Correction of artifacts in formalin-fixed paraffin-embedded tissue section images with contrastive unpaired image-to-image translation
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 753261
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ESİN ÖZTÜRK IŞIK, DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET TURAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Biyo-Medikal Mühendislik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 56
Özet
Formalin-fiksasyon ve parafine gömme (FFPE), 19. yüzyılın sonlarından beri histoloji ve patolojide kullanılan bir örnek hazırlama ve koruma tekniğidir. FFPE numunelerinin hazırlanması karmaşık, uzun ve standardize edilmesi zor bir süreç olduğundan ve dokunun karmaşık histolojik ve sitolojik özelliklerinden dolayı FFPE slaytları genellikle kusurlar içerir. Kusurlar doku sabitleme, işleme, gömme, mikrotomi, boyama ve kapatma sırasında ortaya çıkar. Bu kusurlar, görüntülerde artefakt olarak adlandırılır; boyama tutarsızlıklarını, doku kıvrımlarını, gevezeliği, kalem izlerini, bulanıklığı, hava kabarcıklarını ve kontaminasyonu kapsayan bir terimdir; ek olarak diğer kusurlar. Dijital patoloji için FFPE slaytlarındaki yapaylıkları düzelten, eşleştirilmemiş bir görüntüden görüntüye çeviri yaklaşımı olan FFPE++ öneriyoruz. Yöntemimiz, uzamsal dikkat bloğu ve kendi kendini düzenleme kaybı ile karşılaştırmalı öğrenmeyi kullanan ve hem dokusal detayların görünürlüğü hem de hücresel özellikler açısından daha yüksek kaliteye yol açan derin öğrenmeye dayalı bir yaklaşımdır. Kurul onaylı 10 patolog, FFPE++ yöntemimiz ile yumurtalık, tiroid ve akciğerin standart FFPE bölümleri arasında karşılaştırmalı testler gerçekleştirerek, yaklaşımımızın histopatolojik tanı için görsel olarak tutarlı görüntülerle sonuçlandığını gösterdi.
Özet (Çeviri)
Formalin-fixation and paraffin-embedding (FFPE) is a specimen preparation and preservation technique that has been used in histology and pathology since the late 19th century. Because the preparation of FFPE specimens is a complex, lengthy, and difficult to standardize process, and due to the complex histological and cytological characteristics of tissue, FFPE slides often contain defects. Defects arise during tissue fixation, processing, embedding, microtomy, staining, and coverslipping. These defects are referred to in images as artifacts, a term which encompasses staining inconsistencies, tissue folds, chattering, pen marks, blurring, air bubbles, and contamination, in addition to some other defects. We propose an unpaired image-to-image translation approach, FFPE++, which corrects artifacts in FFPE slides for digital pathology. Our method is a deep-learning-based approach which uses contrastive learning with spatial attention block and self-regularization loss, leading to higher quality in terms of both the visibility of textural details and cellular features. 10 board certified pathologists have performed comparative tests between our FFPE++ method and the standard FFPE sections of the ovary, thyroid, and lung, showing that our approach results in visually coherent images for histopathological diagnosis.
Benzer Tezler
- Sayısal çıkarmalı anjiyografide görüntü artifaktlarının polinom yaklaşımlı geometrik dönüşümle düzeltilmesi
Polynomial based geometric correction of artifacts in digital subtraction angiography
KALİ GÜRKAHRAMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2001
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. AHMET SEMİH BİNGÖL
- Yapay açıklıklı radar görüntülerindeki atmosferik bozuklukların küresel konum belirleme sistemi ile düzeltilmesi
Correction of atmospheric artifacts over synthetic radar interferometry images with global positioning systems
MEHMET UĞUR ALTIN
Doktora
Türkçe
2013
Jeodezi ve Fotogrametriİstanbul Teknik ÜniversitesiGeomatik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERGİN TARI
- Hiperpolarize Ksenon-129 Kullanarak Manyetik Rezonans Görüntülemede Spiral K-uzayı Artefaktlarının Giderilmesi ve Darbe Sekansı Stratejilerinin Geliştirilmesi
Reconstruction of Spiral K-Space Artefacts and Improving Pulse Sequence Strategies in Magnetic Resonance Imaging Using Hyperpolarized Xenon-129
ÖZGÜN BORAY YURDAKOŞ
Doktora
Türkçe
2024
Bilim ve TeknolojiEge ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZKAN DOĞANAY
- Joint sparsity-driven inversion and model error correction for SAR imaging
SAR görüntüleme için ortak seyreklik güdümlü geriçatım ve model hatası düzeltimi
NAİME ÖZBEN ÖNHON
Doktora
İngilizce
2012
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiSabancı ÜniversitesiElektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MÜJDAT ÇETİN
- A subject-specific correction of four-dimensional flow magneticresonance images for cerebrospinal fluid flow measurements
Başlık çevirisi yok
SELIN YAVUZ ILIK