Geri Dön

Assessment of eukaryotic diversity around robert island in antarctica by metabarcoding

Antarktika'daki robert adası çevresindeki ökaryot çeşitliliğinin metabarkodlama ile belirlenmesi

  1. Tez No: 769020
  2. Yazar: YAĞMUR TARHANA
  3. Danışmanlar: PROF. DR. İBRAHİM RAŞİT BİLGİN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Deniz Bilimleri, Biology, Marine Science
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Çevre Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Çevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 84

Özet

Modern dünyada insan nüfusunun hızla artması ve doğal kaynakların aşırı kullanımı ekosistemlerin dengesinin bozulmasına yol açmaktadır. Çevrenin bozulması biyoçeşitliliği olumsuz etkilemekte ve hatta türlerin yok olmasına neden olmaktadır. Tür çeşitliliğinin belirlenmesinde kullanılan geleneksel yöntemler pahalı ve zaman alıcı olabildiğinden, alternatif olarak yeni, uygun maliyetli ve çevre dostu bir yöntem ortaya çıkmıştır. Yeni çevresel DNA (eDNA) metabarkodlama yöntemi, çevresel sistemlerden alınan örneklerin DNA izolasyonu, PCR ile barkod bölgesinin amplifikasyonu, dizilenmesi ve ardından taksonomik atama yapılması adımlarına dayanmaktadır. Bu çalışmada, tür çeşitliliğini tespit etmek amacıyla 2018 yılında 2. Türkiye Ulusal Antarktika Seferi (TAE II) kapsamında Antarktika'daki Robert Adası çevresinden su örnekleri toplanmıştır. Daha sonra mitokondriyal sitokrom oksidaz I (CO1) barkod bölgeleri çoğaltılmış ve Illumina platformu ile dizilenmiştir. Diziler, OBITools aracılığıyla biçimlendirilip, BLAST+ ile hizalanıp, taksonomik atama için üç referans veri tabanı (MIDORI, WoRMS ve GenBank) ile karşılaştırılmıştır. Toplamda 39 takson bulunmuştur, bunların 20 tanesi alg, 18'i hayvan ve 1 tanesi bakteri türü olarak tanımlanmıştır. Üç veri tabanında da ortak olan sadece bir taksonun tanımlanması, farklı referans veri tabanları arasındaki uyuşmazlığı ortaya çıkarmıştır. Ek olarak, MIDORI'de 166 OTU, WoRMS ve GenBank veritabanlarında 179 OTU tanımlanamamıştır; bu da veri tabanlarının Antarktika'da bulunan taksonlara ait dizi bilgilerinde eksiklikler olduğunu göstermektedir. Antarktika'daki biyoçeşitliliğin tespit edilmesi için metabarkodlama ile yapılan çalışmalarda hata payını azaltmak için çeşitli yöntemler ve çeşitli veri tabanlarının birlikte kullanılması gerektiği sonucuna vardık.

Özet (Çeviri)

The rapid growth of human population and overuse of natural resources lead to the deterioration of the balance of ecosystems. Disruption of the environment adversely affects biodiversity and can even cause species extinctions. Since the traditional species detection methods can be expensive and time-consuming, a new, cost-effective, and environmental-friendly method has emerged as an alternative. The new environmental-DNA (eDNA) metabarcoding method is based on DNA isolation, amplification of barcode region, and sequencing of samples taken from environmental systems followed by data analysis for taxonomic assignment. In this study, water samples were collected around Robert Island in Antarctica as a part of the second Turkish Antarctic Expedition (TAE-II) in 2018 to monitor species diversity. Then, mitochondrial cytochrome oxidase I (COI) barcode regions were amplified and sequenced on Illumina platform. Sequences were formatted via OBITools, aligned with BLAST+, and compared with three reference databases (MIDORI, WoRMS, and GenBank) for taxonomic assignment. A total of 39 taxa were found, of which 18 were identified as animal species, but most of the species were algae. Identifying only one taxon in common in the three databases revealed the inconsistency between the reference databases. Additionally, 166 OTUs in MIDORI and 179 OTUs in WoRMS and GenBank databases remained unidentified, indicating that they are deficient in terms of the reference sequence information of taxa found in Antarctica. We conclude that various methods and databases should be used in tandem for biodiversity characterization via metabarcoding in order to increase accuracy and capture species diversity, at least in Antarctica.

Benzer Tezler

  1. İklim değişikliğinin toprak mikrobiyal çeşitliliği üzerindekietkisinin değerlendirilmesi

    Assessment of the impact of climate change on soil microbialdiversity

    ÇİSEM SAKTAŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Biyolojiİstanbul Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEVCAN AYDIN

  2. Aydın ili ve çevresindeki sıcak su kaynaklarında arke çeşitliliğinin belirlenmesi

    Determination of archaeal diversity of hot water sources inAydin

    RÜMEYSA GÜLSU ÖZKAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    MikrobiyolojiAydın Adnan Menderes Üniversitesi

    Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GAMZE BAŞBÜLBÜL

  3. Antitümörojenik fenolik bileşiklerin pankreas kanser hücre hattında etkinliğinin incelenmesi

    Assessment of the efficiency antitumorigenic phenolic compounds in pancreatic cancer cell line

    BERZAN EKMEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyokimyaEge Üniversitesi

    Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLİNNAZ ERCAN

  4. Prostat adenokarsinomlarında anti-histone H1.5 ve amacr ekspresyonu, klinikopatolojik parametrelerle ilişkisi ve WHO 2016'ya göre yeniden skorlanması

    Antı-hıstone H1.5 and amacr expressıon ın prostate adenocarcınoma, relatıonshıp between clınıcopathologıcal parameters and re-score BY WHO 2016

    CANAN RIZAOĞLU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    PatolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı

    DR. EYLEM PINAR ESER

  5. Bazı benzoksazin türevlerinin Rec yöntemi ile genotoksik potansiyellerinin ve ökaryotik DNA topoizomeraz I enzimi üzerindeki inhibisyon etkilerinin değerlendirilmesi

    Assessment of genotoxic potentials of some benzoxazine derivatives by Rec assay and inhibitory effects of these compounds on eukaryotic DNA topoisomerase I

    FATMA ZİLİFDAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURAN DİRİL