Geri Dön

Third-generation sequencing technology to define microbial diversity in wheat cultivated soils in Turkey

Başlık çevirisi mevcut değil.

PDF İndir

  1. Tez No: 762149
  2. Yazar: JANA AL KHODOR
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ STUART JAMES LUCAS
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 70

Özet

Mikrobiyal konsorsiyumlar veya topluluklar, sağlıklı bir toprak rizosferinin ayırt edici özelliğidir ve evcil bitki ve hayvanların refahına ve dolayısıyla gıda üretimi ve gıda güvenliği sektörlerine katkıda bulunur. Dünya nüfusu sürekli olarak artarken, günümüzde gıda ürünleri ve ekim alanlarındaki ihtiyaçlarını karşılamak bir yük haline gelmiştir. Bununla birlikte, bunlar, rizosferde yaşayan sağlıklı mikroorganizmalara zarar verebilecek aşırı kimyasal gübre kullanımı ve iklim değişikliği dahil olmak üzere çeşitli çevresel zorluklar tarafından tehdit edilmektedir. Bunun yerine mikrobiyal topluluklar, bu zorlukların üstesinden gelebilecek doğal ve uygun bir seçenektir. Metagenomik yaklaşım, belirli bir çevresel alanda aynı anda birden fazla bakteri cinsinin veya türünün genomlarını inceleyerek bakteri klonal kültürlerinin sınırlamalarının üstesinden gelir. Türkiye'nin beş farklı bölgesinden buğday ekili topraklardaki mikrobiyal çeşitliliği deşifre etmek için özellikle MinION Mk1B'yi benzersiz bir üçüncü nesil nano gözenek dizileme teknolojisi olarak kullandık. Epi2ME Labs kullanılarak işlenen 16S rRNA gen dizileme verileri, Proteobacteria'nın baskın bakteri filumunun (%96-98) yanı sıra Bacteroidetes, Planctomycetes, Firmicutes, Verrucomicrobia, Actinobacteria, Acidobacteria ve Chloroflexi olduğunu ortaya koymaktadır. Topluluk bakteri cinslerini, Ramlibacter ve Massilia'yı, toprak numuneleri boyunca birlikte oluşum dağılım modellerine dayanarak tanımlayabildik. Ayrıca, Pseudoxanthomonas'ın, literatürde toprak detoksifikasyonu ve geri dönüşüme dahil olduğu tespit edilen birkaç aşağı akış türüyle, belirli toprak örneklerinde seçici dağılım modeli sergileyen bir bakteri cinsi olduğu tercih edildi.

Özet (Çeviri)

Microbial consortia or communities are the hallmark of a healthy soil rhizosphere and contribute to the wellbeing of domestic plants and animals, and consequently to the food production and food safety sectors. As the world population is constantly expanding, it is today a burden to meet their needs in food crops and cultivation. However, these are threatened by several environmental challenges including the excessive use of chemical fertilizers and climate change, which can harm healthy microorganisms residing within the rhizosphere. Instead, microbial communities are a natural and suitable option that can meet these challenges. The metagenomics approach overcomes the limitations of bacterial clonal cultures by studying the genomes of multiple bacterial genera or species in a given environmental area simultaneously. To decode the microbial diversity in wheat cultivated soils from five different regions in Turkey, we particularly used MinION Mk1B as a unique third generation nanopore sequencing technology. The 16S rRNA gene sequencing data, processed using Epi2ME Labs, reveals Proteobacteria as the predominant bacterial phyla (96-98%), as well as Bacteroidetes, Planctomycetes, Firmicutes, Verrucomicrobia, Actinobacteria, Acidobacteria, and Chloroflexi. We were able to identify community bacterial genera, Ramlibacter and Massilia, based on their co-occurrence pattern of distribution across the soil samples. Also, Pseudoxanthomonas was claimed as a bacterial genus that exhibit selective distribution pattern in certain soil samples, with several downstream species that were found to be involved in soil detoxification and recycling in the literature.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    616039

    Yoğun bakım ünitelerindeki çevresel mikrobiyomun yeni nesil dizileme teknolojisi ile araştırılması

    Investigating the environmental microbiome in intensive care units by next generation sequencing technology

    EZGİ ASLAN GÜLPINAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    MikrobiyolojiErciyes Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYCAN GÜNDOĞDU

  2. Tez No

    439457

    Neoplazmatik tasarım ve protohücre mimarlığı: Geleceğe dair iki mimarlık söylemi

    Neoplasmatic design and protocell architecture: Two architectural discourses for the future

    NEZİH BARIŞ ÖZGÜL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Mimarlıkİstanbul Teknik Üniversitesi

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MELTEM AKSOY

  3. Tez No

    97124

    Bankacılıkta değişim yönetimi

    Change management in banking

    AYDIN ARGIN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2000

    BankacılıkMarmara Üniversitesi

    Bankacılık Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NAZIM EKREN

  4. Tez No

    751872

    Nanopore dizileme teknolojisi ile SNP panelinin geliştirilmesi

    Development of SNP panel with nanopore sequencing technology

    VEYSEL SAPAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Adli Tıpİstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa

    Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. ÖZLEM BÜLBÜL ERCAN

  5. Tez No

    899644

    Anaerobic digestion of lignocellulosic waste using alkali pretreatment method interms of performance, microbial community, and cost analysis

    Lignoselülozik atıkların alkali ön arıtım yöntemi ile anaerobik arıtımı, performans, mikrobiyal topluluk ve maliyet analizi

    CANBERK KAZANCI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ORHAN İNCE

Geri Dön