Somatic copy number variant load in neurons of healthy controls and Alzheimer's disease patients
Sağlıklı kontrollerin ve Alzheimer hastalarının nöronlarında kopya sayısı varyasyonu yükünün belirlenmesi
- Tez No: 781408
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET SOMEL, DR. ÖĞR. ÜYESİ IDİL YET
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Biostatistics, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 184
Özet
Alzheimer hastalığı (AH) etiyolojisinde somatik kopya sayısı varyasyonlarının (KSV) olası rolü tartışmalıdır. Sitogenetik çalışmalar AH beyinlerinde artan CNV yükünü rapor etsede, son zamanlarda yapılan ve tekil hücre tüm genom dizilemesi yöntemi kullanarak frontal korteks beyin örneklerini inceleyen çalışma böyle bir bulgu rapor etmemiştir. Bu çalışmada, beş farkli beyin bölgesinde (entorhinal korteks, temporal korteks, hipokampal CA1, hipokampal CA3 ve beyincik) hem lazerle kesme ve yakalama (LCM) hem de floresan ile aktive edilen hücre sınıflandırılması (FACS) yöntemiyle diseke edilen piramidal nöronlar üzerinde düşük kapsamlı tekil hücre tüm genom dizilemesi yöntemi kullanarak bu soruyu yeniden ele aldık. 13 AH hastasının ve 7 sağlıklı kontrolün beyinlerinden elde edilen 1301 hücrede güvenilir şekilde saptanan somatik KSV'ler arasında, silinmeler, kazanimlara kıyasla daha sıktır. İlginç bir şekilde, kontrollerden alınan benzer sayıda hücreye kıyasla (farklı filtreleme yaklaşımları kullanılarak %4,1'e karşı %1.4 veya %0,9'a karşı %0,7), farklılıklar istatistiksel olarak olmasa da, AH'deki hücrelerde CNV olaylarının biraz daha yüksek sıklıkta gözlemledik. Teknik açıdan, LCM ile izole edilmiş hücrelerin, FACS ile izole edilmiş hücrelere kıyasla hücre içi okuma derinliği varyasyonunun daha yüksek olduğunu gözlemledik. Hücre içi okuma derinliği varyasyonunu azaltmak için, sinyal-gürültü oranlarını önemli ölçüde iyileştiren temel bileşen analizine dayalı gürültü giderme yaklaşımı önerdik. Son olarak, AH'deki LCM ile izole edilmiş nöronların, kontrol nöronlarından biraz daha fazla okuma derinliği değişkenliği barındırdığını gösterdik; bu, AH'den etkilenen bazı nöronların rapor edilen hiperploid profilleriyle ilgili olabilir.
Özet (Çeviri)
The possible role of somatic copy number variations (CNVs) in Alzheimer's disease (AD) aetiology has been controversial. Although cytogenetic studies suggested increased CNV loads in AD brains, a recent single-cell whole-genome sequencing (scWGS) experiment, studying frontal cortex brain samples, found no such evidence. Here we readdressed this issue using low-coverage scWGS on pyramidal neurons dissected via both laser capture microdissection (LCM) and fluorescence activated cell sorting (FACS) across five brain regions: entorhinal cortex, temporal cortex, hippocampal CA1, hippocampal CA3, and the cerebellum. Among reliably detected somatic CNVs identified in 1301 cells obtained from the brains of 13 AD patients and 7 healthy controls, deletions were more frequent compared to duplications. Interestingly, we observed slightly higher frequencies of CNV events in cells from AD compared to similar numbers of cells from controls (4.1% vs. 1.4%, or 0.9% vs. 0.7%, using different filtering approaches), although the differences were not statistically significant. On the technical aspects, we observed that LCM-isolated cells show higher within-cell read depth variation compared to cells isolated with FACS. To reduce within-cell read depth variation, we proposed a principal component analysis-based denoising approach that significantly improves signal-to-noise ratios. Lastly, we showed that LCM-isolated neurons in AD harbour slightly more read depth variability than neurons of controls, which might be related to the reported hyperploid profiles of some AD-affected neurons.
Benzer Tezler
- Karakterize edilemeyen kalıtsal kemik iliği yetmezliklerinde genetik nedenlerin araştırılması
Investigation of genetic causes in uncharacterized inherited bone marrow failures
HASİBE NESLİGÜL GÖNEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
GenetikHacettepe ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE NURTEN AKARSU
- Fıgo grade 1 endometrioid tip endometrial karsinomlarda immünhistokimyasal pole, mismatch repair(MMR) ve p53 mutasyonlarının myometrial invazyon ile ilişkisi
Association of immunohistochemical pole, mismatch repair (MMR) andp53 mutations with myometrial invasion in figo grade 1 endometrioidtype endometrial carcinoma
ZÜLAL TAFLIOĞLU TEKECİK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
PatolojiNecmettin Erbakan ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HACI HASAN ESEN
- Meme ve kolon kanserli hastalarda DNA analizi yöntemi ile somatik DNA değişimlerinin incelenmesi
Detection of somatic DNA changes in colon and breast cancer patients
SEMRA DEMOKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
Onkolojiİstanbul ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEJAT DALAY
- Bazı yapay tatlandırıcıların mtDNA hasarı üzerine etkilerinin incelenmesi
Investigation of the effects of some artificial sweeteners on mtDNA damage
NESİBE KÜRKLÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyokimyaMehmet Akif Ersoy ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE GÜL MUTLU GÜLMEMİŞ
- Primer immün yetmezlik hastalarında TREC/KREC analizi ile T ve B hücre gelişimi kontrolü
Control of T and B cell development by TREC/ KREC analysis in primer immunodeficiency patients
GİZEM ŞENTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Genetikİstanbul ÜniversitesiGenetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜGE SAYİTOĞLU
DOÇ. DR. ÖZDEN HATIRNAZ NG