Tüm genom dizileme yönteminin genetik hastalıkların tanısına katkısı
Contribution of whole genome sequencing method to diagnosis of genetic diseases
- Tez No: 794257
- Danışmanlar: PROF. DR. GÖZDE YEŞİL SAYIN, PROF. DR. SEHER BAŞARAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 145
Özet
Amaç: Fenotipik bulguları ile nadir genetik hastalıktan şüphelenilen ancak rutin tanı yöntemleri ile herhangi bir sendrom veya hastalıkla ilişkilendirilmemiş, tanı almamış olgularda Tüm Genom Dizileme yöntemi ile etiyolojiyi aydınlatmak ve olası mutasyonların fonksiyonel etkilerini modellemek amaçlanmıştır. Yöntem: İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi, Tıbbi Genetik Anabilim Dalı'na başvuran ve daha önce tüm ekzom analizi yapılıp klinikle ilişkili varyant saptanmamış, nöromotor gelişim geriliği olan 3 olgu için tüm genom dizileme işlemi planlandı. Bulgular: Çalışma kapsamında tüm genom dizileme yöntemiyle 3 olguda da fenotip ile ilişkili birer anlamlı varyant tespit edildi. Olgu-1'de NFU1 geninde bir varyant, Olgu-2'de ATP8A2 geninde bir varyant ve Olgu-3'te DNMT3B geninde bir varyant saptandı. Varyant tahmin araçları üç varyantı da patojenik olarak saptadı. Üç olgunun ebeveynleri ve kardeşleri için Sanger dizileme yöntemi ile doğrulama ve segregasyon işlemi gerçekleştirildi. Üç gen için tüm sekans protein modelleme ve simülasyon işlemleri gerçekleştirilerek yabanıl tip ve mutant formlar karşılaştırıldı. Varyantların proteinin uzunluğunu değiştirmeyen ancak yapıda dengesizlik oluşturacak değişime sebep olduğu saptandı. Sonuç: Rutin genetik tanı yöntemleri ile tanısı konulamayan fenotipik bulguları birbirinden farklı olan ve aralarında akrabalık olmayan üç olgu için tüm genom dizileme yapılmış, klinikle ilişkili varyantlar saptanmış ve TGD tekniğinin üstünlüğü gösterilmiştir. Tespit edilen varyantlar ile ilgili modelleme çalışmaları yapılarak literatür karşılaştırılması ile klinikle ilişkileri ortaya konmuştur. İlgili fenotiplerle alakalı ileri çalışmaların yapılmasına zemin hazırlanmıştır.
Özet (Çeviri)
Purpose: It is aimed to elucidate the etiology by the Whole Genome Sequencing method and to simulate the functional effects of possible mutations in patients with suspected rare genetic diseases whom the routine diagnostic methods failed to reach a definitive diagnosis. Methods: Whole genome sequencing was performed in 3 cases with neuromotor developmental delay, who referred to Istanbul University Istanbul Faculty of Medicine, Department of Medical Genetics after an indefinite result in whole exome analysis. Results: Within the scope of the study, a significant variant associated with phenotype was detected in all 3 cases by whole genome sequencing method. In Case-1, a variant was detected in the NFU1 gene, one detected in the ATP8A2 gene in Case-2, and one detected in the DNMT3B gene in Case-3. Variant prediction tools detected all three variants as pathogenic. Confirmation and segregation were performed with the Sanger sequencing method for the parents and siblings of three cases. The wild-type and mutant forms were compared by performing all sequence protein modeling and simulation processes for the three genes. It was determined that the variants caused a change that did not change the length of the protein but would cause an imbalance in the structure. Conclusion: Whole genome sequencing was performed for three cases in which the previous routine diagnostic tests were inconclusive. Clinically relevant variants detected in all 3 patients showed the superiority of the TGD technique over other routine genetic tests. Computer Modelling of suspected variants was shown to be beneficial when making a prediction of functional effects of the variations. The groundwork has been prepared for further studies on the related phenotypes.
Benzer Tezler
- Clinical and molecular collaboration studies: i)comparison of CNV by NGS&MLPA in hereditary breast and ovarian cancer ii)effective covid-19 sampling and storage
Klinik ve molküler işbirliği çalışmaları: i)HBOC kapsamında NGS ve MLPA ile CNV karşılaştırması ii) covıd-19 için etkili örnek toplama ve saklama koşulları
JALE YILDIZ
Doktora
İngilizce
2024
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Functional enrichment methodology for analyzing omic data to study aetiology of rare diseases
Nadir hastalıkların etiyolojisini incelemek için omik verileri analiz etmede fonksiyonel zenginleştirme metodolojisi
CEREN SAYGI
Doktora
İngilizce
2018
BiyomühendislikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NESRİN ÖZÖREN
PROF. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN
- Yeni nesil dizileme sisteminin tanıda uygulanması ve sonuçların biyoinformatik yöntemlerle değerlendirilmesi
Application of new generation sequencing system to diagnosis and approach of bioinformatic tools
NARMIN AHMADOVA
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Bilim ve TeknolojiEge ÜniversitesiBiyomedikal Teknolojiler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AFİG BERDELİ
- Tanı konulamayan kalıtsal metabolik hastalıklarda tümekzom dizi analizinin katkısı
Diagnostic utility of whole exome sequencing inundiagnosed inborn errors of metabolism
ASUMAN GEDİKBAŞI
- Bilişsel yetersizlik etyolojisinde genetik tanı yöntemlerinin değerlendirilmesi
Evaluation of genetic diagnosis methods in intellectual disability etiology
MURAT HAKKI YARAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
GenetikKaradeniz Teknik ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ALPER HAN ÇEBİ