In silico discovery of dual Hsp90 inhibitors targeting HDAC6 and alk for cancer therapy
Kanser tedavisi için HDAC6 ve alk'yi hedef alan ikili Hsp90 inhibitörlerinin in siliko keşfi
- Tez No: 966319
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ İSMAİL AKÇOK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Moleküler dinamik benzetimi, Moleküler kenetleme, İn siliko, Molecular dynamic simulation, Molecular docking, In silico
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Abdullah Gül Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Isı şoku proteini 90 (Hsp90), histon deasetilaz 6 (HDAC6) ve anaplastik lenfoma kinaz (ALK), protein homeostazını ve hücresel süreçleri düzenlemedeki birbiriyle bağlantılı rolleriyle kanser araştırmalarında önemli terapötik hedeflerdir. Bu proteinlerin sitozolik kompleks içindeki etkileşimi, kanser hücresinin hayatta kalmasını ve ilerlemesini düzenlemede kritik bir rol oynar. Özellikle, güncel çalışmalar, Hsp90-HDAC6 veya Hsp90-ALK'nin eş zamanlı inhibisyonunun sinerjik etkiler üretebileceğini ve kötü huylu kanserlerle mücadele için umut verici bir terapötik potansiyel sunabileceğini vurgulamaktadır. Bu tezin amacı, hem Hsp90-HDAC6 hem de Hsp90-ALK proteinlerini inhibe edebilen potansiyel bileşikleri keşfetmektir. Bu amaçla, bir dizi in-silico hesaplama tekniği kullanıldı. Hsp90-HDAC6 bölümü için, ZINC veri tabanından benzerlik filtrasyonu ile 791 molekül ve COCONUT veri tabanından 5 kriterli Lipinski kuralı ile 361.179 bileşik Hsp90-ALK bölümü için seçildi. Seçilen ligandlar sorumlu protein yapıları üzerinde yerleştirmeye tabi tutuldu. Her iki hedefe karşı en iyi bağlanma skorlarını gösteren en iyi ligandlar, referanslarıyla birlikte daha ileri analizler için kullanıldı. Daha sonra, seçilen ligandlar üzerinde ADME tahmini ve moleküler dinamik simülasyonları gerçekleştirildi. Tüm analizlerin tamamlanmasının ardından, ayrıntılı bir in-silico değerlendirmesi, Hsp90-HDAC6 bölümünde ZINC27653366'nın ve Hsp90-ALK bölümünde CNP0264442.1'in en yüksek inhibitör potansiyelini gösterdiğini ve bunları en umut verici inhibitörler haline getirdiğini ortaya koydu.
Özet (Çeviri)
Heat shock protein 90 (Hsp90), histone deacetylase 6 (HDAC6), and anaplastic lymphoma kinase (ALK) are crucial therapeutic targets in cancer research with their interconnected roles in regulating protein homeostasis and cellular processes. Interaction of these proteins within the cytosolic complex plays a critical role in regulating cancer cell survival and progression. Notably, current studies highlight that the simultaneous inhibition of Hsp90-HDAC6 or Hsp90-ALK can produce synergistic effects and offer a promising therapeutic potential for combating malignant cancers. The objective of this thesis was to explore potential compounds that can inhibit both Hsp90-HDAC6 and Hsp90-ALK proteins. Therefore, a number of in-silico computational techniques were employed. For the Hsp90-HDAC6 part, 791 molecules with similarity filtration from the ZINC database and 361,179 compounds with Lipinski rule of 5 criteria from the COCONUT database were selected for the Hsp90-ALK part. All of them were subjected to docking on responsible protein structures. The top ligands demonstrating the best binding scores against both targets, along with their references, were selected for further analysis. Subsequently, ADME prediction and molecular dynamics simulations were conducted on the selected ligands. Upon completion of all analyses, a detailed in-silico evaluation revealed that ZINC27653366 and CNP0264442.1 exhibited the highest inhibitory potential for Hsp90-HDAC6 and Hsp90-ALK, respectively, making them the most promising inhibitors.
Benzer Tezler
- Ovulasyon indüksiyonu tedavisinde folliküler gelişimin ultrasonografik takibi
Başlık çevirisi yok
MERİH BAYRAM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Kadın Hastalıkları ve DoğumGazi ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜLAZIM YILDIRIM
- Çimentonun sertleşmesi üzerinde kimyasal komponentlerin etkisi
Başlık çevirisi yok
NACİYE TÜRKEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- Bazı esterlerin kinetik incelenmesi ve termodinamik parametrelerin belirlenmesi
Kinetic study and detesmination of thermodnamic parameters of some esters
İBRAHİM TAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- İzmir'de bazı yolların kapatılarak yaya bölgeleri oluşturma da kent peyzajını geliştirme açısından yeniden planlanması üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
BAHAR TÜRKYILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Şehircilik ve Bölge PlanlamaEge ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
- Atherosklerotik kalp hastalıklarında risk faktörleri
Risk factors in the coronary artery disease
MURAT SUHER