Geri Dön

Sepsis sendromik panelleri ile kan kültüründe hızlı tanımlamanın değerlendirilmesi

Evaluation of rapid identification in blood culture with sepsis syndromic panel

PDF İndir

  1. Tez No: 768669
  2. Yazar: GÜLEN HÜRKAL YİĞİTLER
  3. Danışmanlar: PROF. DR. BANU BAYRAKTAR
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
  10. Enstitü: İstanbul Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 68

Özet

Amaç: Kan dolaşımı enfeksiyonları (KDE), önemli bir mortalite ve morbidite nedenidir. kan kültürü sonuçlarının zamanında sonuçlandırılması, kritik öneme sahiptir. Sepsis tanısındaki gelişmeler ile KDE'lerin erken saptanması, hastaların antimikrobiyal tedavi yönetimini iyileştirmiştir. Bu çalışma, yeni bir sendromik sepsis PZR panel testini (Bio-Speedy® Sepsis qPCR MX-30S panel assay) tanımlama, direnç saptama ve geri dönüş süresinin (TAT) doğruluğu ve duyarlılığı açısından değerlendirmeyi amaçlamaktadır. Gereç ve Yöntemler: Çalışmamıza, Mart 2022-Temmuz 2022 tarihleri arasında kliniklerden gönderilmiş ve 00.00-17.00 saatleri arasında, BACT-ALERT (bioMérieux, Marcy l'Etoile, France) otomatize mikrobiyal tespit sistemleri ile pozitif üreme sinyali alınmış 256 kan kültürü şişesi incelendi. Laboratuvarımızdaki rutin kültür yönteminde üreyen koloniler, matriks aracılı lazer dezorbsiyon iyonizasyon uçuş zamanı (MALDI-TOF) teknolojisine sahip VITEK® MS (bioMérieux, Marcy l'Etoile, France) ile tanımlandı. Klinik olarak etken düşünülen izolatların, VITEK® 2 (bioMérieux, Marcy l'Etoile, France) sistemi ile antibiyogramları yapıldı ve Karba-NP testi ile karbapenemaz varlığı test edildi. Kültür yöntemi ile eş zamanlı olarak pozitif sinyali takiben, kan kültürü besiyerinden alınan örneğe, ilk olarak Zybio Nükleik Asit Ekstraksiyon Kiti (Zybio Inc., Çin) ve Zybio EXM 3000 Nükleik Asit Ekstraksiyon Sistemi (Zybio Inc., Çin) kullanarak nükleik asit ekstraksiyon işlemi yapıldı. Ekstraksiyonu tamamlanmış örneklere, Bio-Speedy Sepsis qPCR MX-30S paneli (Bioeksen Ar-Ge Teknolojileri) ile Bio-Rad CFX96 TouchTM RT-PCR cihazında polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) çalışıldı. Her iki yöntemle elde edilen sonuçlar, tanımlama sonuçlarının ve tespit edilen direnç paternlerinin uyumu, sonuç verme süreleri açısından karşılaştırıldı. Bulgular: İncelenen 256 kan kültürü örneğinin 27'si (%10,54), panel dışı mikroorganizma üremesi nedeni ile analiz dışı bırakıldı. Çalışmaya dahil edilen 229 kan kültürü örneğinin 196'sında monomikrobiyal, 33'ünde polimikrobiyal üreme görüldü. Monomikrobiyal üreme olan örneklerdeki gram pozitif izolatların %94,79'u, gram negatif izolatların %96,10'u, mayaların %100'ü PZR ile doğru olarak tanımlandı. Polimikrobiyal üremelerde ise 33 örneğin 29'unda (%87,87) sonuçlar tüm üreyen mikroorganizmalar için kültürle uyumlu bulundu. Ortalama sonuç verme süresi, PZR ile rutin tanımlamaya göre istatistiksel olarak anlamlı derecede düşük tespit edildi (p

Özet (Çeviri)

Aim: Bloodstream infections (BSI) are an important cause of mortality and morbidity, and timely conclusion of blood culture is critical. Improvements in the diagnosis of sepsis and early detection of BSIs have improved the antimicrobial therapy management of patients. This study aims and evaluates a novel syndromic sepsis PCR panel assay (Bio-Speedy® Sepsis qPCR MX-30S panel assay) in terms of accuracy of identification and resistance detection and also determines turnaround time (TAT). Material and Methods: Between March 2022 and July 2022, 256 blood culture bottles with positive signal were obtained by BACT-ALERT automated microbial detection system between 00.00-17.00 and were included in our study. Microorganisms in the routine culture method in our laboratory were identified with VITEK® MS (bioMérieux, Marcy l'Etoile, France) with matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight (MALDI-TOF) technology. Antibiotic susceptability tests were performed with the VITEK® 2 (bioMérieux, Marcy l'Etoile, France) system and the presence of carbapenemases was tested with the Carba-NP and mCIM tests. Following the positive signal concurrent with the culture method, nucleic extraction from the blood culture was performed using the Zybio Nucleic Acid Extraction Kit (Zybio Inc., China) and the Zybio EXM 3000 Nucleic Acid Extraction System (Zybio Inc., China). Polimerase chain reaction (PCR) was performed with extracted samples using the Bio-Speedy Sepsis qPCR MX-30S Panel (Bioeksen R&D Technologies) and the Bio-Rad CFX96 TouchTM RT-PCR device. The results obtained with both methods were compared in terms of the consistency of the identification results and the detection of resistance genes, and the turnaround time results. Results: Of the 256 blood cultures examined, 27 (10,54%) were excluded due to the growth of non-targeted microorganisms in the panel. A total of 229 samples with 196 monomicrobial growth and 33 polymicrobial growth were included in our study. In monomicrobial samples, 94.79% of gram positive isolates and 96.10% of gram negative isolates and all yeasts were correctly identified by PCR (100%). In polymicrobial samples, in 29 of 33 samples (87.87%), the results were found to be consistent with the culture for all microorganisms. The mean time to result was found to be statistically significantly lower than the routine identification by PCR (p

Benzer Tezler

  1. Tez No

    904139

    Yoğun bakım hastalarından eş zamanlı alınan kan örneklerinde sendromik sepsis paneli ve rutin kan kültür sonuçlarının değerlendirilmesi: Sendromik sepsis panelinin hasta yönetimine katkısı

    Evaluation of syndromic sepsis panel and routine blood culture results in concurrently collected blood samples from intensive care patients: The contribution of the syndromic sepsis panel to patient management

    SEVİM GAYENUR BÜYÜKBERBER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    MikrobiyolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. SİBEL AYDOĞAN

  2. Tez No

    799628

    Akut kolanjitte endoskopik retrograd kolanjiopankreatografi sırasında alınan safra örneğinde konvansiyonel kültür ile multipleks pcr sonuçlarının karşılaştırılması ve bunun akut kolanjit tedavisine etkisinin değerlendirilmesi

    Comparison of conventional culture and multiplex PCR results in bile sample taken during endoscopic retrograde cholangiopancreatography in acute cholangitis and evaluation of its effect on acute cholangitis treatment

    MERVE APAYDIN KAYER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    İç HastalıklarıEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TUNCER TEMEL

  3. Tez No

    624301

    Prematüre bebeklerde pulmoner kanama, bronkopulmoner displazi gelişimi ve oksijen ihtiyacı arasındaki ilişki

    Relationship between pulmonary hemorrhage, development of bronchopulmonary dysplasia and oxygen requirement in premature babies

    AYDIN BOZKAYA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıKahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SADIK YURTTUTAN

  4. Tez No

    903456

    Çocukluk çağı gelişimsel ve epileptik ensefalopatilerin değerlendirilmesi

    Evaluation of developmental and epileptic encephalopathies in children

    BURCU YAMAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Nörolojiİstanbul Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. EDİBE PEMPEGÜL YILDIZ

  5. Tez No

    31096

    Sepsis sendromlu hastalarda doku oksijenizasyonunun değerlendirilmesinde gastrik tonometri

    Başlık çevirisi yok

    CANAN GİRGİN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1993

    Anestezi ve Reanimasyonİstanbul Üniversitesi

    Anesteziyoloji ve Reanimasyon Ana Bilim Dalı

Geri Dön