
DENİZ ISITAN
- Samsun yöresinde tropikal theileriosise karşı aşılanan sığırlarda saha çalışmaları
Başlık çevirisi yok
MUSTAFA AÇICI
Doktora
Türkçe
1998
Veteriner HekimliğiAnkara ÜniversitesiVeterinerlik Parazitolojisi Ana Bilim Dalı
PROF.DR. AYŞE ÇAKMAK