Uzamsal transkriptomiks analizleri için tek hücre RNA sekanslama verilerinden hareketle işaretçi gen seçimi yapan yeni bir yöntemin geliştirilmesi
A new marker selection method from single cell RNA sequencing data for spatial transcriptomics analyses
- Tez No: 775723
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BERAT DOĞAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Genetik, Computer Engineering and Computer Science and Control, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İnönü Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 104
Özet
Son birkaç yılda geliştirilen teknolojiler ile birlikte artık herhangi bir anda hücre içerisindeki transkriptomun uzamsal olarak analiz edilebilmesi mümkün hale gelmiştir. Hücrelerin gen ifadesine ilişkin konum bilgisinin artık elde edilebiliyor olması hücrelerin uzamsal olarak birbirleriyle olan ilişkilerini ve dolayısıyla hücresel düzeyde vücutta meydana gelen birçok biyolojik süreci daha iyi anlamamıza imkân tanımaktadır. Ancak gelişmekte olan uzamsal teknolojilerin deneysel maliyetleri hala yüksektir ve bu teknolojilerin bazıları deney öncesinde hücre tiplerini birbirlerinden ayırt edebilen kısıtlı sayıdaki işaretçi genin önceden belirlenmesine ihtiyaç duymaktadır. Bu tez kapsamında literatürde in situ uzamsal transkriptomik deneyleri için gen seçimi işlemini gerçekleştiren yöntemler incelenmiş, eksiklikleri belirlenmiş ve eksiklikleri gidermek için bir yöntem geliştirilmiştir. Geliştirilen yöntem literatürde önerilen diğer yöntemler ile birçok açıdan karşılaştırılmış, üstünlükleri ve eksiklikleri tartışılmıştır. Sonuçlar, önerilen yöntemin değerlendirilen birçok parametre için mevcut yöntemlerden üstün olduğunu açıkça göstermektedir. Ayrıca önerilen yöntem açık erişimli bir yazılım paketi haline getirilerek araştırmacıların kullanımına sunulmuştur.
Özet (Çeviri)
Recent studies showed that cell-cell communication regulated by biochemical signals is an important aspect of tissue structure and function and regulates individual cellular processes. Therefore, knowing the spatial positions of cells in the tissue is critical to understanding normal development and disease pathology. With the help of the recent technological developments, it has now become possible to spatially analyze the transcriptome of a cell at any time. However, the experimental costs of emerging spatial transcriptomics technologies are high, and some of these technologies require predetermination of the limited number of marker genes that can distinguish cell types from each other prior to experimentation. Within the scope of this thesis, the methods that perform the gene selection process for in situ spatial transcriptomics experiments in the literature were examined, the deficiencies were determined, and a method was developed to eliminate the deficiencies. The developed method was compared with other methods suggested in the literature in many respects, and its advantages and disadvantages were discussed. The results clearly show that the proposed method is superior to existing methods for many parameters evaluated. In addition, the proposed method has been turned into an open access software package and made available to researchers.
Benzer Tezler
- Spatial cellular communication in pancreatic cancer microenvironments
Pankreatik kanser mikroçevrelerinde uzamsal hücresel iletişimler
GÜLBEN AVŞAR ÖZCAN
Doktora
İngilizce
2023
BiyomühendislikGebze Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR PİR
- Comparative analysis of the molecular, spatial, and functional domains of vertebrate habenula
Omurgalı habenulasının farklı moleküler, uzamsal ve fonksiyonel bölgelerinin belirlenmesi ve türler arası karşılaştırılması
YAĞNUR IŞIK ÇİFTCİ ÇOBANOĞLU
- Identifying spatio-molecular distribution of vertebrate Olfactory bulb through SC-RNA sequencing in mouse and zebrafish
Fare ve Zebra Balığı'nda tek hücre RNA dizileme yoluyla omurgalı Olfaktör bulbus'unun moleküler ve bölgesel dağılımının belirlenmesi
ERSİN BERKAY PEKER
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyoistatistikAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiBiyoistatistik ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN
PROF. DR. EMRE YAKSI
- Molecular motor contractile mechanism of retinal pericytes
Retinal perisitlerin moleküler motor kasılma mekanizması
GÜLCE KÜRELİ
Doktora
İngilizce
2020
FizyopatolojiHacettepe ÜniversitesiNörolojik ve Psikiyatrik Temel Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TURGAY DALKARA
- Artırılmış gerçeklik destekli mobil uygulamanın ortaokul öğrencilerinin uzamsal görselleştirme ve zihinde döndürme becerilerine etkisinin incelenmesi
Investigation of the effect of augmented reality supported mobile application on spatial visualization and mind rotation skills of secondary school students
YUNUS ÖZDEMİR
Doktora
Türkçe
2024
Eğitim ve ÖğretimBolu Abant İzzet Baysal ÜniversitesiBilgisayar ve Öğretim Teknolojileri Eğitimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NUH YAVUZALP