Coiled coil domain containing protein 124(CCDC124)' ün hücre içi lokalizasyon ve translokasyon dinamiğinin incelenmesi
Investigation of intracellular localization and translocation dynamics of coiled coil domain containing protein (CCDC124)
- Tez No: 916244
- Danışmanlar: PROF. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 94
Özet
CCDC124 (Coiled-coil domain containing 124) proteini mantardan insana kadar tüm ökaryotlarda korunmuş RNA-bağlayıcı bir proteindir. Bu doğrultuda yapılan çalışmalar CCDC124 proteininin hücre döngüsünün interfaz evresinde sentrozomda konumlandığı, post-anafaz evresinden sitokinetik bölünmeye kadar olan sürede ise orta cisimcikte (midbody) konumlandığını göstermektedir. Ayrıca Ccdc124 geninin CRISPR/Cas9 yöntemi ile susturulması durumlarında ise hücre yapısının bozulduğu ve çok çekirdekli yapıların oluştuğu gözlenmiştir. Son gerçekleştirilen çalışmalarda CCDC124 proteininin nükleolus belirteci Nükleofosmin ile etkileşimi gösterilmiştir. Farklı şartlarda hücrenin farklı kompartmanlarında konumlanan ve bu konumlandığı yapıların membransız organeller özelliği göstermesi ve CCDC124 proteininin etkileşim partnerlerini bulmaya yönelik yapılan çalışmalar doğrultusunda stres granül oluşumunda etkili olan protein partnerleriyle etkileşmesi CCDC124 proteininin stres granül oluşumunda etkili olabileceği düşüncesini açığa çıkartmıştır. Bu doğrultuda tez kapsamında yapılan çalışmaların ilk aşamasında, CCDC124 proteinin amino (N) ve karboksil (C) ucuna farklı büyüklükteki bölünmüş GFP11 fragmenti eklenerek CCDC124 proteininin insan osteosarkoma (U2OS) ve embriyonik böbrek (HEK293T) hücre hattında kalıcı ifadesi sağlanmıştır. Bu yaklaşımla CCDC124 proteininin hücre içerisinde rahat bir şekilde gözlenmesi hedeflenmiştir. Oluşturulan GFP11x4 ve GFP11x1 etiketli CCDC124 proteininin floresan yoğunluğuna bakıldığında CCDC124 proteininin C terminalinde konumlanan GFP11x4 proteini daha yüksek konsantrasyon gösterdiği tespit edilmiştir. Çalışmanın ikinci aşamasında, U2OS hücre hattında kalıcı ifadesi sağlanan hücrelerin viral stres (Poly IC), sıcaklık stresi (46 C°) ve oksidatif stres (H2O2) uygulaması yapılarak CCDC124 proteininin stres granül belirteci olan G3BP1 ile etkileşimi immünboyama yöntemi yapılarak araştırılmıştır. Çalışmanın son aşamasında ise g3bp1 geni mCherry-N1 plazmidine klonlanarak CCDC124 proteininin, aşırı ifadesi gerçekleştirilmiş G3BP1 proteini ile normal büyüme şartlarında ve stres şartları altında canlı hücre görüntülemesi ve birlikte çöktürme deneyleri gerçekleştirilerek G3BP1 ve CCDC124 proteininin ortak konumlanma gösterip göstermediğine dair veriler elde edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Protein is an RNA-binding protein that is conserved in all eukaryotes from fungi to humans. Studies done in this contex indicate that the CCDC124 protein is located in centrosome during interphase phase of the cell cycle, and in the midbody from the post-anaphase phase to the cytokinetic division. It is also observed that the cell structure is disrupted and multinucleated structures were formed when Ccdc124 gene was silenced by CRISPR/Cas9 method. At the last studies protein's colocolization with Nucleophosmin is showed which is the marker of nucleolus. To evidence is shown whether CCDC124 protein is colocolizated with protein partner interacted at stress granule and under the different conditions CCDC124 protein is localizated at the different location where is membranless organells. In the studies are carried out to find interaction partners of the CCDC124 protein, which is located in different compartments of the cell under different conditions, it has been determined that it intteracts with protein partners that are effective in stress granule formation. This result is revealed the idea that the CCDC124 protein may be effective in stress granule formation. In the first part of this thesis, CCDC124 protein in the human osteosarcoma (U2OS) and embryonic kidney cell line is provided stably expression by adding different size GFP11 fragment in amino (N) and carboxyl (C) teminus. With this approach, it is aimed to easily observe the CCDC124 protein inside the cell. When looking at the fluorescence intensity of the constructed CCDC124 labbeled with GFP11x4 ve GFP11x1, it is determined that GFP11x4 protein located in C terminus of the CCDC124 protein showed a higher concentration. In the second part of this thesis, stably cell line is exposed to viral stress (Poly IC), heat stress (46 C°) and oxidative stress (H2O2) and CCDC124-G3BP1, stress granule markers, proteins interaction is investigated by immunofluorescence. The last part of this thesis, g3bp1 gene is cloned into mCherry N1 plasmid and data are obtained on whether overexpression G3BP1 and CCDC124 protein are showed colocolization under normal growth conditions and stress condition by live cell imaging and coimmunoprecipitation experiments.
Benzer Tezler
- Coiled-coil domain-containing 124 (CCDC124) proteininin işlevleri ve hücre-altı konumunun translasyon sonrası mekanizmalarla düzenlenmesi
Regulation of subcellular localization and functions of coiled-coil domain-containing 124 (CCDC124) protein by post translational mechanisms
ÖMER GÜLLÜLÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyofizikGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY
- Coiled-coil domain containing 124 (CCDC-124) proteinine özgü monoklonal anti̇kor saflaştirilmasi, i̇mmün boyama ve bi̇yoki̇myasal metotlar i̇le anali̇zi̇
Coiled-coil domain containing 124 (CCDC-124) proteinine özgü monoklonal antikor saflaştırılması, immün boyama ve biyokimyasal metotlar i̇le analizi
ÇİĞDEM ÜLKÜSEVEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyokimyaGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY
- Characterization of the coiled-coil domain-containing protein 124 (CCDC124) as a novel centrosome and MIDBODY component involved in cytokinesis
Coiled-coiled domain-containing protein 124 (CCDC124)'ün sitokinezde rol oynayan yeni bir sentrozom ve orta-cisimcik (MIDBODY) proteini olarak tanimlanmasi
PELİN TELKOPARAN AKILLILAR
Doktora
İngilizce
2013
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
DOÇ. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY
- Coiled coil domain containing protein 124'ün post-translasyonel modifikasyonlarının hücresel moleküler etkileşimler üzerine etkileri
The effects of post-translational modifications of coiled coil domain containing protein 124 on cellular molecular interactions
GAMZE ÇAKIRCA
Doktora
Türkçe
2024
BiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY
- Floresan protein işaretli CCDC124 proteininin hücresel lokalizasyonu ve stres şartlarında hücre altı translokasyonu
Cell localization and subcell translocation of fluorescent protein labeled CCDC124 protein at stress conditions
AGİT ÇETİNKAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
GenetikGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY