Geri Dön

Adi sazan (Cyprinus carpio) ve kahverengi alabalık (Salmo trutta) glutatyon S-transferaz (gstr) geninin tüm dokularda mRNA transkripsiyonlarının karşılaştırılması ve biyoinformatik analizler

Bioinformatics studies and comparition of mRNA transcription all tissues of (gsr) and common carp (Cyprinus carpio) and brown trout (salmo trutta) glutathione S transferase (gsr) gene

PDF İndir

  1. Tez No: 778126
  2. Yazar: BADRUL ISLAM ELSEVAR
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHTAP BAYIR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Atatürk Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 54

Özet

Amaç: Biyoenformatik araçları kullanarak; kahverengi alabalık (Salmo trutta) ve adi sazan (Cyprinus carpio)'da glutatyon s transferaz (gstr) geninin in siliko analizlerinin yapılması ve gstr geninin her iki balık türünün karaciğer, bağırsak, kas, beyin, kalp, göz, dalak, solungaç, böbrek, mide, ovaryum ve testis dokularındaki mRNA transkriptlerinin belirlenmesi bu araştırmanın amaçlarıdır. Yöntem: Bu çalışmada, dişi ve erkek kahverengi alabalık ve adi sazandan karaciğer, bağırsak, kas, beyin, kalp, göz, dalak, solungaç, böbrek, mide, ovaryum ve testis örenekleri alındı ve bu dokulardan cDNA elde etmek için önce her dokudan toplam RNA izole edildi. Daha sonra alınan tüm doku örneklerinden qPCR ile gstr geninin transkript miktarları belirlendi. İn siliko nalizler kapsamında gen yapısı, korunmuş gen sinteni dizaynı, fiogenetik ağaç analizleri ve diğer omurgalılarla olan benzerlik-özdeşlik oranlarının tespiti yapıldı. Bulgular: Kahverengi alabalık gstr geni için dişi balıklarda doku spesifik dağılım sırasıyla, karaciğerde 25,66 ± 1,49; bağırsakta 13,68 ± 0,61; kasda 0,42 ± 0,02; beyinde 1,73 ± 0,39; kalpte 2,89 ± 0,43; gözde 2,35 ± 0,18; dalakta 0,96 ± 0,21; solungaçta 14,27 ± 0,82; böbrekte 0,98 ± 0,17; midede 1,25 ± 0,15; ovaryumda 7,39 ± 0,32 olarak , erkek balıklarda ise doku spesifik dağılımın ise sırasıyla, karaciğerde 32,60 ± 1,70; bağırsakta 22,08 ± 0,59; kasda 4,01 ± 0,25; beyinde 1,38 ± 0,15; kalpte 4,79 ± 0,25; gözde 1,84 ± 0,13; dalakta 1,33 ± 0,08; solungaçta 24,70 ± 1,14; böbrekte 1,83 ± 0,08; midede 2,74 ± 0,13; testiste 15,86 ± 0,83 olarak tespit edilmiştir. Adi sazan gstr geninin doku spesifik dağılımı dişi balıklarda karaciğerde 39,06 ± 3,63; bağırsakta 29,48 ± 2,98; kasta 19,32 ± 1,32; beyinde 4,07 ± 0,50; kalpte 5,96 ± 0,39; gözde 2,11 ± 0,08; dalakta 1,09 ± 0,093; solungaçta 8,43 ± 0,33; böbrekte 1,79 ± 0,21; midede 3,00 ± 0,43; ovaryumda 12,11 ± 0,62 olarak, erkek balıklarda ise karaciğerde 77,81 ± 5,95; bağırsakta 46,25 ± 0,91; kasda 45,95 ± 3,42; beyinde 2,56 ± 0,23; kalpte 2,20 ± 0,25; gözde 0,92 ± 0,081; dalakta 1,32 ± 0,18; solungaçta 7,27 ± 0,37; böbrekte 1,99 ± 0,27; midede 2,46 ± 0,33; testiste 16,29 ± 1,16 olduğu elde edilmiştir. Sonuç: Kahverengi alabalık gstr geni için erkek ve dişi dokuları arasındaki transkripsiyonel farklılıkların incelendiğinde, bağırsak, solungaç, böbrek, mide, kas ve gonadların önemli derecede erkek balıklarda yüksek (p

Özet (Çeviri)

Purpose: The aims of this research are to perform in silico analyzes of glutathione s transferase (gstr) gene in brown trout (Salmo trutta) and common carp (Cyprinus carpio) using bioinformatics tools and determination of gstr mRNA transcripts of brown trout and common carp liver, intestine, muscle, brain, heart, eye, spleen gill, kidney, stomach, ovary and testis tissues. Method: In this study, liver, intestine, muscle, brain, heart, eye, spleen, gill, kidney, stomach, ovary and testis samples were taken from male and female brown trout and common carp, and total RNA was isolated from each tissue to synthesize cDNA from these tissues. Then, the transcript amounts of the gstr gene were determined by qPCR from all tissue samples. Gene structures, conserved gene synteny design, phyogenetic tree analyzes and similarity-identity ratios with other vertebrates were determined. Findings: Tissue-specific distribution for the brown trout gstr gene in female fish was 25.66 ± 1.49 in the liver, 13.68 ± 0.61 in the intestine; 0.42 ± 0.02 in the muscle; 1.73 ± 0.39 in the brain; 2.89 ± 0.43 in the heart; 2.35 ± 0.18 in the eye; 0.96 ± 0.21 in the spleen; 14.27 ± 0.82 in the gills; 0.98 ± 0.17 in the kidney; 1.25 ± 0.15 in the stomach; 7.39 ± 0.32 in the ovary. Tissue-specific distribution in male fish was 32.60 ± 1.70 in the liver; 22.08 ± 0.59 in the intestine; 4.01 ± 0.25 in the muscle; 1.38 ± 0.15 in the brain; 4.79 ± 0.25 in the heart; 1.84 ± 0.13 in the eye; 1.33 ± 0.08 in the spleen; 24.70 ± 1.14 in the gills; 1.83 ± 0.08 in the kidney; 2.74 ± 0.13 in the stomach; 15.86 ± 0.83 in the testis. The tissue-specific distribution of common carp gstr gene was 39.06 ± 3.63 in the liver in female fish; 29.48 ± 2.98 in the intestine; 19.32 ± 1.32 in the muscle; 4.07 ± 0.50 in the brain; 5.96 ± 0.39 in the heart; 2.11 ± 0.08 in the eye; 1.09 ± 0.093 in the spleen; 8.43 ± 0.33 in the gills; 1.79 ± 0.21 in the kidney; 3.00 ± 0.43 in the stomach; 12.11 ± 0.62 in the ovary. Tissue-specific distribution in male fish was 77.81 ± 5.95 in the liver; 46.25 ± 0.91 in the intestine; 45.95 ± 3.42 in the muscle; 2.56 ± 0.23 in the brain; 2.20 ± 0.25 in the heart; 0.92 ± 0.081 in the eye; 1.32 ± 0.18 in the spleen; 7.27 ± 0.37 in the gills; 1.99 ± 0.27 in the kidney; 2.46 ± 0.33 in the stomach; 16.29 ± 1.16 in the testis. Results: When the transcriptional differences between male and female tissues for the brown trout gstr gene were examined, it was seen that the intestine, gill, kidney, stomach, muscle and gonads were significantly higher in male fish (p

Benzer Tezler

  1. Tez No

    809608

    Effects of zinc added to diet on the growth parameters of carp juvenile (Cyprinus carpio)

    Sazan yavrularının (Cyprinus carpio) diyetine ilave edilen çinkonun büyüme parametreleri üzerine etkileri

    SHOKRI OMAR MUSTAFA MUSTAFA

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Su ÜrünleriFırat Üniversitesi

    Su Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUZAFFER MUSTAFA HARLIOĞLU

  2. Tez No

    57654

    Aynalı sazan (Cyrinus carpio L.) rasyonlarında protein ve enerji kaynağı olarak adi mürdümük (Lathyrus sativus L.) kullanımı üzerine bir araştırma

    Başlık çevirisi yok

    ŞENOL GÜZEL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1996

    Su ÜrünleriYüzüncü Yıl Üniversitesi

    Su Ürünleri Ana Bilim Dalı

    Y.DOÇ.DR. OSMAN ÇETİNKAYA

  3. Tez No

    348480

    Pullu sazan (Cyprinus carpio, L., 1758)'da diazinon'un cinsiyet steroidleri ve vitellojenin düzeyleri üzerine etkileri ve histopatolojisi

    Effects of diazinon on sex steroid levels and plasma vitellogenin concenration and histopathology of common carp (Cyprinus carpio, L., 1758)

    CENGİZ KORKMAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    FizyolojiMersin Üniversitesi

    Su Ürünleri Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. AHMET ERDEM DÖNMEZ

  4. Tez No

    852134

    Irak'ta aynalı sazanlarda (Cyprinus carpio l) septisemiye neden olan Aeromonas hydrophila bakterisinin deneysel enfeksiyonun patolojik ve önleyici olarak incelenmesine yönelik bir çalışma

    A study on pathological and preventive examination of experimental infection of Aeromonas hydrophila bacteria causing septicaemia in mirror carp (Cyprinus carpio l) in Iraq

    DHAMYAA ALFARAG

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    MikrobiyolojiAnkara Üniversitesi

    Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HAMİT KAAN MÜŞTAK

    DR. LUAY ABBAS AL-TEMIMY

  5. Tez No

    411684

    Eğirdir gölü balıklarında hipofiz bezinin anatomik ve histolojik yapısı üzerinde bir araştırma

    Başlık çevirisi yok

    M. RÜŞTÜ ÖZEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1990

    BiyolojiAkdeniz Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÜLŞEN TİMUR

Geri Dön