Identification of transcription factors and their potential roles in regulation of allelochemicals' biosynthesis in lithospermum erythrorhizon
Lithospermum eritrohiz'onunda allelokimyasalların biyosentezin düzenlenmesinde transkripsiyon faktörlerinin ve olası rollerinin belirlenmesi
- Tez No: 766456
- Danışmanlar: DOÇ. DR. KHAWAR JABRAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Ziraat, Biology, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Ekspresyon, Filogenetik, Metabolitler, Transkripsiyon faktörleri, Expression, Phylogenetic, Metabolites, Transcription factors
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Alkannin/shikonin (A/S) olarak bilinen ikincil metabolitlerin (SM) üretimini yaptığı bilinen bazı bitki türleri Boraginaceae familyasının. Lithospermeae tribe üyesidir. Bu tribe içerinde yer alan Lithospermum erythrorhizon'da A/S biyosentezinin düzenlenmesinde rol oynayan MYB genleri (Miyeloblastoz viral onkogeni) henüz kapsamlı bir şekilde araştırılmamıştır. Bu çalışmada, diğer bitki türlerinde SM'lerin biyosentezini düzenlediği bulunan MYB transkripsiyon faktörleri (TF'ler) ailesini araştırmaya odaklandık. L. erythrorhizon genomunda kodlanmış en az 128 potansiyel MYB TF tanımlanmıştır. Filogenetik analiz bunları 21 alt gruba ayırmıştır. Ayrıca, 140 SlMYB ve 168 AtMYB ile birlikte 128 LeMYB'nin karşılaştırmalı filogenetik analizi sonucu 27 alt aile belirlenmiştir. Ekspresyon analizi, farklı A/S üreten koşullarda farklı sayıda MYB geninin önemli ölçüde eksprese edildiğini (FDR < 0.05) göstermiştir. Sonuç olarak, LeMYB genlerinin kapsamlı analizi ile elde edilen bulgular, familyanın diğer üyelerinin MYB protein ailesi fonksiyon çalışmalarında yardımcı olacaktır.
Özet (Çeviri)
Lithospermeae tribe in the Boraginaceae family contains several plant species which are well recognized for the production of secondary metabolites (SMs) known as alkannin/shikonin (A/S). Myeloblastosis viral oncogenes (MYBs) involved in the regulation of A/S biosynthesis in Lithospermum erythrorhizon have not been yet comprehensively studied. In the present study, we focused on the MYB-family of transcription factors (TFs) that have been identified to regulate SMs biosynthesis in other plant species. A comprehensive genome-wide analysis identified at least 128 potential MYB TFs encoded in L. erythrorhizon genome. Phylogenetic analysis clustered them into 21 subgroups. Furthermore, a comparative phylogenetic analysis of 128 LeMYBs along with 140 SlMYBs and 168 AtMYBs indicated 27 subfamilies. Expression analysis of LeMYBs indicated that different number of MYBs are significantly expressed (FDR < 0.05) in different A/S producing conditions. Collectively, our comprehensive analysis of LeMYB genes will be helpful in future functional studies of MYB proteins family in other Lithospermeae plant species as well.
Benzer Tezler
- Characterization of the LSD1 gene in the cotton genome and the expression profile of LSD1 in drought and salinity
Pamuk genomunda LSD1 geninin karakterizasyonu ve LSD1'in kuraklık ve tuzlulukta ekspresyon profili
AYŞE ARUCAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Biyoteknolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CÜNEYT UÇARLI
- Arabidopsis thaliana'da kombine kuraklık ve azot açlığı ile ilişkili mikroRNAların transkriptomik analizleri
Transcriptomic analyzes of microRNAs associated with combined drought and nitrogen starvation in Arabidopsis thaliana
EMMANUELA LEMNYUY WIRSIY
Doktora
Türkçe
2025
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZGÜR ÇAKIR
- Hematolojik malignitelerde mıtf ve tbx3 proteinlerinin rolü
The role of mitf and tbx3 proteins i̇n hematologi̇cal mali̇gnanci̇es
DURMUŞ BURĞUCU
Doktora
Türkçe
2014
FizyolojiAkdeniz ÜniversitesiFizyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAHRİYE UĞUR YAVUZER
- Kolon kanserinde SALL gen ailesi ve miRNA'ların rolünün araştırılması
Investigation of the role of the SALL gene family and miRNAs in colon cancer
SENA KILINÇOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Onkolojiİstanbul ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞEREF BUĞRA TUNÇER
- Genome-wide target analysis of NEUROD2 transcription factor reveals potential roles in cortical migration and layer formation
NEUROD2 yazılım faktörü'nün genom hedef analizi kortikal göç ve tabaka oluşumundaki potansiyel rolleri ortaya çıkarır
GİZEM GÜZELSOY
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. GÜLAYŞE İNCE DUNN