Assessment of eukaryotic diversity around Robert island in Antarctica by metabarcoding
Antarktika'daki Robert adası çevresindeki ökaryot çeşitliliğinin metabarkodlama ile belirlenmesi
- Tez No: 769020
- Danışmanlar: PROF. DR. İBRAHİM RAŞİT BİLGİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Deniz Bilimleri, Biology, Marine Science
- Anahtar Kelimeler: Antarktika, Metabarkodlama, Polimeraz zincirleme reaksiyonu, Ökaryotik hücreler, Antarctica, Metabarcoding, Polymerase chain reaction, Eukaryotic cells
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Çevre Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Çevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Modern dünyada insan nüfusunun hızla artması ve doğal kaynakların aşırı kullanımı ekosistemlerin dengesinin bozulmasına yol açmaktadır. Çevrenin bozulması biyoçeşitliliği olumsuz etkilemekte ve hatta türlerin yok olmasına neden olmaktadır. Tür çeşitliliğinin belirlenmesinde kullanılan geleneksel yöntemler pahalı ve zaman alıcı olabildiğinden, alternatif olarak yeni, uygun maliyetli ve çevre dostu bir yöntem ortaya çıkmıştır. Yeni çevresel DNA (eDNA) metabarkodlama yöntemi, çevresel sistemlerden alınan örneklerin DNA izolasyonu, PCR ile barkod bölgesinin amplifikasyonu, dizilenmesi ve ardından taksonomik atama yapılması adımlarına dayanmaktadır. Bu çalışmada, tür çeşitliliğini tespit etmek amacıyla 2018 yılında 2. Türkiye Ulusal Antarktika Seferi (TAE II) kapsamında Antarktika'daki Robert Adası çevresinden su örnekleri toplanmıştır. Daha sonra mitokondriyal sitokrom oksidaz I (CO1) barkod bölgeleri çoğaltılmış ve Illumina platformu ile dizilenmiştir. Diziler, OBITools aracılığıyla biçimlendirilip, BLAST+ ile hizalanıp, taksonomik atama için üç referans veri tabanı (MIDORI, WoRMS ve GenBank) ile karşılaştırılmıştır. Toplamda 39 takson bulunmuştur, bunların 20 tanesi alg, 18'i hayvan ve 1 tanesi bakteri türü olarak tanımlanmıştır. Üç veri tabanında da ortak olan sadece bir taksonun tanımlanması, farklı referans veri tabanları arasındaki uyuşmazlığı ortaya çıkarmıştır. Ek olarak, MIDORI'de 166 OTU, WoRMS ve GenBank veritabanlarında 179 OTU tanımlanamamıştır; bu da veri tabanlarının Antarktika'da bulunan taksonlara ait dizi bilgilerinde eksiklikler olduğunu göstermektedir. Antarktika'daki biyoçeşitliliğin tespit edilmesi için metabarkodlama ile yapılan çalışmalarda hata payını azaltmak için çeşitli yöntemler ve çeşitli veri tabanlarının birlikte kullanılması gerektiği sonucuna vardık.
Özet (Çeviri)
The rapid growth of human population and overuse of natural resources lead to the deterioration of the balance of ecosystems. Disruption of the environment adversely affects biodiversity and can even cause species extinctions. Since the traditional species detection methods can be expensive and time-consuming, a new, cost-effective, and environmental-friendly method has emerged as an alternative. The new environmental-DNA (eDNA) metabarcoding method is based on DNA isolation, amplification of barcode region, and sequencing of samples taken from environmental systems followed by data analysis for taxonomic assignment. In this study, water samples were collected around Robert Island in Antarctica as a part of the second Turkish Antarctic Expedition (TAE-II) in 2018 to monitor species diversity. Then, mitochondrial cytochrome oxidase I (COI) barcode regions were amplified and sequenced on Illumina platform. Sequences were formatted via OBITools, aligned with BLAST+, and compared with three reference databases (MIDORI, WoRMS, and GenBank) for taxonomic assignment. A total of 39 taxa were found, of which 18 were identified as animal species, but most of the species were algae. Identifying only one taxon in common in the three databases revealed the inconsistency between the reference databases. Additionally, 166 OTUs in MIDORI and 179 OTUs in WoRMS and GenBank databases remained unidentified, indicating that they are deficient in terms of the reference sequence information of taxa found in Antarctica. We conclude that various methods and databases should be used in tandem for biodiversity characterization via metabarcoding in order to increase accuracy and capture species diversity, at least in Antarctica.
Benzer Tezler
- Diversity, population structure, and holobiont organization of botryllid ascidians with a focus on Botryllus schlosseri in relation to environmental parameters along Turkish coasts
Türkiye kıyılarında Botryllus schlosseri odağında botryllid asidiyanlarin çeşi̇tli̇li̇ği̇, popülasyon yapısı ve holobi̇yont organizasyonunun çevresel parametrelerle i̇li̇şki̇si̇
BEGÜM ECE TOHUMCU
Doktora
İngilizce
2026
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiDeniz Biyolojisi ve Balıkçılık Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ARZU KARAHAN
- İklim değişikliğinin toprak mikrobiyal çeşitliliği üzerindekietkisinin değerlendirilmesi
Assessment of the impact of climate change on soil microbialdiversity
ÇİSEM SAKTAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Biyoteknolojiİstanbul ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEVCAN AYDIN
- Aydın ili ve çevresindeki sıcak su kaynaklarında arke çeşitliliğinin belirlenmesi
Determination of archaeal diversity of hot water sources inAydin
RÜMEYSA GÜLSU ÖZKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
MikrobiyolojiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiMoleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GAMZE BAŞBÜLBÜL
- Bazı benzoksazin türevlerinin Rec yöntemi ile genotoksik potansiyellerinin ve ökaryotik DNA topoizomeraz I enzimi üzerindeki inhibisyon etkilerinin değerlendirilmesi
Assessment of genotoxic potentials of some benzoxazine derivatives by Rec assay and inhibitory effects of these compounds on eukaryotic DNA topoisomerase I
FATMA ZİLİFDAR
- Antitümörojenik fenolik bileşiklerin pankreas kanser hücre hattında etkinliğinin incelenmesi
Assessment of the efficiency antitumorigenic phenolic compounds in pancreatic cancer cell line
BERZAN EKMEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyokimyaEge ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLİNNAZ ERCAN