Identification of transcription factors and their potential roles in regulation of allelochemicals' biosynthesis in lithospermum erythrorhizon
Lithospermum eritrohiz'onunda allelokimyasalların biyosentezin düzenlenmesinde transkripsiyon faktörlerinin ve olası rollerinin belirlenmesi
- Tez No: 766456
- Danışmanlar: DOÇ. DR. KHAWAR JABRAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Ziraat, Biology, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 89
Özet
Alkannin/shikonin (A/S) olarak bilinen ikincil metabolitlerin (SM) üretimini yaptığı bilinen bazı bitki türleri Boraginaceae familyasının. Lithospermeae tribe üyesidir. Bu tribe içerinde yer alan Lithospermum erythrorhizon'da A/S biyosentezinin düzenlenmesinde rol oynayan MYB genleri (Miyeloblastoz viral onkogeni) henüz kapsamlı bir şekilde araştırılmamıştır. Bu çalışmada, diğer bitki türlerinde SM'lerin biyosentezini düzenlediği bulunan MYB transkripsiyon faktörleri (TF'ler) ailesini araştırmaya odaklandık. L. erythrorhizon genomunda kodlanmış en az 128 potansiyel MYB TF tanımlanmıştır. Filogenetik analiz bunları 21 alt gruba ayırmıştır. Ayrıca, 140 SlMYB ve 168 AtMYB ile birlikte 128 LeMYB'nin karşılaştırmalı filogenetik analizi sonucu 27 alt aile belirlenmiştir. Ekspresyon analizi, farklı A/S üreten koşullarda farklı sayıda MYB geninin önemli ölçüde eksprese edildiğini (FDR < 0.05) göstermiştir. Sonuç olarak, LeMYB genlerinin kapsamlı analizi ile elde edilen bulgular, familyanın diğer üyelerinin MYB protein ailesi fonksiyon çalışmalarında yardımcı olacaktır.
Özet (Çeviri)
Lithospermeae tribe in the Boraginaceae family contains several plant species which are well recognized for the production of secondary metabolites (SMs) known as alkannin/shikonin (A/S). Myeloblastosis viral oncogenes (MYBs) involved in the regulation of A/S biosynthesis in Lithospermum erythrorhizon have not been yet comprehensively studied. In the present study, we focused on the MYB-family of transcription factors (TFs) that have been identified to regulate SMs biosynthesis in other plant species. A comprehensive genome-wide analysis identified at least 128 potential MYB TFs encoded in L. erythrorhizon genome. Phylogenetic analysis clustered them into 21 subgroups. Furthermore, a comparative phylogenetic analysis of 128 LeMYBs along with 140 SlMYBs and 168 AtMYBs indicated 27 subfamilies. Expression analysis of LeMYBs indicated that different number of MYBs are significantly expressed (FDR < 0.05) in different A/S producing conditions. Collectively, our comprehensive analysis of LeMYB genes will be helpful in future functional studies of MYB proteins family in other Lithospermeae plant species as well.
Benzer Tezler
- Hematolojik malignitelerde mıtf ve tbx3 proteinlerinin rolü
The role of mitf and tbx3 proteins i̇n hematologi̇cal mali̇gnanci̇es
DURMUŞ BURĞUCU
Doktora
Türkçe
2014
FizyolojiAkdeniz ÜniversitesiFizyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAHRİYE UĞUR YAVUZER
- Genome-wide target analysis of NEUROD2 transcription factor reveals potential roles in cortical migration and layer formation
NEUROD2 yazılım faktörü'nün genom hedef analizi kortikal göç ve tabaka oluşumundaki potansiyel rolleri ortaya çıkarır
GİZEM GÜZELSOY
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. GÜLAYŞE İNCE DUNN
- The quest for better cancer therapies:Identification of transcription factor involvement in ATP7B regulation via dCas9-Apex2 (Caspex), TOX4 as a potential regulator of Cisplatin resistance
Cisplatin direncini aşma arayışı: ATP7B düzenlemesinde transkripsiyon faktörlerinin dCas9-Apex2 (Caspex) Aracılığıyla Belirlenmesi ve Cisplatin Direncinde Bir Düzenleyici Olarak TOX4'ün tanımlanması
BATUHAN ALTAY
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiKoç ÜniversitesiHücresel ve Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CEYDA AÇILAN AYHAN
DOÇ. DR. NATHAN ALLAN LACK
- Investigation of NFİB function and regulation of its putative target genes in human neural stem cell and SH-SY5Y neuroblastoma cell lines
İnsan sinir kök hücre ve SH-SY5Y nöroblastom hücre hatlarında NFIB işlevinin ve potansiyel hedef genlerinin regülasyonunun incelenmesi
BETÜL ULUCA
Doktora
İngilizce
2023
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ASLI KUMBASAR
- Transkripsiyon faktörü p53 tümör supressör proteininin p60-katanin (KATNA1) promotoru ile etkileşimi
Interaction between transcription factor p53 tumor suppressor and p60-katanin (KATNA1) promoter
MEHTAP KAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ