High resolution fluorescence imaging to study dynamics ofclathrin-coated structures
Klathrin kaplı yapıların dinamiklerinin incelenmesi amacıyla yüksek çözünürlüklü floresan görüntüleme
- Tez No: 784618
- Danışmanlar: PROF. DR. RICHARD FISHEL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyofizik, Fizik ve Fizik Mühendisliği, Biophysics, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: The Ohio State University
- Enstitü: Yurtdışı Enstitü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 192
Özet
Klatrin-kaplı yapıların (KKY) dinamikleri bir çok farklı floresan görüntüleme metodu ile çalışıldı. Tek molekül dinamiklerinin gerçek zamanlı görüntülenmesi için asimetrik aydınlatma (ASA) adı verilen yüksek kuvvetli arayüz aydınlatması tekniği geliştirdik. KKY'nin ASA altında gerçek zamanlı ağartma temelli konumlama mikroskobisi ile yüksek çözünürlüklü dinamikleri inşa edildi. Klatrin parçaların değiş tokuşları ve KKY'nin yeniden modellenmesi KKY'nin çevresinde yoğunlaştığı tesbit edildi. Ayrıca odaktaş üç boyutlu görüntüleme ile klatrin parçalarının ayrışmalarının yapıların kenarlarından olduğunu gösterildi. Bu sonuçlar KKY dinamiklerinin yapıların çevresine yoğunlaştığını destekler. Üç boyutlu hücre çıkıntılarının görüntülerinin ışık tabakası aydınlatması ile görüntülenmesi ile muhtemelen ufak KKY'lerden oluşmuş bir KKY yoğunluğunun, aktin geri akışı ile koordinasyonu gözlemlendi. Bu yapıların dinamikleri bunların çevreye tutunucu özellikler gösterdiğini belirtiyor. Ufak KKY ve büyük KKY'nin çevresindeki dinamikler, KKY'nin umumen tesbit edilmiş çevreye tutunucu ve mekanik sensör faaliyetlerini teyit ediyor. Asimetrik optik diye adlandırılan yeni bir optik tasarım metodu geliştirilmiş ve arayüz aydınlatması, ASA, için kullanılmıştır. Toplam iç yansımanın hızlı azalan aydınlatmasından daha verimli olduğu öne sürülmüştür.
Özet (Çeviri)
Dynamics of clathrin-coated structures (CCS) using various fluorescent imaging modalities are studied. In order to image single molecule dynamics in real-time we developed an intense surface illumination technique called skewed illumination (SKILL). Super-resolved dynamics of CCS are reconstructed by real-time bleaching assisted localization microscopy (rtBALM) imaging under SKILL. It is found that exchange of clathrin coat components and remodeling of the CCS likely to occur at the peripheral regions flat CCS. Confocal 3D imaging showed that removals of coat components also localize to the edges of the structures. These results support that CCS dynamics are localized towards their perimeters. Analysis of 3D reconstructions of cell protrusions imaged under light-sheet illumination showed that a dense population of CCS, likely to be dominated by small clathrin-coated plaques, associates with the actin retrograde flow. Their dynamics suggest they exhibit adhesive properties. The dynamics of adhesive small clathrin-coated plaques and remodeling of flat CCS around their perimeters confirm their reported adhesive and mechanosensitive roles. A novel optical design methodology, called skewed optics, is introduced and implemented for surface illumination, i.e. SKILL. It is suggested to outperform the fast decaying illumination of total-internal reflection (TIR).
Benzer Tezler
- Advanced optical imaging with scattering lenses
Saçılım mercekleri ile gelişmiş optik görüntüleme
HASAN YILMAZ
Doktora
İngilizce
2015
Fizik ve Fizik MühendisliğiUniversity of TwenteFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALLARD PIETER MOSK
- Tiyazol-ferrosen ile modifiye edilmiş kromenilyum-siyanin tabanlı ve çok kanallı yeni bir cıva (II) sensörün geliştirilmesi
Development of a novel multi-channel mercury (II) sensor based on chromenylium-cyanine modified with thiazole-ferrocene
ELİF YILMAZ
- Perinöronal ağların oluşum dinamiklerinin ve yapısının incelenmesi
Investigation of formation dynamics and remodelling of perineuronal nets
SAFİYE SERDENGEÇTİ
Doktora
Türkçe
2025
Fizyolojiİstanbul Medipol ÜniversitesiSinir Bilimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜRKAN ÖZTÜRK
- The development of genetically encoded imaging methods to study redox state and maturation of cytochrome C protein
Cytochrome Cproteininin redoks durumu ve maturasyonunu çalışmak için genetik olarak kodlanabilen görüntüleme metotlarının geliştirilmesi
SELEN MANİOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
BiyofizikKoç ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HALİL BAYRAKTAR
- GPU tabanlı paralel hesaplama tekniği ile LED tabanlı ve DMD Uygulamalı yapılandırılmış aydınlatma kullanan bir görüntüleme sisteminin oluşturulması
Development of an imaging system using LED based and DMD applied structured illumination with GPU based parallel computing
MUSA AYDIN
Doktora
Türkçe
2020
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolMarmara ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BUKET DOĞAN
PROF. DR. ALPER KİRAZ