Geri Dön

Sıtma tanılı hastaların arşivlenmiş örnekleri kullanılarak PCR yöntemi ile plasmodium falciparum genetik tür tayinin yapılması ve direnç genlerinin araştırılması

Determination of plasmodium falciparum genetic species by PCR method using archived samples of patients diagnosed with malaria and investigation of resistance genes

  1. Tez No: 761903
  2. Yazar: KÜBRA DİLAN AVCI
  3. Danışmanlar: PROF. DR. KADRİYE KART YAŞAR
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Parazitoloji, Infectious Diseases and Clinical Microbiology, Parasitology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
  10. Enstitü: İstanbul Bakırköy Dr. Sadi Konuk Eğitim ve Araştırma Hastanesi
  11. Ana Bilim Dalı: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Enfeksiyon ve Klinik Mikrobiyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 84

Özet

Amaç: Çalışmamızda mikroskobik incelemeyle sıtma tanısı almış hastaların arşivlenmiş örneklerinde antimalaryal ilaç direnç genlerinin araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmamıza arşivlenmiş P. falciparum tanılı ve Batı, Orta ve Doğu Afrika kaynaklı olarak sınıflandırılmış, ince-kalın yayma ve EDTA'lı kan örnekleri dâhil edilmiştir. DNA izolasyonu sonrası real-time PCR ile P. falciparum tür tayini; nested-PCR/klasik PCR yöntemleriyle direnç marker bölgelerinin (Pfcrt, Pfmdr1, PfK13) amplifikasyonu amaçlanmıştır. Amplifiye örneklerin tek nükleotid polimorfizminin (SNP) araştırılması amacıyla sekans analizi Macrogen Laboratuvarında (Macrogen, Kore); referans P. falciparum clone 3D7 izolatıyla kıyaslamalı SNP analizi ise SBÜ Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarında Geneious R9 programıyla sağlanmıştır. Bulgular: Çalışmadaki 100 P. falciparum örneğinin 45'i yayma, 55'i EDTA'lı kan örneğiydi. Yayma örneklerinin %82,2'si, EDTA'lı örneklerin tamamı real-time PCR'la P. falciparum olarak tanımlandı. Sekans verileri incelendiğinde, en yüksek mutasyon oranı Pfmdr1 bölgesinde gözlenmiştir (%74,5). Pfmdr1 bölgesinde Y184F mutasyonu 91 örneğin 68'inde (%74,7); N86Y ve N1042D mutasyonu sırasıyla 3 ve 16 örnekte (%3,3 ve %17,4) saptanmıştır. Pfcrt mutasyonu 11(%12,2), PfK13 mutasyonu sadece iki örnekte saptanmıştır. Tüm Afrika bölgelerinde Y184F oranı, Pfcrt ve N1042D'den istatistiksel olarak anlamlı düzeyde yüksekti (p

Özet (Çeviri)

Aim: In our study, we aimed to investigate antimalarial drug resistance genes in archived samples of patients diagnosed with malaria by microscopic examination. Material and Methods: Archived P. falciparum thick/thin smear and EDTA Bloodd samples, originating from East, West, and Central Africa, were included in this study. After DNA extraction we aimed to identify P. falciparum by real-time PCR and amplify resistance marker regions (Pfcrt, Pfmdr1, PfK13) using nested-PCR/classical PCR methods. Amplified PCR products were sequenced commercially (Macrogen, Korea) in order to investigate single nucleotide polymorphism (SNP) by comparing with reference P. falciparum clone 3D7 isolate. Data analysis was done using Geneious R9 software in Department of Medical Microbiology of University of Health Sciences. Results: Of the studied 100 samples, 45 were preserved as thick/thin smear, while 55 of them were archived in EDTA blood tubes. While all of the EDTA samples were identified as P. falciparum by real-time PCR, only 82.2% of the Smear samples could be identified. When the sequence data were analyzed, the highest mutation rate was observed in the Pfmdr1 region (74.5%). Y184F mutation in the Pfmdr1 region in 68 of 91 samples (74.7%); N86Y and N1042D mutations were detected in 3 and 16 samples (3.3% and 17.4%), respectively. Y184F ratio was statistically significantly higher than Pfcrt and N1042D in all African regions (p

Benzer Tezler

  1. Şizofreni ve bipolar bozukluk tanısı olan hastalarda inflamasyonla ilişkili gen polimorfizmlerinin incelenmesi

    Investigation of inflammation related gene polymorphisms in schizophrenia and bipolar disorder

    HASAN MERVAN AYTAÇ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    PsikiyatriSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Psikiyatri Ana Bilim Dalı

    DR. MENEKŞE SILA YAZAR

  2. Vitiligolu hastalarda çözünür ürokinazplazminojen aktivatör reseptörü seviyesininincelenmesi ve hastalık aktivitesi ile ilişkisinindeğerlendirilmesi

    Examination of soluble urokinase plasminogen activator receptorlevel in patients with vitiligo and investigation of its relationship with diseaseactivity

    ADAM Y. M. JARBOU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    DermatolojiHacettepe Üniversitesi

    Deri ve Zührevi Hast. Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞEN KARADUMAN

  3. Akut hepatit B tanısı alan hastaların serolojik ve moleküler bulgularının irdelenmesi

    Başlık çevirisi yok

    ABDULLAH YAYLI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    MikrobiyolojiTokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLGÜN YENİŞEHİRLİ

  4. Osteosarkom tanılı hastalarda genetik ve kromozom değişimlerinin metastaz ile ilişkisinin incelenmesi

    Investigation of the relationship of genetic and chromosome changes with metastasis in osteosarcoma patients

    SEZEN ATASOY

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Genetikİstanbul Üniversitesi

    Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEMA SIRMA EKMEKCİ

    PROF. DR. AYHAN DEVİREN

  5. Skafoid kaynamama tanılı hastalarda vaskülarize kemik grefti ile tedavi sonuçlarının değerlendirilmesi

    Vascularized bone grafting in scaphoid nonunion.

    ABDURRAHMAN ÇİFTASLAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Ortopedi ve TravmatolojiMersin Üniversitesi

    Ortopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İRFAN AYAN