Sağlık çalışanlarında sars-cov-2 genom analizi ile salgın dinamiklerinin incelenmesi
Sars-cov-2 genom analysis and investigation of epidemic dymanics in healthcare workers
- Tez No: 782754
- Danışmanlar: PROF. DR. AYÇA ARZU SAYINER
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 131
Özet
Giriş ve Amaç: SARS-CoV-2 insanda salgına yol açan üçüncü zoonotik betakoronavirüstür. Sağlık çalışanları arasındaki SARS-CoV-2 enfeksiyonunun yayılımını incelemek, virüsün hastane içindeki veya hastane ile toplum arasındaki bulaşını sınırlayacak yöntemleri belirlemek ve pandeminin kontrolünü sağlamak açısından kritik öneme sahiptir. Filyasyon çalışmaları, bulaş dinamiklerini anlamada bazı ipuçları sunmakla birlikte ilişkileri değerlendirmek için viral kanıtlar gereklidir. Çalışmamızda, Dokuz Eylül Üniversitesi (DEÜ) Araştırma Uygulama Hastanesi'nde SARS-CoV-2 saptanan sağlık çalışanları ve temaslılarından oluşan kümelerde, epidemiyolojik verinin tam viral genom sekansı ve filogenetik analizle değerlendirilerek bulaş ağlarının incelenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: DEÜ Araştırma Uygulama Hastanesi'nde Mart 2020 ile Kasım 2021 arasında SARS-CoV-2 RNA pozitif sağlık çalışanları ve ilişkili olduğu düşünülen kişilerin verileri retrospektif olarak incelendi. Belirlenen 93 kişinin (28 küme) arşivlenmiş nazofaringeal sürüntü örneklerinden EZ1 Virus Mini Kit v2.0 (QIAGEN, Almanya) kullanılarak nükleik asid ekstrakte edildi. Sekans analizi öncesi, SARS-CoV-2 RNA tespiti RealStar®SARS-CoV-2 RT-PCR v1.0 (Altona Diagnostics) kiti ve Rotor-Gene Q cihazı kullanılarak tekrarlandı. RT Ct
Özet (Çeviri)
Introduction and Aim: SARS-CoV-2 is the third zoonotic beta coronavirus that caused outbreak in humans. Examining SARS-CoV-2 infection among healthcare workers (HCWs) is of critical importance in controlling the pandemic by limiting the spread of the virus within hospital or between the hospital and the community. Although phylogenetic studies provide some clues for investigating transmission dynamics, viral evidence is required to establish this relationship. In our study, we aimed to investigate the transmission chains by evaluating the epidemiological data from clusters of healthcare workers and contacts who were detected with SARS-CoV-2 in the DEÜ Hospital using whole genome sequencing (WGS) of the virus and phylogenetic analysis. Materials and Methods: The SARS-CoV-2 infected HCWs and their contacts detected between March 2020 and November 2021 at Dokuz Eylul University Research and Application Hospital were retrospectively analysed. The study was carried out on a total of 93 stored nasopharyngeal swab samples. RNA was isolated using EZ1-Virus-Mini-Kit according to the manufacturer's instructions. SARS-CoV-2 RNA was detected using RealStar®SARS-CoV-2RT-PCR Kit (Altona Diagnostics) on the Rotor Gene Q system before sequencing. WGS was performed on samples with RT Ct
Benzer Tezler
- Generation of plasmid-based eukaryotic model to investigate biology of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus nucleoprotein and glycoproteins
Kırım Kongo kanamalı ateşi virüsü nükleoproteinin ve glikoproteinlerinin biyolojisinin çalışılmasında plazmit temelli ökaryotik model oluşturulması
NESİBE SELMA ÇETİN
Doktora
İngilizce
2023
BiyoteknolojiBezm-i Alem Vakıf ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ZİYA DOYMAZ
- Sağlık çalışanlarında COVİD-19 antikor düzeylerinin araştırılması
Investigation of COVİD-19 antibody levels in healthcare professionals
SAADET İBİŞ
- Pamukkale Üniversitesi Hastanesi sağlık çalışanlarında inaktif SARS-CoV-2 aşılaması sonrası gelişen yan etkiler ve antikor yanıtlarının incelenmesi
The evolution of post-vaccination adverse reactions and antibody responses in healthcare workers after receiving the inactivated SARS-CoV-2 vaccine at Pamukkale University Hospital
ECE FİRUZE ÖZKAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiPamukkale ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MURAT KUTLU
- Sınovac aşısı uygulanan sağlık çalışanlarında aşı sonrası antikor düzeyinin belirlenmesi
Determination of post vaccination antibody levels in HEALTH workers administered with sinovac vaccine
KARDELEN BÜLBÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MikrobiyolojiMersin ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÖNÜL ASLAN
- SARS-COV-2 temaslı sağlık çalışanlarında bulaşma ile ilişkili etmenler ve bulaşma olasılığı kestirimi
Transmission related factors and prediction of infection probability in healthcare workers exposed to SARS-COV-2
SALİH KESKİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiHalk Sağlığı Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN ALPARSLAN ERGÖR