Kerevit ganglia transkriptomundaki otopetrin benzeri bir proton kanalının modellenmesi
Modeling of an autopetrin-like proton channel in the crayfish ganglia transcriptome
- Tez No: 788720
- Danışmanlar: PROF. DR. NUHAN PURALI
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyofizik, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: kerevit, ganglia, in silico, simülasyon, proton kanalı, crayfish, ganglia, in silico, simulation
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyofizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 80
Özet
Nörobilimde iyon kanalları ve çeşitli nörotransmitter ve nöromodülatörlerin işlevlerinin anlaşılması açısından kerevit sıklıkla kullanılan bir model organizmadır. Çeşitli proteinlerin moleküler yapısı ve diğer protein ve ligandlarla dinamik etkileşiminin bilgisayar ortamında (in silico) modellenmesi günümüzde giderek artan oranda deneysel çalışmalarla uyumlu sonuçlar vermektedir. Simülasyon, söz konusu proteinlerin etkileşim dinamiklerinin belirlenmesi, çeşitli agonist ya da antagonistlerinin önerilmesi noktasında zaman ve bütçeden tasarruf sağlayan önemli bir araç haline gelmiştir. Bu tez çalışmasında kerevit gangliasında ilk kez tarafımızca izole edilmiş otopetrin ailesinden bir proton kanalının tam dizileri kullanılarak bunların üç boyutlu yapısı Alphafold ile belirlenmiştir. Yapı ve fonksiyon arasındaki ilişki CHARMM kuvvet alanı kullanılarak NAMD moleküler dinamik yazılımı aracılığı ile modellenmiş, iyonların protein rezidüleri ve sulu çözeltide bulunma olasılığının yüksek olduğu konumlar belirlenerek proton iletim yolları tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Crayfish is a frequently used model organism in neuroscience to understand the functions of ion channels and various neurotransmitters and neuromodulators. In silico modeling of the molecular structure of various proteins and their dynamic interactions with other proteins and ligands is increasingly yielding results that are compatible with experimental studies. Simulation has become an important tool that saves time and money in determining the interaction dynamics of the proteins in question and recommending various agonists or antagonists. In this thesis, the three-dimensional structure of the proton channel was determined by Alphafold using the complete sequences of a proton channel from the otopetrin family, which was determined for the first time by our research team. The relationship between structure and function was modeled by the NAMD molecular dynamics software using the CHARMM force field, and the proton transmission paths were determined by distribution the positions where the ions are likely to be found in protein residues and aqueous solution.
Benzer Tezler
- Cloning and determination of tissue specific expression pattern of Astacus leptodactylus Na+/Ca 2+ exchanger gene
Astacus leptodactylus Na+/Ca 2+ karşı değiştirici geninin klonlanması ve doku spesifik ifade deseninin belirlenmesi
BORA ERGİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyofizikHacettepe ÜniversitesiBiyofizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NUHAN PURALI
- Kerevitte (astacus leptodactylus) varsayılan voltaj kapılı sodyum kanalı α alt birimi geninin klonlanması ve kanal proteininin moleküler özelliklerinin belirlenmesi
Cloning putative voltage gated sodium channel alpha subunit gene in the crayfish (astacus leptodactylus) and molecular characterization of the channel protein
ÇAĞIL COŞKUN
- Protein seviyeleri farklı yemlerin yavru tatlı su kerevitlerinin (Astacus leptodactylus eschscholtz, 1823 ) büyüme, yaşama oranları ve vücut kompozisyonları üzerine etkileri
The effects of diets with different protein levels on growth, survival and body composition freshwater crayfish (Astacus leptodactylus eschscholtz, 1823)
ÖZLEM GÜNER
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
Su ÜrünleriMustafa Kemal ÜniversitesiSu Ürünleri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. YAVUZ MAZLUM
- Kerevit (Astacus leptodactylus esch., 1823) avcılığında kullanılan iki farklı ağ materyali kalınlığına (210/D6 PA ve 210/D21 PA) sahip pinterlerin av verimliliğinin karşılaştırılması.
Comparison of catch efficiency of mesh in two different material thicknes (210D/6 PA and 210D/21 PA) pinters on the freshwater crayfish (Astacus leptodactylus esch., 1823) capture.
LEVENT ÇILĞIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Su ÜrünleriTunceli ÜniversitesiSu Ürünleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÖNDER AKSU
- Sıcaklığın tatlısu istakozu (Astacus leptodactylus spp.)'nun kuluçka süresine su sıcaklığının etkisi
The effect of temperature on the incubation time of freshwater crayfish, Astacus leptodactylus
İBRAHİM TÜRKGÜLÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
2000
Su ÜrünleriFırat ÜniversitesiSu Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. MUSTAFA MUZAFFER HARLIOĞLU