In silico target prediction of 6-gingerol and similar compounds as possible anticancer agents.
Antikanser etkili 6-gingerol ve benzeri bileşiklerin olası ın silico hedeflerinin tahmini.
- Tez No: 778122
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ENİSE ECE GÜRDAL, DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜLÇİN TUĞCU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Eczacılık ve Farmakoloji, Pharmacy and Pharmacology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yeditepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Farmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 104
Özet
Kanser halen milyonlarca insanı etkilemekte ve dünya çapında hastalık ve ölümlere neden olmaktadır. Yaygınlığı nedeniyle, yeni antikanser ilaçların keşfi farmasötik kimyada her zaman popüler bir konu olmuştur. Doğal ürünler, güvenilir bir biyoaktif madde kaynağı ve yeni terapötik ipuçları için zengin bir kaynak sağlar. Ayrıca, bitkisel maddeler daha az yan etkiye sahiptir, nispeten ekonomiktir ve güçlü bir alternatif sunar. Bu nedenlerle, çalışmada, zencefildeki (Zingiber officinale Roscoe) polifenollerden biri olan ve özellikle antikanser aktivite olmak üzere çeşitli biyolojik aktivitelerle karakterize edilen 6-gingerol üzerine odaklanıldı. İlk olarak benzerlik taraması kullanarak 6-gingerol'ün benzer analoglarını tarandı ve daha sonra in silico hedef belirleme sunucuları kullanılarak 6-gingerol ve benzer bileşiklerinin varsayılan biyolojik hedefleri araştırıldı. Özellikle bir antikanser hedef olarak kinazlar üzerindeki etkisine odaklanıldı. 6-gingerol ve benzerleri için B-Raf proto-onkojen serin/treonin kinaz (B-RAF), Janus kinaz (JAK1/2), hücre dışı sinyale düzenlenen kinaz (ERK1(MAPK3)) ve insan p38 mitojen-aktive kinazı (p38γ) ile kenetlenme çalışmaları gerçekleştirildi. Hesaplamalı çalışmalar, vanilglikol, L-(+)-vanilmandelik asit, dehidrozingeron, 2-metoksiestron, metilvanilat, dihidrokoniferil aldehit, pratensein, asetovanillon, asetosiringon, likokalkon B, izoferulik asit, kurkumin PE ve koniferaldehitin bu hedeflerden en az biriyle etkileşime girebileceğini ortaya koymuştur. Ayrıca, incelenen tüm bu bileşikler Lipinski'nin beş kuralını karşılamıştır. Toksisite tahminleri için kullanılan hesaplamalı yaklaşımlar, bileşiklerin hiçbirinin kardiyak ve hepatik organlar üzerinde toksisiteye sahip olmadığını ortaya koymuştur. Ayrıca, seçilen bu bileşikler bir veya daha fazla tümör hücresi üzerinde toksisiteye sahiptir. Sonuç olarak, in silico hedef ve toksisite tahminleri, 6-gingerol ile benzer moleküller olan bu bileşiklerin, gelecekteki öncü optimizasyon çalışmalarında daha da geliştirilebilecek potansiyel antikanser adaylar olduğunu ortaya koymuştur.
Özet (Çeviri)
Cancer still affects millions of people and causes death around the globe. Due to its prevalence, the discovery of novel anticancer drugs has always been a hot topic in pharmaceutical chemistry. Natural products provide a reliable source of bioactive substances and a rich resource for novel therapeutic leads. Also, the phyto-substances have fewer side effects, are relatively affordable, and offer a potent alternative. Hence, in our study, the 6-gingerol was focused on, as one of the polyphenols in ginger (Zingiber officinale Roscoe) characterized by a diversity of biological activities, specifically anti-cancer activity. Similar analogues of 6-gingerol were firstly screened by using similarity screening and then the putative biological targets of 6-gingerol and its similar compounds were investigated by using in silico target fishing servers. Their effect on the kinases as an anti-cancer target were specifically focused on. The docking study was performed for the 6-gingerol and its similars with the B-Raf proto-oncogene serine/threonine kinase (BRAF), Janus kinase (JAK1/2), extracellular signal-regulated kinase (ERK1(MAPK3)), and human p38 mitogen-activated kinase (p38γ) crystal structures. Computational studies revealed that vanylglycol, L-(+)-vanillylmandelic acid, dehydrozingerone, 2-methoxyestrone, methylvanillate, dihydroconiferyl aldehyde, pratensein, acetovanillone, acetosyringone, licochalcone B, isoferulic acid, curcumin PE, and coniferaldehyde can interact with at least one of these targets. Also, all these studied compounds satisfied Lipinski's rule of five. The computational approaches that were used for toxicity predictions revealed that none of the compounds have toxicity on cardiac and hepatic organs. Furthermore, these selected compounds have toxicities on one or more tumor cells. Eventually, the in silico target and toxicity predictions revealed that these similar molecules to 6-gingerol, are possible anticancer candidates that could be developed further within future lead optimization studies.
Benzer Tezler
- DCX ve PAFAH1B1 genlerindeki tek nükleotit polimorfizmlerin (SNP) In silico olarak değerlendirilmesi
Evaluation of Single Nükleotide Polymorphisms(SNP) in DCX and PAFAH1B1 genes as In silico
AHMET TAMER
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
NörolojiÜsküdar ÜniversitesiNörobilim Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MESUT KARAHAN
DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA KAMAN
- Alzheımer hastalığına karşı moleküler modelleme yöntemi kullanılarak yeni inhibitörlerin dizayn edilmesı ve farklı in silico yöntemler kullanılarak bu inhibitörlerin ilaç benzerlik ve admet profillerinin değerlendirilmesi
Design of new inhibitors against Alzheimer's disease using molecular modeling and evaluation of the drug similarity and admet profiles of these inhibitors using different in silico methods
NİDA NUR DERELİ ÇALIŞKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Eczacılık ve FarmakolojiGaziantep ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. IŞIK DİDEM KARAGÖZ
- Bitkisel kaynaklı yeni tirozinaz inhibitörlerinin belirlenmesi üzerinde farmakognozik araştırmalar
Pharmacognostic researches on establishing new tyrosinase inhibitors of herbal origin
ÖVGÜ ÇELİKLER
Doktora
Türkçe
2017
Eczacılık ve FarmakolojiGazi ÜniversitesiFarmakognozi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İLKAY ERDOĞAN ORHAN
- Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi
Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods
GÜLŞAH AYDIN
Doktora
Türkçe
2020
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- Bazı anti-viral bitki bileşiklerinin SARS-CoV-2 virüsünün yapısal olmayan proteinleri üzerindeki terapötik etkilerinin in silico incelenmesi
In silico investigation of the therapeutic effects of some anti-viral plant compounds on non structural proteins of SARS-CoV-2 virus
FADİME TAŞDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyomühendislikSelçuk ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESMA ERYILMAZ DOĞAN