Isolation and molecular identification of some types of soil bacteria, testing its ability to produce silver nanoparticles and investigating their effectiveness against leishmania tropica and molecular analysis of this parasite
Bazı toprak bakteri türlerinin izolasyonu ve moleküler tanımlanması, gümüş nanopartiküller üretme yeteneklerinin test edilmesi ve leishmania tropica'ya karşı etkinliklerinin incelenmesi ve bu parazitin moleküler çalışması
- Tez No: 781246
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ YAŞAR KEMAL YAZGAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyolojik Bilimler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 86
Özet
Bu çalışma, bazı toprak bakterilerinin süpernatant içermeyen hücre kültüründen AgNP'leri sentezlemek için tasarlanmıştır.Üçbakteri (Pseudomonas aeruginosa (suşu ALK320), Bacillus cereus (suşu HNB5)ve Corynebacterium striatum (suşu 1910I14) evrensel primerlerle polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile izole edilmiş ve doğrulanmıştır. Ardından, dizi sonuçları, türleri doğrulamak için Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi (NCBI) ile hizalanmıştır. Bu üç bakteri, nanopartiküller üretmek için besin suyunda büyütülmüştür. AgNP'lerin üretimini doğrulamak için kullanılan birçok yaklaşım, renk değişiklikleri, UV-görünür, TEM, Taramalı Elektron Mikroskobu ile başlar ve EDX ile biter. L. tropica'yı tanımlamak için PCR kullanılmıştır. Burada 18sRNA genini amplifiye etmek için iki primer kullanılmıştır. Bunlar, 450bp'lik bir amplifikasyon ürünü veren LITSR/L5.8S geninin spesifik bir primeri ve 120bp'lik bir amplifikasyon ürünü veren spesifik bir gen mkDNA primeridir. Sıralama sonuçları, Temel Yerel Hizalama Arama Aracını (BLAST) kullanarak NCBI'da L. Tropica ile %100 bir eşleşme gösterdi. L. Tropica üzerindeki ekstraselüler AgNP'lerin maksimum antileishmanial aktivitesi, sırasıyla P. aeruginosa, B. Cereusve C. Striatum kullanılarak sentezlenen AgNP'ler tarafından 24 saatlik inkübasyondan sonar baskılandıktan sonra 400 µL /mL'de % 64,72 ile büyüme inhibisyonu olarak kaydedilir. Şaşırtıcı bir şekilde, MTT tahlili, Leishmania antiparaziter aktivitesi olarak AgNP'ler için inanılmaz sonuçlar ortaya koydu. Özetleme kgerekirse, leishmaniasis tedavisine yönelik yeni yaklaşımımız yeni olanaklar sunuyor. Ayrıca, doğal kaynaklardan sentezlenen bu AgNP'ler, çeşitli patojenik bakteri ve parazitleri tedavi etmek için kullanılabilir.
Özet (Çeviri)
This study was designed to synthesize AgNPs from supernatant-free cellcultures of some soil bacteria. Three bacteria (Pseudomonas aeruginosa (strain ALK320), Bacillus cereus (strain HNB5), and Corynebacterium striatum (strain 1910I14)) have been isolated and confirmedby PCR with universal primers. Then, the sequence results aligned with National Center for Biotechnology Information (NCBI) to ensure the species. These three bacteria were grown in nutrient broth to produce nanoparticles. Many approachesareusedtoverifytheproduction of AgNPs. Theystartwithcolorchanges, UV-visible, TEM, Scanning Electron Microscope, and end with EDX. The polymerase chain reaction (PCR) was used to identify Leishmania tropica (L. tropica); in which two primers were used to amplifythe 18sRNA gene, and they are a specific primer of gene LITSR/L5.8S, which gave an amplification product of 450bp, and a specific primer of gene mkDNA, which provided an amplification product of 120bp. The sequencing results showed a matchof 100% for L.tropica in the NCBI using the Basic Local Alignment Search Tool (BLAST). The maximum antileishmanial activity of extracellular AgNPs on L. tropica is recorded as growth inhibition (64.72%)at 400 μL /mL after being suppressed following 24 h of incubation by AgNPs synthesized using P. aeruginosa, B. Cereusand C. Striatumassays.The MTT assay revealed incredible results for AgNPs as Leishmania antiparasitic activity, to sum up, our novel approach to leishmaniasis treatment opens up new possibilities. Also, these AgNPs synthesized from natural materials can be used to treat a wide range of pathogenic bacteria and parasites.
Benzer Tezler
- Gıda patojenleri için dijital PCR ile hızlı tespit yöntemlerinin geliştirilmesi
Development of rapid detection methods for food pathogens using digital PCR
YELİZ YÜCEL ÖZ
Doktora
Türkçe
2023
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTEN KARATAŞ
- Mağara bakterilerinden üretilen organik antibiyotiklerin antimikrobiyal ve antibiyofilm etkilerinin incelenmesi
Investigation of antimicrobial and antibiofilm effects of organic antibiotics produced from cave bacteria
KADRİYE BUŞRA KARATAY
Doktora
Türkçe
2024
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiEge ÜniversitesiNükleer Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FAZİLET ZÜMRÜT BİBER MÜFTÜLER
- Amycolatopsis ve Streptomyces türlerine ait bakterilerinin topraktan izolasyonu, teşhisi ve karakterizasyonu
Isolation, characterisation and identification of Amycolatopsis and Streptomyces spp. isolated from soil
TAHA CEYLANİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
BiyolojiYüzüncü Yıl ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EKREM ATALAN
- Dermatofitlerin izolasyonu ve moleküler tanımlanması ve bununla ilişkili bazı çevresel faktörlerin incelenmesi
Isolation and molecular identification of dermatophytes and investigation of some environmental factors associated with it
MURAD KHAMEES MUSHIB
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MikrobiyolojiKırşehir Ahi Evran ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHAMMET GAFFAROĞLU
YRD. DOÇ. DR. WALED KHALİD AHMED
- Doğal ekşi hamurlardan laktik asit bakterilerinin izolasyonu ve tanımlanması ile bazı probiyotik özelliklerinin saptanması
Isolation and identification of lactic acid bacteria from natural sourdoughs and determination of some probiotic characteristics
GİZEM KEZER
Doktora
Türkçe
2019
Gıda MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SAİT AYKUT AYTAÇ