Geri Dön

Molecular and epidemiological study of Streptococcus pneumonia in Thi-Qar province

Thi-Qar eyaletinde Streptococcus pneumoniae'nın moleküler ve epidemiyolojik çalışması

PDF İndir

  1. Tez No: 782324
  2. Yazar: ALAA HAMEED MOHAMMED MOHAMMED
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ OKAN ÜRKER, DR. ÖĞR. ÜYESİ AMRAN MEZHER LAWAS
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 92

Özet

03/05/2022 ile 28/08/2022 tarihleri arasında, Irak'ın Dhi-Qar Eyaleti'ndeki Göğüs ve Solunum Hastanesi ve valilikte yer alan Solunum Hastalıkları Merkezleri de dahil olmak üzere çeşitli hastanelerde görülen her iki cinsiyetten solunum yolu enfeksiyonu (15-80 yaş arası) olan hastalardan 100 balgam örneği alınmıştır. Bu örneklerden sadece 88 bakteri izolatı izole edilebilmiş ve tanımlanabilmiştir. Morfolojik ve kültürel özelliklere dayalı tanımlama bulguları dolayısıyla bakteri izolatı 30 (%34,1) Streptocoocus spp., 36 (%40.90) Staphylococcus spp. 9 (%10,23) Pseudomonas spp., 13 (%14.7) ise Klebsiella spp.'ye ait bulunmuştur. Biyokimyasal testler, API 20 STEP sistemi ve kan hemoliz paternleri kullanılarak daha fazla Streptokok izolatlarından türlar tanımlanmıştır. Tam tanımlama açısında, otuz Streptococcus izolatının sadece 20'sinin (%66,7) Streptococcus pneumoniae olduğunu ortaya koymuştur. Erkeklerde ise (%65) saptanan S. pneumoniae izolatlarının kadınlara (%35) göre istatistiksel olarak anlamlı bir fark yoktu. Yirmi S. pneumoniae izolatı için antibiyotik duyarlılığı araştırılarak Sonuçlar, bu izolatların çeşitli antibiyotik duyarlılığı modellerine sahip olduğunu çıkartmıştır. Eritromisin (%100), azitromisin (%85,0) ve klindamisin (%80,0) en yüksek direnç oranlarına sahipken seftriakson (%70,0), sefotaksim (%65,0), kloramfenikol (%65,0), tetrasiklin (%60,0) ve penisilin (%45,0) orta direnç oranlarına sahip olup diğer antibiyotiklerin direnç oranları nispeten daha düşüktü. Bu araştırmanın bulguları, S. pneumoniae izolatlarının Imipenem (% 100) ve Vankomisin (% 100) için yüksek derecede duyarlı olduğunu göstermiştir. Kesin tanı açısından 20 izolatın hepsinde Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) teknolojisi kullanılarak S. pneumoniae'nin tanımlanması için spesifik olarak LytA, Ply ve CpsA genlerinin varlığını gerektirdi. Tüm S. pneumoniae izolatları sırasıyla 480 ve 420 baz çifti bant boyutuna sahip olan LytA geni ve Ply geni için pozitif test edildi. Bu çalışmanın sonuçları, İran'da yapılan bir çalışmanın sonuçlarıyla %100 aynı görüşlere sahiptir (Hajia ve ark. 2013). Ancak İspanya'da yapılan bir çalışma, S. pneumoniae izolatlarında LytA ve Ply'nin saptanması için duyarlılığın% 100 olduğunu göstermiştir. İran'da bildirilen sonuç %84,74 iken, Birleşik Krallık'ta yayınlanan sonuç (%97,5) olmuştur.Bu çalışmada bulunan sonuçlar, bu rakamların her ikisinden de daha yüksek olup LytA geni, tanıda faydalı olmasının yanı sıra LytA olarak da bilinen otolizin enziminin kodlamasını da taşır. Bu enzim, bakteri hücrelerinin peptidoglikan omurgasını çözer ve sonuçta bakteriyel otolizle sonuçlanır. Zira LytA, pnömokokun ayırt edici özelliği olan otolitik etkiden sorumlu enzimdir. Hücre zarfına yerleştirilir ve çeşitli fizyolojik hücre işlemleriyle meşgul olur. Araştırmalar ışığında LytA, pnömolizin (Ply) gibi hücre içi toksinlerin salınmasını kolaylaştırmaktan ve proinflamatuar hücre duvarı fragmanları üretmekten sorumlu olabilir. Bu faktörlerin her ikisi de pnömokok hastalığının patogenezine katkıda bulunabilir. CpsA geni, izole edilmiş tüm S. pneumoniae suşlarında bulunabilir, Bu nedenle, bu bulgulardan çıkarılabilecek sonuç; CpsA'nın bu bakteride bulunmasıdır. Bu gen, moleküler tanımlama için seçilerek bir temizlik geni olarak çalıştığı biliniyor. Ayrıca, PCR doğrulaması için pozitif izolatlar nigrosin leke testi sonuçları ile tamamen tutarlıydı. Bu sonuçlar, elde edilen sonuçlarla ilişkilidir, bu da S. pnumoniae'nin tüm klinik izolatlarının örneklerinde bu geni içerdiğini göstermiştir. Belirli izolatların invazivliği, pnömokok kapsülü operonundaki ilk gen olan CpsA geninin ekspresyon seviyesi ile ilgilidir.

Özet (Çeviri)

Between 3/5/2022 and 28/8/2022,100 samples of sputum were taken from patients with respiratory tract infections (ages 15 to 80) of both sexes who were seen at various hospitals in the Dhi-Qar Governorate of Iraq including the Chest and Respiratory Hospital and the Respiratory Disease Centers dispersed throughout the governorate. Only 88 bacterial isolates could be isolated and identified from these samples. Thirty bacterial isolates (34.1%) were found to belong to Streptocoocus spp., 36 (40.90%) to Staphylococcus spp., nine (10.23%) to Pseudomonas spp., and thirteen (14.7%) to Klebsiella spp., due to the findings of identification based on morphological and cultural features. Then, using biochemical assays, the API 20 STEP system, and blood hemolysis patterns, Streptococcal isolates were further identified as species. Full identification revealed that only 20 (66.7%) of the thirty isolates of Streptococcus were Streptococcus pneumoniae. There was no statistically significant difference in the percentage of S. pneumoniae isolates detected in males (65%) versus females (35%). For the twenty S. pneumoniae isolates, antibiotic susceptibility was investigated. Results revealed that these isolates had various patterns of antibiotic sensitivity. Erythromycin (100%), azithromycin (85.0%), and clindamycin (80.0%) had the highest rates of resistance, while ceftriaxone (70.0%), cefotaxime (65.0%), chloramphenicol (65.0%), tetracycline (60.0%), and penicillin (45.0%) had moderate rates of resistance. Other antibiotics had relatively lower rates of resistance. The findings of this investigation demonstrated that S. pneumoniae isolates were remarkably responsive to Imipenem (100%) and Vancomycin (100%). The final diagnosis required the presence of the genes LytA, Ply, and CpsA, which are believed to be specific for the identification of S. pneumoniae using Polymerase Chain Reaction (PCR) technology, in all 20 isolates. All of the S. pneumoniae isolates tested positive for the LytA gene and the Ply gene, each of which had a band size of 480 and 420 base pairs, respectively. The results of this work agree 100% with the results of a study done in Iran by (Hajia et al. 2013), and a study that was conducted in Spain showed that the sensitivity for detection of the LytA and Ply in S. pneumoniae isolates was 100%. Both of these studies were conducted in Spain. The result that was reported in Iran was 84.74%, while the result that was published in the United Kingdom was (97.5%). The result that was found in this study is higher than both of those figures. In addition to being useful in diagnosis, the LytA gene also carries the coding for the enzyme autolysin, also known as LytA. This enzyme dissolves the peptidoglycan backbone of bacterial cells, which ultimately results in bacterial autolysis. LytA is the enzyme that is responsible for the autolytic action that is distinctive of pneumococcus. It is positioned in the cell envelope and is engaged in a range of other physiological cell processes. In light of research, LytA may be responsible for facilitating the release of intracellular toxins such as pneumolysin (Ply) and producing pro-inflammatory cell wall fragments. Both of these factors may contribute to the pathogenesis of pneumococcal disease. In addition, the CpsA gene can be found in all S. pneumoniae strains that have been isolated. Therefore, the conclusion that can be drawn from these findings is that CpsA is present in this bacterium. This gene was picked for molecular identification since it is known to operate as a housekeeping gene. Furthermore, the positive isolates for PCR confirmation were completely consistent with the nigrosin stain test results. These results correlate with the results obtained via, who pointed out that all clinical isolates of S. pnumoniae contained this gene in their samples. The invasiveness of particular isolates is related to the level of expression of the CpsA gene, which is the first gene in the pneumococcal capsule operon.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    452976

    Konjuge pnömokok aşısı sonrası invaziv pnömokok hastalığı sıklığı, serotip dağılımı ve antibiyotik direnci

    Antibiotic resistance, serotype distribution and prevalence of invasive pneumococcal disease after introduction of pneumococcal conjugate vaccine

    CANER YILDIZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıAnkara Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERDAL İNCE

  2. Tez No

    282399

    Zonguldak ilindeki Streptococcus pneumoniae klinik izolatlarının fenotipik ve genotipik yöntemlerle epidemiyolojik değerlendirilmesi

    The epidemiological evaluation of Streptococcus pneumoniae isolats with phenotypic and genotypic methods in Zonguldak

    EMRE NUR SARI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    MikrobiyolojiZonguldak Karaelmas Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CANAN KÜLAH

  3. Tez No

    365265

    Streptococcus milleri grup (SMG) bakterilerinin moleküler ve biyokimyasal yöntemler ile tiplendirilmesi

    Typing of streptococcus milleri group by molecular and biochemical methods

    GÜLŞEN GÜNEL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BÜLENT GÜRLER

  4. Tez No

    814967

    Kadınlarda meme ve rahim ağzı kanseri ile ilişkili insan papilloma virüsünün 18, 16, 31 ve 35 genotiplerinin epidemiyolojik ve moleküler çalışması

    Epidemiological and molecular study of genotypes 18, 16, 31 and 35 of the human papilloma virus associated with breast and cervical cancer in women

    QASIM MOHAMMED OTHMAN ALBAKKA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MELDA DÖLARSLAN

    PROF. DR. BASİM ABDULHUSSEİN CERULLAH

  5. Tez No

    753920

    An epidemiological molecular and immunological study of hepatitis B virus type among blood donors in Dhi Qar governorate

    Dhi Qar valiliği'nde kan bağışçıları arasında hepatit B virüsü tipinin epidemiyolojik moleküler ve immünolojik bir çalışması

    RABAB ABBAS GHALEB ALABBAS

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ YAŞAR KEMAL YAZGAN

    DR. ÖĞR. ÜYESİ AMRAN MEZHER LAWAS

Geri Dön