Antepfıstığında (Pistacia vera L.) ilişkili haritalama yöntemi kullanılarak bazı biyokimyasal parametreler ile bağlantılı lokusların belirlenmesi
Determination of loci related to some biochemical parameters using association mapping method in pistachio (Pistacia vera L.)
- Tez No: 775724
- Danışmanlar: PROF. DR. NESİBE EBRU KAFKAS
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 208
Özet
Antepfıstığı Pistacia cinsi içerisinde Anacardiceae familyasında ve Pistacia cinsi içerisinde yer alan türler arasında tek ekonomik değeri olan türdür. Latince adı Pistacia vera L.'dır ve içerdiği besin değerleri bakımından insan sağlığı açısından oldukça önemli sert kabuklu bir meyve türüdür. Antepfıstığı ıslah çalışmalarını sınırlayan faktörlerin başında periyodisite göstermesi, çok uzun bir gençlik kısırlığı döneminin olması ve dioik çiçek yapısına sahip olması gelmektedir. Islah programlarında bu tür kısıtlamaların üstesinden gelebilmek için markör destekli seleksiyon oldukça önemlidir. Bu çalışmada toplam 150 dişi çeşit ve genotip kullanılarak meyve kalite özelikleri ile ilişkili lokusların belirlenmesi hedeflenmiş ve fenolik bileşik (gallik asit, kateşin, kersetin, naringenin, klorojenik asit, ferrulik asit, p-kumarik, rutin, luteolin), şeker (fruktoz, glikoz, sakkaroz), renk (L,a,b,C,hº) ve klorofil (klorofil a, klorofil b, toplam klorofil) analizleri 2018 ve 2020 üretim yıllarında hasat edilen meyveler kullanılarak yapılmıştır. Toplam 150 antepfıstığı çeşit ve genotipine ait genotipik veri kullanılarak ölçümü yapılan toplam 30 adet fenotipik veri ile ilişkili SNP lokusları R programının GAPIT fonksiyonu kullanılarak MLM (mixed linear model) yaklaşımıyla belirlenmiştir. Minor allel frekansı MAF=0.05 olarak uygulanmıştır. Öncelikle önemli ilişkileri belirlemek için Bonferroni testi p=0.01 olarak uygulanmış ve analiz sonrasında p=10-4 seviyesinde yüksek ilişkili lokuslar seçilmiştir. İlişki haritalama sonucunda toplam 11 adet fenotipik özellik ile ilişkili 2018 yılında 65,386 adet, 2020 yılında 51,467 adet her iki yılda da ortak toplamda 249 adet bağlantılı lokus tespit edilmiştir. Elde edilen SNP lokusları doğrulamaları yapıldıktan sonra bu özellikler bakımından antepfıstığı ıslah programlarında markör destekli seleksiyon çalışmalarında kullanılabilecektir.
Özet (Çeviri)
Pistachio is a species in the Anacardiceae family within the genus Pistacia and only species with economic value among the species in the genus Pistacia. Its Latin name is Pistacia vera L. and a type of hard-shelled fruit that is very important for human health in terms of nutritional values. The main factors limiting pistachio breeding studies are periodicity, a very long juvenile period, and its dioecious flower nature phenomena. In order to overcome such limits in breeding programs, marker assisted selection is very significant. In the present study, it was aimed to detect loci associated with fruit quality traits by using a total of 150 female cultivars and genotypes. Firstly, phenolic compound (gallic acid, catechin, quercetin, naringenin, chlorogenic acid, ferulic acid, p-coumaric, rutin, luteolin), sugar (fructose, glucose, sucrose), color (L,a,b,C,hº) and chlorophyll (chlorophyll a, chlorophyll b, total chlorophyll) analyzes were performed using pistachio nuts harvested in 2018 and 2020 production years. SNP loci associated with a total of 30 phenotypic data calculated using genotypic data of a total of 150 pistachio cultivars and genotypes were detected by MLM (mixed linear model) approach using the GAPIT function of the R program. Minor allele frequency was applied as MAF=0.05. Bonferroni test was applied as p=0.01 to determine important relationships, and after the analysis, highly associated loci at p=10-4 level were applied. As a result of the association mapping, a total of 249 linked loci were identified in both years, 65,386 loci in 2018, 51,467 loci in 2020, associated with a total of 11 phenotypic traits. Once the obtained SNP loci are verified, they can be used in marker assisted selection studies in pistachio breeding programs in terms of these traits.
Benzer Tezler
- Antepfıstığında (Pistacia vera L.) ilişkili haritalama yöntemi kullanılarak bazı meyve kalite özellikleri ile bağlantılı lokusların belirlenmesi
Determination of loci related with some fruit quality traits in pistachio (Pistacia vera L.) using the assocation mapping method
LEYLA NUREFŞAN GÜNDÜZ
Doktora
Türkçe
2024
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Antepfıstığında (Pistacia vera L.) yeni nesil tekrar-sekanslama verilerinde biyoinformatik araçlarla mutasyonların tespiti ve meyve özellikleri ile bağlantılı lokusların ilişkili haritalama yöntemi ile belirlenmesi
Detection of mutations using bioinformatic tools in next generation re-sequencing data and determination of loci linked to nut traits by association mapping in pistachio
HARUN KARCI
Doktora
Türkçe
2022
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Siirt fıstığında (Pistacia vera L.) periyodisite mekanizmasının moleküler ve fitokimyasal seviyede incelenmesi
Investigation of the alternate bearing mechanism in the Siirt (Pistacia vera L.) at molecular and phytochemical levels
AYŞE ASLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyokimyaSiirt ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BEHCET İNAL
DOÇ. DR. BURCU TUNCER
- Şanlıurfa ili antepfıstığı (Pistacia vera L.) bahçelerinin mikro besin içeriklerinin belirlenmesi
Determination of micro nutrient contents of pistachio (Pistacia vera L.) orchards in Şanlıurfa
YILMAZ IŞIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Mühendislik BilimleriHarran ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İZZET AÇAR
- Antepfıstığında (Pistacia vera L.) bazı anaç adaylarının moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of some rootstock candidates in pistachio (Pistacia vera L.)
MEHMET ALPER SAĞLAM
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS