Interrogation of the functionality of ERα binding sites with STARR-seq
Östrogen reseptör α bağlanma bölgelerinin STARR-seq ile sorgulanması
- Tez No: 774177
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ GÖZDE KORKMAZ, DOÇ. DR. NATHAN A. LACK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 86
Özet
Meme kanseri ve endometriyal kanser, dünya genelinde kadın popülasyonunda en sık görülen kanser türleridir. Bu kanser türlerinin ortak noktası, ilaca yanıt, hücre çoğalması ve hayatta kalması için önemli olan çeşitli genleri kontrol eden bir transkripsiyonel faktör olan Östrojen Reseptör alfa (ERα) aktivitesidir. Aktif ERα, sitoplazmadan çekirdeğe yer değiştirir ve burada genom üzerinde binlerce bölge ile bağ kurabilir. Bu bölgeler, ERα bağlanma bölgeleridir. Bu bölgeler, meme kanseri ve endometriyal kanseri'in başlaması ve ilerlemesi ile ilgili genleri kontrol eden düzenleyici elemanlar olarak bilinir. ERα'nın her iki kanser türündeki kritik rolü göz önüne alındığında, ERα'ya bağlı güçlendiricilerin hedef genlerin transkripsiyonunu nasıl yönlendirdiğinin daha iyi anlaşılması ve etkili tedavi stratejileri geliştirmek için umut vericidir. ERBS'leri meme kanserinde ve endometriyal kanserde karakterize etmek için, klinik ERBS'lerin arttırıcı aktivitesini yeni bir toplu paralel raportör tahlili olan STARR-seq ile nicel bir şekilde değerlendirmeyi amaçladık. Bu, iki sistemde ERα'nın transkripsiyonel aktivitesinin ilk işlevsel“haritasını”oluşturmamıza izin verecektir, bu haritalardan ERα tarafından düzenlenen arttırıcılar, indüklenebilir olanlar, yapısal olarak aktif olanlar ve aktif olmayanlar olarak sınıflandırılabilir. Bu ortak projenin ilk adımı olarak, klinik olarak ilgili ERBS'ler, özel bir STARR-Seq kitaplığı oluşturmak için ERα pozitif BCa ve EnCa hastalarından ERα ChIP-seq tarafından tanımlandı. Bir model olarak, hastalardan toplanan patolojik olarak önemli güçlendirici bölgeleri değerlendirmek için aday ERBS'lerin transkripsiyonel aktivitesini değerlendirmek için MCF7 hücreleri (meme kanseri) ve Ishikawa hücreleri (endometriyal kanser) kullanıldı. Bu tez kapsamında, STARR-Seq kütüphanesini MCF7 ve Ishikawa hücrelerine iletmek için deneysel koşulları optimize ettik ve optimizasyondan sonra; yeni nesil dizileme ve biyoinformatik analiz için gerekli örnekleri hazırladık. Biyoinformatik analiz son adım olarak gerçekleştirilecektir. Genel olarak, nihai hedef, klinik olarak tespit edilen ERBS'lerin aktivitesini tanımlamak ve kategorize etmek ve ERα arttırıcı aktivitesinin fonksiyonel bir haritalamasını oluşturmaktır.
Özet (Çeviri)
Breast cancer (BCa) and Endometrial cancer (EnCa) are the most common cancer types worldwide in the female population. The common point of these cancer types is Estrogen Receptor α (ERα) activity which is a transcriptional factor controlling a variety of genes important for drug response, cell proliferation and survival. Active ERα translocates from cytoplasm to the nucleus where it can bind thousands of regions, ERα binding sites (ERBSs). These regions are known as regulatory elements controlling the genes related to the initiation and progression of BCa and EnCa. Considering the critical role of ERα in both cancer types, a better understanding of how ERα-bound enhancers drive the transcription of target genes is promising to clarify unique pathways and to develop effective treatment strategies. To characterize the ERBSs in BCa and EnCa, we aimed to assess the enhancer activity of clinical ERBSs in a quantitative manner with a novel massively parallel reporter assay, STARR-seq. This will allow us to generate the first functional“map”of transcriptional activity of ERα in two systems, from these maps ERα regulated enhancers can be classified as inducible ones, constitutively active ones, and inactive ones. As a first step of this collaborative project, clinically relevant ERBSs were identified by ERα ChIP-seq from ERα positive BCa and EnCa patients to create a custom STARR-Seq library. As a model, MCF7 cells (breast cancer) and Ishikawa cells (endometrial cancer) were used to assess the transcriptional activity of candidate ERBSs to assess pathologically important enhancer regions collected from patients. Within the scope of this thesis, we optimized the experimental conditions to deliver a custom STARR-Seq library to cell lines models, MCF7 and Ishikawa, and after optimization; we prepared samples required for next-generation sequencing and bioinformatic analysis. The bioinformatics analysis will be performed as the final step. Overall, the final goal is to identify and categorize the activity of clinically detected ERBSs and generate a functional mapping of ERα enhancer activity.
Benzer Tezler
- Karpal tünel sendromu tanılı bireylerde transkütanöz auriküler vagus sinir uyarımının sinir ileti hızı, kavrama kuvveti, ağrı ve üst ekstremite fonksiyonelliğine etkisi
The effect of transcutaneous auricular vagus nerve stimulation on nerve conduction velocity, grip strength, pain and upper extremity functionality in individuals diagnosed with carpal tunnel syndrome
RIDVAN YILDIZ
Doktora
Türkçe
2023
Fizyoterapi ve RehabilitasyonBahçeşehir ÜniversitesiFizyoterapi ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ALİ VEYSEL ÖZDEN
- Uzaktan algılama ve coğrafi bilgi sistemi kullanılarak küçükbaş hayvancılık işletmeleri için uygun yer seçimi
Selection of convenient locations for small ruminant farms by using remote sensing and geographic information system
ESİN DERİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
ZiraatEge ÜniversitesiTarımsal Yapılar ve Sulama Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALİL BAKİ ÜNAL
- Wireless thin-film microwave resonators for sensing and marking
Algılama ve işaretleme için kablosuz ince-film mikrodalga rezonatörler
AKBAR ALIPOUR
Doktora
İngilizce
2017
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HİLMİ VOLKAN DEMİR
- GSM transmisyon donanımları gözetim ve denetim arayüzü
Supervision of the base station subsystem transmission equipments on the GSM
NEVİN BASIM
Yüksek Lisans
Türkçe
1994
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiPROF.DR. EMRE HARMANCI
- Les procureurs de la République travaillant au sein des cours d'assises en Turquie à l'égard des politiques néolibérales
Neoliberal politikalar bağlamında Türkiye ağır ceza mahkemelerinde görevli Cumhuriyet savcıları
GÖZDE AYTEMUR NÜFUSÇU
Yüksek Lisans
Fransızca
2013
SosyolojiGalatasaray ÜniversitesiSosyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. VERDA İRTİŞ