A non-parametric circular network construction via simulations and a Hidden Markov model for the HIV-1 protease cleavage site detection
Simulasyonlar üzerinde parametric olmayan bir dairesel ağ inşaası ve HIV-1 proteaz kesim noktalarının Hıdden Markov modeliyle tespiti
- Tez No: 778181
- Danışmanlar: PROF. DR. VİLDA PURUTÇUOĞLU, PROF. DR. ASHİS SENGUPTA
- Tez Türü: Doktora
- Konular: İstatistik, Statistics
- Anahtar Kelimeler: Biyoistatistik, Bulanık kümeler, Cauchy dizisi, Dairesel veriler, Sirkadiyen ritim, Çok değişkenli istatistik, Bioistatistics, Fuzzy sets, Cuchy sequence, Circular data, Circadian rhythm, Multivariate statistic
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İstatistik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu tezde, ağ yapıları üzerinde çalışılmıştır. İlk aşamada, dairesel bir ağ yapısı inşa edilmiştir. Literatürde önerilen metodlar ya güçlü dağılım ya da katı ağ yapısı varsayımlarını gerektirmektedir. Bu çalışmada ise özgün bir parametrik olmayan dairesel ağ modeli geliştirilmiştir. Modelin performansı kapsamlı bir simulasyon çalışması ile incelenmiştir. Tezin ikinci bölümünde ise, önceden bilinen bir ağ yapısının karmaşık problemleri çözmede nasıl kullanılabileceği örneklendirilmektedir. HIV-1 proteaz kesim bölgelerinin belirlenmesi için bir Hidden Markov modeli geliştirilmiştir. Özellik seçimi ve bulanık kümeleme yöntemleriyle, Baum-Welch EM algoritmasına güçlü bir başlangıç noktası verip önceki metodların performansı iyileştirilmiştir.
Özet (Çeviri)
In this thesis, problems regarding network structures are investigated. In the first part, a circular network model is built. In the literature, methods used to detect network structures of circular variables either have strong distributional assumptions or strict structural assumptions. To address these issues, a novel circular regression-based, non-parametric circular network model is proposed. The performance of the proposed method is examined in an extensive simulation study. In the second part, a method to utilize known network structures for further analyses is exemplified. An HMM model is built for the detection of the HIV-1 protease cleavage sites. By using feature selection and fuzzy clustering methods, a clever starting point is given to the Baum-Welch EM algorithm and the performance of earlier proposed methods is increased.
Benzer Tezler
- Astrofizik ve teknolojik fotometrik görüntü işleme sistemi
Astrophysic and technological photometric image processing system
NURETTİN ŞENYER
Doktora
Türkçe
2006
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. ÇİNGİZ EFENDİYEV
- Diasporanın sembolik sermayesi: Atina'da yaşayan İstanbullu Rumların aile fotoğrafları
The symbolic capital of the diaspora: Family photographs of the Rum Istanbulites of Athens
CEREN ACUN
Doktora
Türkçe
2021
AntropolojiGalatasaray ÜniversitesiRadyo Televizyon ve Sinema Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ Ö. MURAD ÖZDEMİR
- Design and optimization of compact vivaldi antenna with matching medium for microwave brain imaging applications
Mikrodalga beyin görüntüleme uygulamaları için eşleştirme ortamına sahip kompak vıvaldı antenin tasarımı ve optimizasyonu
CAFER UYANIK
Doktora
İngilizce
2025
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM AKDUMAN
- Radar uygulamalarında vivaldi anten tasarımı ve optimizasyonu
Vivaldi antenna design and optimization in radar applications
ERDEM BARLİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesiİletişim Sistemleri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEBAHATTİN EKER
- Transonik Eksenel Kompresörün Bütünleşik Tabanlı Şekil Optimizasyonu
Adjoint Based Shape Optimization of a Transonic Axial Compressor
ABDURRAHMAN GÜNDÜZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAHSİN ENGİN