Isoӏation molecular identification of Salmoneӏla typhemurium from Iraqi patients/Babylon
Irak/Babil'deki hastalardan Salmonella typhemurium'un izole moleküler tanımlanması
- Tez No: 779446
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ YAŞAR KEMAL YAZGAN, PROF. DR. AӏYAA SAAD ABED KARKOSH
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 67
Özet
Kasım 2021-Şubat 2022 döneminde Babil ilindeki İmam Sadık Eğitim Hastanesi ve özel tıp kliniklerine başvuran tifolu hastalardan bu çalışmada kullanılmak üzere toplam 190 klinik kan örneği toplanmıştır. Klinik tanı, (6-18) gün boyunca ateş, baş ağrısı, iştahsızlık, bulantı ve kusma, karında rahatsızlık ile diyare veya kabızlık gibi bazı semptomlarla yapıldı. 190 örnek toplandı ve 120 kan örneği alındı 70 çıkış(?) örneği. Toplam 190 örnekten 44'ü salmonella bakterisi için pozitif ve 146'sı negatif örnek gösterdi Toplam 120 kan örneğinden 26'sı pozitif çıktı 15 örnek Salmonella Typhi,16 Paratyphi B, 1 Örnek S. paratyphi A ve Örnek S. paratyphi B ve 12 Örnek S. typhimurium idi. Enterik ateş, düşük gelirli ve Irak da dahil olmak üzere orta gelirli ülkelerde ciddi bir halk sağlığı sorunudur. Tifo olduğundan şüphelenilen hastalardan alınan 190 örnek kültürde 44 izolatın (%23) Salmonella testi pozitifdir. 190 örnekten 44'ü (%23) biyokimyasal testler, VITEK2 kompakt sistem ve spesifik primer kullanılarak PCR testi kullanılarak Salmonella typhi için pozitifdi. kandaki ve hastane öncesi antibiyotik tedavisindeki Salmonella izolasyonunun düşük prevalansının muhtemel sebebi hastaneye yatıştaki gecikmenin bir sonucu olarak hastanede kaynak sıkıntısına bağlı olmasıdır. Tanıyı doğrulamak için hastalığın ilk haftasında hastalardan kan kültürü yapılır. Bu yöntem oldukça spesifik olmasına rağmen, bir dizi faktör nedeniyle düşük bir duyarlılığa sahiptir; bunlardan biri, ciddi enfeksiyona neden olmak için gereken az sayıda bakteridir, bu da 10/mL'den daha az olabilir ve çok düşük bir pozitif kültür verimi ile sonuçlanır ve dolayısıyla kesin bir teşhis koymada yetersizdir. Antibiyotiklerin antibakteriyel etkisi dışında, diğer potansiyel sınırlamalar, kullanılan kültür ortamının tipi, kanın alınma zamanı (bazı hastalar için çok geç olabilir), konağın bağışıklık tepki sistemi ve Salmonella'nın hücre içi özellikleri gibi faktörleri içerir. Moleküler düzeyde, ana virülans faktörleri genlerini hedef alan PCR yöntemi kullanılarak genotipik özellikleri karakterize etmek için Salmonella typhi izolatlarının genotiplemesi gerçekleştirilmiştir. Toplam 34 Salmonella typhi pozitif örneğinden, (tyv F, tyv R) virülans genleri için tarandı. S. paratyphi'de gözlenen (prt F par R geni) PCR tekniği ile taranırken, (tym F, tym R) S.typhimurium tespiti için kullanılmıştır. Multiplex PCR, tek bir PCR deneyinde birden fazla hedefin aynı anda amplifikasyonu için yaygın bir moleküler biyoloji tekniğidir. Bir multiplex tahlilinde, aynı reaksiyon karışımında birden fazla primer çifti kullanılarak birden fazla hedef dizi amplifiye edilir. Multiplex PCR, aynı numuneden birkaç hedefin tespiti için uygun maliyetli bir çözümdür.
Özet (Çeviri)
A Total of 190 clinical blood specimens were collected during this study which obtained from patients suffering from typhoid fever, who attended to Imam Al-Sadiq Teaching Hospital, and private medical clinics in Babylon province during the period from November 2021 to February 2022. The clinical diagnosis depended on the presence of some symptoms such as fever, headache, anorexia, nausea and vomiting, abdominal discomfort with diarrhea or constipation for (6-18) days. From190 samples were collected and taken out 120 blood samples 70 exit samples. Out of a total of 190 samples, 44 samples showed positive results for salmonella bacteria and 146 negative samples. Out of a total of 120 blood samples, 26 blood samples were positive divided as follows15 samples of Salmonella Typhi,16 Paratyphi B, 1 Samples S. paratyphi A and Sample S. paratyphi B and 12 Samples was S. typhimurium. Enteric fever is a serious public health concern in low-income and middle-income countries, including Iraq. There were 190 samples obtained from a patient suspected of having typhoid fever, with 44 isolates (23 %) testing positive for Salmonella in the culture. Out of 190 specimens 44 (23%) were positive for Salmonella typhi using biochemical tests, VITEK2 compact system, and PCR assay using specific primer. It is probable that the low prevalence of Salmonella isolation from blood and pre-hospital antibiotic treatment was attributable to a shortage of resources at the hospital as a result of the delay in hospital admission. A blood culture is performed on patients in the first week of illness to confirm the diagnosis. Although this method is highly specific, it has a low sensitivity due to a number of factors, one of which is the small number of bacteria required to cause severe infection, which can be less than 10/mL, resulting in a very low positive culture yield and thus the inability to make a definitive diagnosis. Except for the antibacterial effect of antibiotics other potential limitations include the type of culture medium used, the time of blood collection (which may be too late for some patients), the host's immune response system, and the intracellular characteristics of Salmonella. At a molecular level, genotyping of Salmonella typhi isolates was carried out to characterize the genotypic traits by using PCR method targeting the main virulence factors genes. Of the overall 34 Salmonella typhi positive samples were screened for virulence genes included (tyv F, tyv R). PCR technique also used for screening the ( prt F par R gene) which observed in S. paratyphi, while the (tym F, tym R) used for detection of S.typhimurium. Multiplex PCR is a widespread molecular biology technique for simultaneously amplification of multiple targets in a single PCR experiment. In a multiplexing assay, more than one target sequence is amplified by using multiple primer pairs in the same reaction mixture. Multiplex PCR is a cost effective solution for detection of several targets from the same sample.
Benzer Tezler
- Investigation of efflux pump and aminoglycoside resistance genes in Staphylococcus aureus strains isolated from clinical specimens in Iraq
Irak'ta klinik numunelerden izole edilen Staphylococcus aureus suşlarında atım pompası ve aminoglikosit direnç genlerinin incelenmesi
AHMED AWAD FATTOOH MUSLMAWI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YAŞAR KEMAL YAZGAN
DR. ÖĞR. ÜYESİ HİBA JASİM HAMZA
- Entegre yönetim sistemlerinin Türkiye'deki inşaat firmaları uygulamalarında iş sağlığı ve güvenliği üzerindeki etkinliği ve etkililiği analizi
ISO 9000 Quality Management System, ISO 14000 Environment Management System and OHSAS 18000 Occupational Health and Safety Management Systems, which are the integrated management systems applied by construction companies in Turkey
HASİNE İNCİ ATEŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiOkan Üniversitesiİş Sağlığı ve Güvenliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. COŞKUN ÖZKAN
- ISO 14000 Çevre Yönetim Sistemi Standartları ile Avrupa Birliği Çevre Etiketi ve aralarındaki ilişki: Türkiye'deki uygulamalar
European Union Eco Label wi̇th ISO 14000 Enviroment Management System Standarts and relationship between them: Practices in Turkey
AYSUN ÇAÇA
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
İşletmeKaramanoğlu Mehmetbey Üniversitesiİşletme Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MURAT ÖZ
- Meslek liselerinde ISO 45001 İSG Yönetim Sistemi uygulanması
ISO 45001 OHS Management System application in vocational high schools
ADİLE ZAHİR ESEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Eğitim ve ÖğretimHitit Üniversitesiİş Sağlığı ve Güvenliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜLDEN ASAN
- ISO 27001 bı̇lgı̇ güvenlı̇ğı̇ yönetı̇m sı̇stemlerı̇ standartlarının uygulanması: Gıda sektöründe bir uygulama
Implementation of ISO 27001 information security management systems standards: An application in the food sector
RIDVAN ÖZKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Bilim ve TeknolojiKaramanoğlu Mehmetbey ÜniversitesiYönetim Bilişim Sistemleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İLHAMİ TUNCER