Investigation of interaction partners of NLRP13
NLRP13 proteinin etkileşim ortaklarının araştırılması
- Tez No: 792293
- Danışmanlar: PROF. DR. NESRİN ÖZÖREN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 82
Özet
NOD-benzeri reseptörler (NLR'ler), örüntü tanıma reseptör ailesinin sitoplazmik üyeleridir ve geniş ölçüde iltihaplanma oluşumunda, sinyal iletiminde, transkripsiyon aktivasyonunda, hücre ölümünde, üremede ve embriyonik gelişimde işlev görür. NLRP13, efektör bölgesi olarak PYRIN bölgesi içeren NLR'lerin bir üyesidir. İfadesi primatlarda ve çeşitli memelilerde korunurken kemirgenlerde korunmaz. Literatürde hakkında hiçbir makale bulunmayan yeni bir proteindir. Bilgilerine sadece sınırlı sayıda kaynaktan ve eski laboratuvar üyelerimizin çalışmalarından ulaşılabilir. Oositlerdeki ifadelenmesine dayanarak, NLRP13'ün maternal etkili bir gen olduğu ileri sürülmektedir. Bizim bulgularımıza göre NLRP13'ün inflamatuar oluşumunda rol aldığı belirlenmiştir. LPS/ ATP tedavisinden veya P. aeruginosa enfeksiyonundan sonra, NLRP13 seviyesi THP-1 monositlerinde yukarı regüle edilir ve proinflamatuar sitokin salgılanması NLRP- 13-stabil THP-1 makrofajlarında artar. NLRP13 ayrıca Fas/FasL aracılı FADD alımıyla aktive edilen Kaspaz-8 tarafından kesilir ve NLRP13'ün bölünmüş C-terminali kısmen mitokondride lokalize olur. NLRP13, Kaspaz-8 yoluyla olan piroptozda doğrudan yer almaz, ve kararlı THP-1 hücrelerinde Kaspaz-8 inhibe edildikten sonra apoptozun ayırt edici özelliği olan PARP-1 kesilimi azalır. Bu tezdeki çalışmanın temel amacı, sinyal yollarındaki rolü ve moleküler işlevi hakkında bir fikir önermek için NLRP13'ün yeni etkileşim ortaklarını belirlemekti. Bu amaca ulaşmak için, NLRP13-FLAG-stabil THP-1 ve Tera-2 hücre hatları üretildi. NLRP13'ün stabil THP-1 ve stabil Tera-2 hücrelerinden ve LPS/ATP-tedavili stabil THP-1 makrofajlarından FLAG an- tikoru ile immüno-çöktürme işlemi uygulandı ve ardından kütle spektrometrisi yapıldı. Çeşitli aksaklıklardan dolayı tekrarlı deney sonuçlarına ulaşılamadı, ancak elde edilen immünçökeltilerinin analizi devam etmektedir.
Özet (Çeviri)
NOD-like receptors (NLRs) are the cytoplasmic members of pattern recognition receptor family, broadly with functions in inflammasome formation, signal transduction, transcription activation, cell death, reproduction, and embryonic development. NLRP13 is a member of NLRs containing PYRIN domain as an effector domain. Its expression is conserved in primates and various mammals, but not in rodents. It is a novel protein and there is not a single dedicated article in the literature. Its information can only be achieved from a limited number of sources and the studies of our former lab members. Based on its expression in oocytes, it is suggested that NLRP13 is a maternal-effect gene. We have shown that NLRP13 is involved in inflammasome formation. After LPS/ATP treatment or P. aeruginosa infection, NLRP13 is upregulated in THP-1 monocytes, and proinflammatory cytokine secretion increases in stable THP-1 macrophages. NLRP13 is cleaved by Caspase-8 activated upon Fas/FasL-mediated FADD recruitment, and the cleaved C-terminal of NLRP13 is partly localized to mitochondria. NLRP13 do not directly involve in pyroptosis via Caspase-8, and PARP-1 cleavage, an apoptosis marker, is decreased in NLRP13-stable THP-1 cells after Caspase-8 is inhibited. In this thesis, the main aim of the study is to identify the novel interaction partners of NLRP13 so that to propose a notion about its role in signaling pathways and its molecular function. To achieve this goal, NLRP13-FLAG-stable THP-1 and Tera-2 cell lines were generated. Co-immunoprecipitation of NLRP13 from stable THP-1 monocytes, LPS/ATP-treated stable THP-1 macrophages and stable Tera-2 cells was performed with FLAG antibody followed by mass spectrometry. Due to various glitches, the results of repeated experiments could not be reached. However, the analysis of the obtained immunoprecipitates continues.
Benzer Tezler
- Investigation of novel genes and functional roles in MEFV negative FMF patients through next-generation sequencing
MEFV negatif ailesel Akdeniz ateşi hastalarında yeni nesil dizileme yöntemiyle özgün genlerin ve işlevlerinin araştırılması
MERVE ÖZKILINÇ ÖNEN
Doktora
İngilizce
2023
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Investigation of the effects of the bag-1 – hsc70/hsp70 interaction on the bag-1 complexes in erad mechanism and ubiquitin/proteasome system
Bag-1 – hsc70/hsp70 etkileşiminin erad yolağı ve ubikitin/proteazom sistemindeki bag-1 komplekslerine olan etkisinin incelenmesi
EZGİ BAŞTÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Biyofizikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Coiled-coil domain containing 124 (Ccdc124) proteininin mikroRNAlar tarafından regülasyonunun incelenmesi
Investigation of regulation by microRNAs of coiled-coil domain containing 124 (Ccdc124) protein
İLKAY SEVGEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY
DR. MERVE TUZLAKOĞLU ÖZTÜRK
- Molecular analysis of cortical malformation in mammalian cortex by using proteomics approaches
Proteomik yaklaşımlar kullanılarak memeli korteksindeki kortikal malformasyonun moleküler analizi
BERFU NUR YİĞİT
Doktora
İngilizce
2024
GenetikKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURHAN ÖZLÜ SICAKKAN
- Investigation of IRF4-MEF2D protein-protein interaction inmelanoma cells
Melanoma hücrelerinde IRF4-MEF2D protein-protein etkileşiminin incelenmesi
LAILA SAMIR ABED HEDAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyokimyaBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEŞET CEVDET TOLGA EMRE