Transcript variants of CELF2 gene as unique prognostic indicators in breast cancer
Meme kanserinde CELF2 geninin özel prognostik göstergeler olarak transkrip çeşitleri
- Tez No: 761622
- Danışmanlar: Prof. Dr. ALİ OSMAY GÜRE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 81
Özet
Meme kanseri (MK) tüm dünyada kadınlarda en sık görülen malign tümördür. Bu hastalık için bir tedavi bulmanın yanı sıra, klinisyenlerin uygun tedaviyle müdahale etmesine ve MK'nin ilerlemesini önlemesine yardımcı olabilecek prognostik biyobelirteçleri belirlemek de önemlidir. Mevcut biyobelirteç tanımlama yöntemleri, esasen çok genli prognostik imzalara dayanır. Fakat tümörlerin yüksek heterojenliği nedeniyle, bu çoklu gen imzalarının tutarlılığı şüphelidir. Sonuç olarak temel amacımız, MK'de güvenilir bir prognostik biyobelirteç belirlemek için kapsamlı bir analiz yapmaktı. Daha önce, sekiz karnitin metabolitinden oluşan bir grup ve SAH, MK'de kötü bir prognozla bağlantılıydı (Dr. Waqas Akbar, Yayınlanmamış Veriler). Korelasyon analizi kullanarak bu metabolitlerle ilişkili genleri keşfettik ve ardından CELF2'yi MK'de iyi bir prognostik biyobelirteç olarak tanımladık. CELF2 geninin prognostik rolunu RNA-Seq ve Microarray veritabanlarinda insilico doğruladık. CELF2 1554569_a_at probeset'inin, olumlu bir prognoz yönü ile ilişkisi açısından 202157_s_at probset'inden daha tutarlı olduğunu gösteriyoruz. Diğer probset ile karşılaştırıldığında, CELF2 – 202157_s_at daha yüksek seviyelerde ve daha geniş bir doku aralığında ifade edilir. İn-vitro immünohistokimya doğrulama deneyleri sırasında CELF2 ekspresyonu ile prognoz arasında açık ve anlamlı bir ilişki bulamadık. Bunun, poliklonal anti-CELF2 antikorumuzun daha az tutarlı 202157_s_at CELF2 probset'i tanımasından kaynaklanabileceğini varsaydık. Bu hipotezi test ederken, farklı prognozla ilişkili, probset'e özgü CELF2 transkript varyantları olduğunu keşfettik. Prognoz tahmini doğruluğunu iyileştirmek için, iyi ve daha az elverişli CELF2 prognostik transkriptlerinin ifade düzeylerini birleştirerek bir Risk Puanı modeli oluşturduk. Model,VI hastaları başarılı bir şekilde sınıflandırdı ve Düşük Riskli grupta Yüksek Riskli gruba kıyasla daha yüksek bir genel sağkalım öngördü. Genel olarak, bulgularımız bir genin her özel transkript varyantının farklı prognoz yönleriyle ilişkili olabileceğini düşündürmektedir. Bu nedenle, bir gen transkript düzeyinde prognostik ilişkilerin incelenmesinin, gelecekte kanserde daha sağlam biyobelirteçlerin ve terapötiklerin geliştirilmesi için zengin bir kaynak olabileceğini öneriyoruz.
Özet (Çeviri)
Breast cancer (BC) is the most common malignant tumor in women around the world. Aside from finding a cure for this disease, it is also critical to identify prognostic biomarkers that can help clinicians intervene with the appropriate treatment and prevent BC progression. Current biomarker identification methods rely primarily on multi-gene prognostic signature models. However, due to the tumors' high heterogeneity, the accuracy of these multi-gene signatures is questionable. As a result, our main objective was to conduct a comprehensive analysis to identify a reliable prognostic biomarker in BC. Previously, a group of eight carnitine metabolites and SAH were linked to a poor prognosis in BC (Dr. Waqas Akbar, Unpublished Data). We discovered the genes associated with these metabolites using correlation analysis, and then we identified CELF2 as a good prognostic biomarker in BC. We validated CELF2's prognostic role in RNASeq and Microarray datasets in-silico. We demonstrate that the CELF2 1554569_a_at probeset is more consistent in its association with a favorable prognosis direction than the 202157_s_at probeset. When compared to the other probeset, CELF2 – 202157_s_at is expressed at higher levels and in a broader range of tissues. We were unable to find a clear significant association between CELF2 expression and prognosis during the in-vitro immunohistochemistry validation experiments. We hypothesized that this could be because our polyclonal anti-CELF2 antibody also recognized the less consistent 202157_s_at CELF2 probeset. We discovered that there are probeset-specific CELF2 transcript variants that are associated with different prognosis while testing this hypothesis. We created a Risk Score model by combining the expression levels of good and lessfavorable CELF2 prognostic transcripts to improve prognosis prediction accuracy. The model successfully stratified the patients and predicted a higher overall survival in the Low-Risk group versus the High-Risk group.IV Overall, our findings suggest that each unique transcript variant of a gene can be associated with different prognosis directions. Therefore, we propose that studying prognostic associations at a gene transcript level could be a rich resource for the development of more robust biomarkers and therapeutics in cancer in the future.
Benzer Tezler
- Utilization of tanscript variants of CXXC5 gene to predict its promoter
CXXC5 geninin transkript varyantlarının promotör bölgesinin tahmini için kullanılması
KERİM YAVUZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MESUT MUYAN
- Agresif periodontitiste etkin GLT6D1 geninin zebra balığındaki ortoloğunun tanımlanması
Identification of zebrafish ortholog of agrressive periodontitis associated GLT6D1 gene
RAHME BARBAROS
- Otozomal dominant peters anomalisi tanısı alan bir ailede yeni gen araştırması
Identification of molecular pathology of peters' anomaly segregating in a large autosomal dominant family
CAN KOŞUKCU
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyoistatistikHacettepe ÜniversitesiBiyoenformatik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE NURTEN AKARSU
- Testis biyopsisinde matürasyon arresti saptanan olgularda MLH1 varyantlarının araştırılması
The investigation of MLH1 variants in cases with maturation arrest in their testicular biopsy
YASEMİN ÜLGER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
GenetikAnkara ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TİMUR TUNCALI
- Kapsaisinle muamele edilmiş YKG-1 (glioblastoma) ve HUVEC hücrelerinde telomeraz geni transkript varyantlarının tip ve seviyelerinin belirlenmesi
Determination of type and level of telomerase gene transcripts variants in capsaicin treated YKG-1 (glioblastoma) and HUVEC cells
FEYZA NUR ZABUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Moleküler TıpKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBiyomühendislik ve Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SABAHATTİN CÖMERTPAY