The text-mining based neighboring and automated annotation of pubchem bioassays
Pubchem bioassays için metin madenciliği tabanlı komşuluk ve otomatik anotasyonu
- Tez No: 778581
- Danışmanlar: PROF. DR. JEFFREY SOLKA
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: George Mason Unıversıty
- Enstitü: Yurtdışı Enstitü
- Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Hesaplamalı Bilim ve Mühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
PubChem'de depolanan Yüksek Verimli Testlerin (HTS), yani BioAssay'lerin sayısı son yıllarda hızla arttı. BioAssay'ler için şu anda mevcut olan gruplama araçlarının ve tekli erişim analizi yaklaşımlarının, hızla artan veri hacmi ile pratik olmadığı ortaya çıktı. Bu çalışmada, yapılandırılmamış metin açıklamaları kullanılarak BioAssay'lerin otomatik komşuluğuna ve ek açıklamasına yönelik metin madenciliği tabanlı bir yaklaşım önerilmiştir. Mevcut test komşu yöntemleriyle karşılaştırıldığında test komşu kümeleme analizinden elde ettiğimiz sonuçlar, biyoanalizler arasındaki güçlü korelasyonların kavramsal ilgilerinden belirlenebileceğini ve PubChem'deki mevcut komşu yöntemleri tamamlayabileceğini göstermektedir. Tek bir yapılandırılmamış metin belgesinden anahtar sözcükler çıkarmak için yeni bir yöntem açıklanmakta ve yöntemin BioAssay açıklamalarına uygulandığında karşılaştırmalı performansı rapor edilmektedir. Son olarak, BioAssay metin açıklamalarının, prob kriterlerini karşılayan kimyasal maddelerin keşfine yönelik otomatik biyomedikal açıklamalarının sonuçları sunulmaktadır.
Özet (Çeviri)
The number of High Throughput Assays (HTS), namely BioAssays, deposited in PubChem has grown quickly in recent years. Currently available grouping tools and single retrieval analysis approaches for the BioAssays turned out to be impractical with the rapidly increasing volume of data. In this work, a text-mining based approach is proposed towards automated neighboring and annotation of BioAssays using their unstructured text descriptions. Our results from assay neighbor clustering analysis compared to the existing assay neighboring methods suggest that strong correlations among the bioassays can be identified from their conceptual relevance and complement existing neighboring methods in PubChem. A novel method to extract keywords from a single unstructured text document is described and the comparative performance of the method when applied to the BioAssay descriptions is reported. Finally results of the automated biomedical annotation of the BioAssay text descriptions towards the discovery of chemical substances that satisfy the probe criteria are presented.
Benzer Tezler
- An investigation of the performance of text mining-based text representation and classification methods on different datasets
Farklı veri kümeleri üzerinde metin madenciliği tabanlı metin temsili ve sınıflandırma yöntemlerinin performansının incelenmesi
ABDULKERİM BEKAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2026
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiVeri Mühendisliği ve İş Analitiği Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET ALİ ERGÜN
- Investigation of using the LSA model with similarity metrics for semantic-based web document clustering
Semantik bazlı web dokümanı kümelenmesi için benzeri metrikli LSA modelinin kullanımının incelenmesi
MASHHOOD ALI ALI
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolFırat ÜniversitesiYazılım Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. AYTUĞ BOYACI
- Ontology based text mining in Turkish radiology reports
Türkçe radyoloji raporlarında ontoloji tabanlı metin mağdenciliği
ONUR DENİZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Bölümü
DR. MELTEM TURHAN YÖNDEM
PROF. DR. GÖKTÜRK ÜÇOLUK
- Drug repositioning for neurodegenerative diseases based on bioinformatics and text mining analysis
Biyoinformatik ve metin madenciliği analizine dayalı nörodejeneratif hastalıklar için ilaç yeniden konumlandırma
KÜBRA TEMİZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyomühendislikAdana Alparslan Türkeş Bilim ve Teknoloji ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESRA GÖV
- Sanal gerçeklik teknolojilerinin sağlık hizmetleri alanında kullanımı ile ilgili yayınların metin madenciliği ve bibliyometrik analizi ile incelenmesi
Examination of publication on the use of virtual reality technologies in the field of healthcare with text mining and bibliometric analysis
MUSTAFA KAFES
Doktora
Türkçe
2025
Sağlık YönetimiAnkara ÜniversitesiSağlık Kurumları Yönetimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÇAĞDAŞ ERKAN AKYÜREK