Investigation of the role of NLRP13 in cell death
NLRP13'ün hücre ölümündeki görevinin araştırılması
- Tez No: 789362
- Danışmanlar: PROF. NESRİN ÖZÖREN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 68
Özet
NLRP13, NOD benzeri resept¨or ailesine dahil olan hÜcre içi bir proteindir. N terminal PYRIN bölgesi, NACHT bölgesi ve lösin bakımından zengin tekrarları, LRR'yi içerir. Stabil olarak NLRP13 eksprese eden THP1 hücrelerinde, LPS/ATP uygulaması ve P. Aeruginosa enfeksiyonu daha y¨uksek bir pro-inflamatuar yanıtı indükledi. Ayrıca, stabil NLRP13 eksprese eden THP-1 h¨ucresinde procaspaz-8 aktivasyonunun nispeten arttığı ortaya cıktı. NLRP13, Co-IP sonuçlarına göre kaspaz-8 ile etkileşime sahiptir. Bunların yanı sıra, NLRP3, kaspaz-1 ve ASC gibi NLRP3 inflamatuar bileşenleri, inflamatuar aktivasyon üzerine stabil NLRP13 eksprese eden THP-1 hücresilerinde önemli ölçüde daha yüksektir. Bu tez ¸çalışması, NLRP13'ün inflamatuar aktivasyon sonrası kaspaz-8 aktivasyon kompleksi yoluyla hücre ölümünde rolü olup olmadığını araştırmayı amaçlamıştır. Bunu açıklamak için, THP-1 hücrelerinde inflamatuar aktivasyon yoluyla piroptoz indüksiyonundan sonra Annexin V-PI boyama ve LDH salınım deneyi yapıldı. Stabil olarak NLRP13 eksprese eden THP-1 hücreleri, yabanıl tip hücreler ve kontrol hücreleri arasında ¨önemli bir fark gözlenmedi. Ayrıca tüm gruplar için gasdermin D ve PARP-1 proteinlerinin kesilimi kontrol edildi. Gasdermin D kesilimi her grup için benzer olarak gösterilirken, stabil NLRP13 eksprese eden THP-1 hücrelerinde PARP-1 kesilimi kontrolden nispeten daha yüksekti. Her grupta kaspaz-8 inhibe edildikten sonra deneyler tekrarlandı. Annexin V-PI boyamasında, LDH salınım tahlilinde ve gasdermin D bölünmesinde ¨önemli bir fark yoktu. Bununla birlikte, kaspaz-8 inhibe edildiğinde, stabil olarak NLRP13 eksprese eden THP-1 hücrelerinde PARP-1 bölünmesi biraz azaldı.NLRP13'¨un kaspaz-8 aktivasyon kompleksinin ind¨uklenmesi yoluyla doğrudan piroptozda yer almadığı gösterilmiştir; ancak kaspaz-8 aktivasyon kompleksi ile apoptoz ve piroptoz arasındaki moleküler geçiş mekanizmasında yer alabilir.
Özet (Çeviri)
NLRP13 is an intracellular protein that is included in the NOD-like receptor family. It contains the N-terminal pyrin domain, central NOD domain, and leucine-rich repeats, LRR at C terminus. Stably NLRP13 expressing THP-1 cells induced a higher pro-inflammatory response upon LPS/ATP treatment and P. Aeruginosa infection. Moreover, the activation of procaspase-8 is relatively increased in the stably NLRP13 expressing THP-1 cell. NLRP13 can interact with caspase-8 according to Co-IP results. Besides these, NLRP3 inflammasome components are significantly higher in the stably NLRP13 expressing THP-1 cells upon inflammasome activation. This thesis study aimed to investigate whether NLRP13 has a role in cell death via the caspase-8 activation complex after inflammasome activation. To elucidate this, Annexin V-PI staining and LDH release assay were performed after pyroptosis induction via inflammasome activation.No significant difference was observed between stably NLRP13 expressing THP-1 cells and control cells. Furthermore, Gasdermin D cleavage was shown to be similar for each group while PARP-1 cleavage in stably NLRP13 expressing THP-1 cells was slightly higher than control. The experiments were repeated after caspase-8 was inhibited. There was no significant difference in Annexin V-PI staining, LDH release assay, and gasdermin D cleavage. However, PARP-1 cleavage was slightly decreased in stably NLRP13 expressing THP-1 cells when caspase-8 was inhibited.It was shown that NLRP13 is not involved directly in pyroptosis via induction of the caspase-8 activation complex; however, it could be involved in the molecular switch mechanism between apoptosis and pyroptosis with the caspase-8 activation complex.
Benzer Tezler
- Investigation of interaction partners of NLRP13
NLRP13 proteinin etkileşim ortaklarının araştırılması
HİLAL OK
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NESRİN ÖZÖREN
- Investigation of novel genes and functional roles in MEFV negative FMF patients through next-generation sequencing
MEFV negatif ailesel Akdeniz ateşi hastalarında yeni nesil dizileme yöntemiyle özgün genlerin ve işlevlerinin araştırılması
MERVE ÖZKILINÇ ÖNEN
Doktora
İngilizce
2023
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Peri-implantif dönem fare uterusunda inflamasyon ilişkili programlı hücre ölümü piroptozun araştırılması
The investigation of inflammation-associated programmed cell death pyroptosis in the mouse uterus during peri-implantation period
CEMRE NUR BALCI
Doktora
Türkçe
2023
Histoloji ve EmbriyolojiAkdeniz ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURAY ACAR AYDEMİR
- Bdnf'nin NLRP3 inflamazomu ve NLRP3 aracılı piroptoz üzerine etkisinin incelenmesi
Investigation of the effect of bdnf on NLRP3 inflammasome and NLRP3 mediated pyroptosis
ŞENİZ ERDEM
Doktora
Türkçe
2024
BiyokimyaKaradeniz Teknik ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET ALVER
- Fare kafa travması modelinde doksisiklinin inflamasyon uüzerine etkilerinin incelenmesi
Investigation of antiinflammatory effects of doxycycline on experimental traumatic brain injury model
SAEID MARJANI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
NöroşirürjiHacettepe ÜniversitesiNöroşirürji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MELİKE MUT AŞKUN