Geri Dön

Peptitlerin altın (Au) {111}-yüzeyi ile etkileşimlerinin incelenmesi

Analysis of peptide - gold (Au) {111}-surface interactions

PDF İndir

  1. Tez No: 756294
  2. Yazar: DİDEM ÖZKAYA
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ERSİN EMRE ÖREN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: TOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Mikro ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 70

Özet

Proteinler ve peptitler, doğada yaşam için gerekli olan, metabolik reaksiyonları katalize etme, DNA replikasyonu, moleküler taşınım, yumuşak ve sert doku (kemik, diş) oluşumu da dahil olmak üzere çok çeşitli hayati işlevler ve süreçlerde yer alırlar. Günümüzde, protein ve peptitler biyonanoteknolojide inorganik malzemeler (Ag, SiO2, TiO2, Pd, Pt, grafene, hidroksiapatit, vb.) ile bütünleşmiş bir şekilde, biyosentez, biyoalgılayıcılar, ilaç taşınımı ve hedeflenmesi gibi çeşitli alanlarda kullanılmaktadır. Burada, peptitlerin malzemelere spesifik olarak bağlanabilmeleri cihaz performanslarını etkilemektedir. Spesifik bağlanma peptitlerin amino asit sekanslarına ve dolayısı ile yapılarına bağlıdır. Günümüzde, inorganik malzemelere bağlanabilen peptitler doğadan esinlenerek ve/veya deneysel kombinatoryal seçim yöntemleri kullanılarak bulunmaktadır. Bu nedenlerle, inorganik malzemeler ile peptitler/proteinler arasındaki etkileşimlerin anlaşılması ve istenilen malzemeye özgü ve istenilen özelliklerde peptit/protein tasarımı teknolojik gelişim için çok önemlidir. Altın, iletken bir inorganiktir ve yüzey modifikasyonuna uygundur ve peptitlerle modifiye edildiğinde biyogörüntüleme, biyosensörler, kanser tedavisi ve ilaç taşınımı gibi pratik uygulamalarda kullanılabilir. Bu tez kapsamında, peptitlerin Au {111}-yüzeyi ile etkileşim mekanizmasını anlamak için atomistik modelleme yöntemleri (NAMD) kullanılmıştır. Yapılan çalışmalar ile altına bağlandığı bilinen peptitlerin bağlanma mekanizmaları ortaya çıkarılmış, buna ek olarak peptitlerin amino asit dizilimleri ve Au {111}-yüzeyleri ile bağlanma yapıları ve afiniteleri optimize edilerek peptit tasarlanmıştır.

Özet (Çeviri)

Proteins are known to have a role in mineral nucleation, growth, and structure creation, as well as providing molecular scaffolding for the formation of soft and hard tissues such as bone and dental tissues. Today in bionanotechnology, proteins and peptides are used in various fields such as biosynthesis, biosensors, drug delivery and targeting, integrated with inorganic materials (Ag, SiO2, TiO2, Pd, Pt, graphene, hydroxyapatite, etc.). Here, specific binding of peptides to materials affects device performance and this specifity is related to peptide sequences and structures. Today, these peptides are selected with inspration from nature or combinatorial selection methods. So, a deeper understanding of interactions between inorganic materials and peptides/proteins and design of peptides with desired specifity and properties is very important for the improvement of technology. Gold is a highly conductive inorganic and amenable to surface modifications. When gold is functionalized with peptides, it has practical applications such as bioimaging, biosensors, cancer therapy and drug delivery. In this research, we use atomistic methods (NAMD) to understand how peptides interact with Au {111}-surface. In this study, the binding mechanisms of well known peptides that binds to Au {111}-surface are found out. In addition, two peptides are designed via optimization of peptide sequences, binding structures and affinities to Au {111}-surface.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    315327

    Langmuir Blodgett assembly of peptide functionalized nanoparticles onto silicatebased surfaces and their characterization

    Peptit ile fonksiyonlandırılmış nanoparçacıkların Langmuir Blodgett yöntemi ile silika tabanlı yüzey üzerine kaplanması ve karakterizasyonu

    NUR MUSTAFAOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Nanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA ÜRGEN

  2. Tez No

    352370

    Peptit bağlı altın nanoparçacıklar kullanarak bazı eser elementlerin ayrılması

    Separation of some trace elements using peptide bound gold nanoparticles

    GİZEM GEDİK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SÜLEYMAN AKMAN

  3. Tez No

    817350

    Lipoik asit'in UV ışığı altında plazmonik (Altın ve Gümüş) nanopartiküllerin sentezi, stabilizasyonu ve faz transferinde kullanımının incelenmesi

    Investigation of the use of lipoic acid in the synthesis, stabilization and phase transfer of plasmonic (Gold and Silver) nanoparticles under UV light

    NİMET TEMÜR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyoteknolojiErciyes Üniversitesi

    Nanobilim ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İSMAİL ÖÇSOY

    DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜVEN AKÇAY

  4. Tez No

    405048

    Molecular recognition based self assembly of engineered proteins on nanoscaled gold surfaces

    Nano-ölcek metal yüzeylerde moleküler tanıma esaslı kendiliğinden montaj olabilen protein tasarımı

    BANU TAKTAK KARACA

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Biyokimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CANDAN TAMERLER

    YRD. DOÇ. DR. BÜLENT BALTA

  5. Tez No

    506327

    Synthesis, physicochemical characterization, and biosensing applications of gold nanoparticles

    Altın nanoparçacıkların sentezi, fizikokimyasal karakterizasyonu ve biyoalgılayıcı olarak uygulamaları

    MELEK ÜÇÜNCÜ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Biyoteknolojiİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SERDAR ÖZÇELİK

Geri Dön