Molecular diagnosis with exome sequencing re-analysis of undiagnosed and rare diseases
Tanısız ve nadir hastalıklarda yeniden ekzom dizileme analizi ile moleküler tanı
- Tez No: 760874
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZDEN HATIRNAZ NG, DR. ÖZKAN ÖZDEMİR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoistatistik ve Tıp Bilişimi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 115
Özet
Nadir hastalıklar, Avrupa'da 2000 kişiden birini etkileyen hastalıklar olarak tanımlanmaktadır. Literatüre göre halihazırda bilinen 7000 farklı hastalık nadir olarak kabul edilmektedir ve nadir hastalıkların %80'i genetik temellidir. Daha önce tanımlanan hastalıklar ile açıklanamamış veya bugüne kadar yeterli tanı testlerinin bulunmaması nedeniyle teşhis koyulamayan nadir hastalıklardan etkilenen bireyler de mevcuttur. Tanı yöntemlerindeki gelişmeler, genetik bozukluklarda tanı oranlarını artırmıştır. Günümüzde yeni nesil dizileme, tüm genomun yüksek çözünürlüklü taranmasını sağlayan, moleküler teşhiste en yaygın kullanılan yöntemlerden biridir. Bununla birlikte, yeni nesil dizileme uygulamalarının başarı oranları %50'nin altındadır. Geliştirilen yeni teknolojilerin yanı sıra artan literatür bilgileri, gelişen biyoinformatik analiz araçları ve daha kapsamlı filtreleme yöntemleri ile bugüne kadar üretilmiş yeni nesil dizileme verilerinin başarı oranlarını artırmak mümkündür. Bu araştırmanın bir parçası olarak, nadir görülen hastalıkların teşhisi için özel olarak tasarlanmış bir biyoinformatik iş akışı geliştirdik. Farklı algoritmalarla geliştirilen birden fazla varyant çağırıcıyı birleştirerek, bir genomdaki tüm tek nükleotid varyantlarını, insersiyon-delesyon varyantlarını ve yapısal varyantları bulmayı hedefledik. Ayrıca klinisyenler tarafından hazırlanan derin fenotipleme ile gen listelerimizi büyüttük ve daha geniş bir filtreleme gerçekleştirdik. Çalışmalar sonucunda birçok hasta tanısız kalmaya devam etti. Bunun dışında iki hastada kesin tanı alırken, diğer üç hastanın varyantı doğrudan hastalıkla ilişkilendirilemedi, ancak güçlü adaylar olarak bildirildi. Bu çalışmada derin fenotipleme ve genişletilmiş filtrelemenin önemini ve nadir hastalıklar için geliştirdiğimiz ACUGEN iş akışının daha önce tanı alamamış hastaların yeniden analiz yoluyla tanı alabileceğini gösterdik.
Özet (Çeviri)
Rare diseases are described as affecting one in 2000 people in Europe. According to the literature, there are already known 7000 different conditions considered rare, and 80% of rare diseases have a genetic background. There are rare disease patients who have not been diagnosed with previously described disorders or because adequate diagnostic tests are not available to date. Improvements in diagnostics methods have increased the rates of diagnosis of genetic diseases. Nowadays, next-generation sequencing is one of the most widely used molecular diagnostics methods that provide high-resolution screening of the entire genome. Nevertheless, the success rates of next-generation sequencing applications are less than 50%. Apart from the new technologies developed, it is possible to increase the success rates of the next generation sequencing data produced until today, with the increasing literature information, development of bioinformatics analysis tools and more comprehensive filtering methods. We developed a pipeline specifically designed for the diagnosis of rare diseases as part of this research. By combining multiple variant callers developed with different algorithms, we aimed to find all single nucleotide variants, insertion-deletion variants, and structural variants on a genome. In addition, we expanded our gene lists with deep phenotyping prepared by clinicians and performed more extended filtering. Many patients went undiagnosed as a result of the studies. Aside from that, two patients had a definitive diagnosis, and three other patients' variants could not be associated with the disease directly, but they were reported as strong candidates. We demonstrated the importance of deep phenotyping and extended filtering in this study and how the ACUGEN pipeline we developed for rare diseases enables previously undiagnosed patients to be diagnosed through re-analysis.
Benzer Tezler
- Nadir metabolik hastalıklarda tüm ekzom dizileme verilerinin biyoinformatik analizleri ile fenotipten sorumlu varyantların değerlendirilmesi
Bioinformatics analysis and variant interpretation of whole exome sequencnig data in inborn errors of metabolism
CAN KOŞUKCU
Doktora
Türkçe
2024
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıHacettepe ÜniversitesiPediatrik Temel Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RIZA KÖKSAL ÖZGÜL
- Doğuştan immün kusuru olan hastaların genetik analiz sonuçlarının retrospektif değerlendirilmesi
Retrospective evaluation of the genetic analysis results of the patients with inborn errors of immunity
MEHMET GÖKCÜ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Allerji ve İmmünolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ALPER HAN ÇEBİ
- Moleküler tanısı olmayan primer siliyer diskinezi ön tanılı hastaların tüm ekzom dizileme analizi verilerinin retrospektif olarak yeniden değerlendirilmesi
Retrospective evaluation of whole exome sequencing data of patients with suspected primary ciliary dyskinesia without molecular diagnosis
TİLBE HAKÇIL ÖZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
GenetikGazi ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜLSÜM KAYHAN
- Kalıtsal karaciğer hastalıklarına sebep olan gen mutasyonlarının tüm ekzom sekanslama yöntemi ile araştırılması
Investigation of gene mutations causing hereditary liver diseases by whole exome sequencing method
SERAY BOZKURT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET OKAY ÇAĞLAYAN
- Molecular and functional investigation of disease-associated cytoskeletal proteins protrudin and MYO1H
Hastalık ilişkili sitoskeletal proteinler protrudin ve MYO1H'nin moleküler ve fonksiyonel araştırılması
ECE SELÇUK ŞAHİN
Doktora
İngilizce
2024
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ