Geri Dön

Third-generation sequencing technology to define microbial diversity in wheat cultivated soils in Turkey

Başlık çevirisi mevcut değil.

PDF İndir

  1. Tez No: 762149
  2. Yazar: JANA AL KHODOR
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ STUART JAMES LUCAS
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: DNA dizileme, Genom bilimi, Konsorsiyum, Metagenomik, DNA sequencing, Genomics, Consortium, Metagenomics
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji, Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Mikrobiyal konsorsiyumlar veya topluluklar, sağlıklı bir toprak rizosferinin ayırt edici özelliğidir ve evcil bitki ve hayvanların refahına ve dolayısıyla gıda üretimi ve gıda güvenliği sektörlerine katkıda bulunur. Dünya nüfusu sürekli olarak artarken, günümüzde gıda ürünleri ve ekim alanlarındaki ihtiyaçlarını karşılamak bir yük haline gelmiştir. Bununla birlikte, bunlar, rizosferde yaşayan sağlıklı mikroorganizmalara zarar verebilecek aşırı kimyasal gübre kullanımı ve iklim değişikliği dahil olmak üzere çeşitli çevresel zorluklar tarafından tehdit edilmektedir. Bunun yerine mikrobiyal topluluklar, bu zorlukların üstesinden gelebilecek doğal ve uygun bir seçenektir. Metagenomik yaklaşım, belirli bir çevresel alanda aynı anda birden fazla bakteri cinsinin veya türünün genomlarını inceleyerek bakteri klonal kültürlerinin sınırlamalarının üstesinden gelir. Türkiye'nin beş farklı bölgesinden buğday ekili topraklardaki mikrobiyal çeşitliliği deşifre etmek için özellikle MinION Mk1B'yi benzersiz bir üçüncü nesil nano gözenek dizileme teknolojisi olarak kullandık. Epi2ME Labs kullanılarak işlenen 16S rRNA gen dizileme verileri, Proteobacteria'nın baskın bakteri filumunun (%96-98) yanı sıra Bacteroidetes, Planctomycetes, Firmicutes, Verrucomicrobia, Actinobacteria, Acidobacteria ve Chloroflexi olduğunu ortaya koymaktadır. Topluluk bakteri cinslerini, Ramlibacter ve Massilia'yı, toprak numuneleri boyunca birlikte oluşum dağılım modellerine dayanarak tanımlayabildik. Ayrıca, Pseudoxanthomonas'ın, literatürde toprak detoksifikasyonu ve geri dönüşüme dahil olduğu tespit edilen birkaç aşağı akış türüyle, belirli toprak örneklerinde seçici dağılım modeli sergileyen bir bakteri cinsi olduğu tercih edildi.

Özet (Çeviri)

Microbial consortia or communities are the hallmark of a healthy soil rhizosphere and contribute to the wellbeing of domestic plants and animals, and consequently to the food production and food safety sectors. As the world population is constantly expanding, it is today a burden to meet their needs in food crops and cultivation. However, these are threatened by several environmental challenges including the excessive use of chemical fertilizers and climate change, which can harm healthy microorganisms residing within the rhizosphere. Instead, microbial communities are a natural and suitable option that can meet these challenges. The metagenomics approach overcomes the limitations of bacterial clonal cultures by studying the genomes of multiple bacterial genera or species in a given environmental area simultaneously. To decode the microbial diversity in wheat cultivated soils from five different regions in Turkey, we particularly used MinION Mk1B as a unique third generation nanopore sequencing technology. The 16S rRNA gene sequencing data, processed using Epi2ME Labs, reveals Proteobacteria as the predominant bacterial phyla (96-98%), as well as Bacteroidetes, Planctomycetes, Firmicutes, Verrucomicrobia, Actinobacteria, Acidobacteria, and Chloroflexi. We were able to identify community bacterial genera, Ramlibacter and Massilia, based on their co-occurrence pattern of distribution across the soil samples. Also, Pseudoxanthomonas was claimed as a bacterial genus that exhibit selective distribution pattern in certain soil samples, with several downstream species that were found to be involved in soil detoxification and recycling in the literature.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    1

    Ovulasyon indüksiyonu tedavisinde folliküler gelişimin ultrasonografik takibi

    Başlık çevirisi yok

    MERİH BAYRAM

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1987

    Kadın Hastalıkları ve DoğumGazi Üniversitesi

    Kadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MÜLAZIM YILDIRIM

  2. Tez No

    252

    İzmir'de bazı yolların kapatılarak yaya bölgeleri oluşturma da kent peyzajını geliştirme açısından yeniden planlanması üzerinde araştırmalar

    Başlık çevirisi yok

    BAHAR TÜRKYILMAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1985

    Şehircilik ve Bölge PlanlamaEge Üniversitesi

    Şehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı

  3. Tez No

    216

    İsmayıl Hakkı Baltacıoğlu'nun kültür ve eğitim kavramı üzerine bir inceleme

    An Examination of the concepts of culture and education of Ismayıl Hakkı Baltacıoğlu

    ABDULLAH DİKİCİ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1986

    Eğitim ve ÖğretimUludağ Üniversitesi

    Eğitim Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SUAT ANAR

  4. Tez No

    319

    Sanayi politikaları ve planlı dönemde imalat sanayine etkileri

    Başlık çevirisi yok

    AHMET CAFOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1986

    EkonomiGazi Üniversitesi

    Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. YALÇIN EROL

  5. Tez No

    222

    Karıştırıcılar ve karıştırma kabındaki akım olaylarının incelenmesi

    Başlık çevirisi yok

    NADİR İLTEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1986

    Makine MühendisliğiUludağ Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. ÖMER SAMİH MERTBAŞ

Geri Dön