Bitkilerde yaygın olarak bulunan bazı antosiyaninlerin anti-diyabetik aktivitelerinin In Silico analizler yoluyla araştırılması
Investigation of the anti-diabetic activities of someanthocyanins common in plants through in silico analysis
- Tez No: 765710
- Danışmanlar: PROF. DR. BEKTAŞ TEPE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Moleküler Tıp, Biochemistry, Biology, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kilis 7 Aralık Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 89
Özet
Kanda yüksek şeker konsantrasyonu ile karakterize Diabetes mellitus (DM) büyük çaplı küresel bir halk sağlığı problemidir ve tedavi edilemeyen DM körlük, böbrek yetmezliği, kalp krizi, inme ve alt ekstremite amputasyonu ile sonuçlanmaktadır. Bu yapı-temelli ilaç tasarımı (YTİT) çalışmasında, meyve ve sebzelerde bol miktarda bulunan antosiyaninlerin aglikon türevleri olan on iki antosiyanidin bileşeninin insan pankreatik α-amilaz ve intestinal α-glukozidaz enzimleri üzerindeki potansiyel inhibitör etkileri moleküler doking yöntemi ile araştırılmıştır. Ayrıca, on iki antosiyanidin bileşeninin ilaç benzerliği, absorbsiyon-dağılım-metabolizma-atılım-toksisite (ADMET) özellikleri ve hücre içi hedef-komponent etkileşim ağı analizleri gerçekleştirilmiştir. Doking bağlanma enerjisi ve relatif bağlanma kapasitesi indeksi (RBKİ) analizlerine göre petunidin, peonidin ve aurantinidin 'hit' bileşenler olarak belirlenmiş, RBKİ analizinde DM'de önemli rol oynayan her iki enzime de bağlanma kapasitesi açısından en etkili ligandın petunidin olduğu bulunmuştur. Alfa-amilaz enziminin, α-glukozidaza göre daha kolay ulaşılabilir ve geniş volüme sahip katalitik bölgesi, petunidin'in α-amilaza daha yüksek bir afinite ile bağlanmasına neden olmuştur. Umut verici olarak, petunidin Lipinski 5 kuralı, Ghose ve Veber filtrelerinin kombinasyonundan oluşan ilaç benzerliği kriterlerinin herhangi birini ihlâl etmemiş, ADMET analizinde sitokrom (CYP) P450 ya da hERG I - II inhibisyon aktivitesi göstermemiş, ancak düşük gastrointestinel emilim profili sergilemiştir. STITCH çevrim içi platformu kullanılarak gerçekleştirilen hücre içi hedef-komponent ağ analizinde petunidin'in insan protein ağındaki hiçbir enzim ile negatif fonksiyonel etkileşim içerisinde olmadığı belirlenmiştir. Sonuçlarımız göz önüne alındığında, petunidin'in DM'in tedavisinde potansiyel bir α-amilaz ve α-glukozidaz ajanı olarak ileri in vitro ve in vivo testlere alınması önerilmektedir. Ancak, intestinal emilim profilinin, farmakolojik aktiviteyi azaltmadan, moleküler optimizasyon ile güçlendirilmesi şarttır.
Özet (Çeviri)
Diabetes mellitus (DM) is a major global public health problem and untreated DM results in blindness, kidney failure, heart attack, stroke and lower extremity amputation. In this structure-based drug design study, the potential inhibitory effects of twelve anthocyanidins on human pancreatic α-amylase and intestinal α-glucosidase were investigated using the molecular docking method. In addition, drug-likeness, ADMET properties and intracellular target-component interaction network analyzes were performed. Petunidin, peonidin and aurantinidin were determined as 'hit' components according to RBCI analyzes, whereas, based on the RBCI index, petunidin was found to be the most effective ligand in terms of binding capacity to both enzymes that play an important role in DM. The more accessible and large-volume active site of α-amylase compared to α-glucosidase caused petunidin to bind with higher affinity against α-amylase. Promisingly, petunidin did not violate any of the criteria for drug similarity consisting of a combination of the Lipinski's rule of 5, Ghose and Veber filters, showed no cytochrome (CYP) P450 or hERG I - II inhibitory activity in the ADMET analysis, however, it was found to have a low gastrointestinal absorption profile. In intracellular target-component network analysis, petunidin did not show negative functional interactions with any enzyme in the human protein network. Considering these results, it is recommended that petunidin be advanced to further in vitro and in vivo assays as a potential α-amylase and α-glucosidase inhibitory agent in the treatment of DM. However, the intestinal absorption profile must be enhanced by molecular optimization without reducing the pharmacological activity.
Benzer Tezler
- Tıbbi ve aromatik bitkilerde yaygın olarak bulunan bazı hidroksi benzoik ve hidroksi sinnamik asitlerin ın vıtro antimikrobiyal aktivitelerinin incelenmesi
In vitro investigation of the antimicrobial activity of some hydroxy benzoic and hydroxy cinnamic acids distributed widely in medical and aromatic plants
ASLIHAN AYDOĞAN GÜRBÜZER
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyolojiCumhuriyet ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BEKTAŞ TEPE
- Siyez (Triticum monococcum) ve Gernik (Triticum dicoccum) buğdaylarından ekstrakte edilen ferulik asidin fonksiyonel gıda bileşeni olarak kullanım olanaklarının belirlenmesi
Determination of the possibilities of using ferulic acid extracted from einkorn (Triticum monococcum) and emmer (Triticum dicoccum) wheat as functional food component
ÜMİT BABACAN
Doktora
Türkçe
2024
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET FATİH CENGİZ
- Bitkisel kökenli bazı fenolik bileşiklerin ın vıtro ve ın sılıco deney modelleri ile cilt lekesi giderici etkilerinin incelenmesi ve kozmetik formülasyon tasarlanması
Investigation of skin blemish removal effects of some phenolic compounds of plant origin by in vitro and in silico experimental models and design of cosmetic formulation
MELTEM KARAKÜÇÜK
Doktora
Türkçe
2024
Eczacılık ve FarmakolojiGazi ÜniversitesiFarmakognozi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İLKAY ERDOĞAN ORHAN
- Orta Karadeniz bölümü (Samsun/Türkiye) kıyı kumullarında bulunan bazı türlerin grime stratejilerine göre sınıflandırılması
Classification of some species found in coastal sand dunes of the Central Black Sea region (Samsun/Turkey) according to grime strategies
SULTAN MİKEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BotanikOndokuz Mayıs ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAMDİ GÜRAY KUTBAY
- Bazı Hypericum türlerinin total yağ asidi miktarı ve yağ asidi bileşenleri
Total lipid contents and fatty acid composition in some of Hypericum species
CUMALİ KESKİN