Network analysis of the genes that are differentialy regulated by SPATA31 genes
Olan genlerin ağ analizi SPATA31 genleri tarafından farklı olarak düzenlenir
- Tez No: 794756
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. CEMALETTİN BEKPEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: SPATA 31 CNV, yaşlanma, galaksi, Diferansiyel gen ekspresyonu, İşlevsel zenginleştirme. Network analizleri, SPATA 31 CNV, aging, galaxy, Differential gene expression, Functional enrichment, Network Analysis
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Bahçeşehir Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Yaşlanan toplulukların ekonomik olarak risk almaları ve yaşla ilişkili hastalıkların yükünün artması, bilim adamlarını kronik hastalıklardan uzak bir yaşam sürerek harcanan süreyi en üst düzeye çıkarmak için yaşlanmanın temel mekanizmalarını anlamaya ve farklı seviyelerde yaşlanmayı daha fazla araştırmaya motive etmiştir. Bu çalışmada, insanın evrimi ve yaşlanmasında rol alan insan çekirdek (duplicon) gen ailelerinden biri olan SPATA31 kopya numarası varyantı (CNV) genlerine odaklanık. Bioinformatik yöntemler kullanarak, SPATA31 aşırı ekspresyonu sebebi ile iki kattan fazla etkilenen 66 geni kullanarak elde edilen veriler ışığında, hücre içerisinde yedi anahtar yolakda önemli ölçüde SPATA31 aşırı ekspresyonundan etkilenen 21 gen olduğunu bulduk ve bu genlerin network analizlerine odaklandık. Aşağıdaki beş gen, birçok yoldan etkilenir ve PTGS2, NDUF4L2, IGF2, RTK (NTRK2) ve AGT ile örtüşmektedirler. Bazı genler, retrograd endokannabinoid sinyalleşmesinden etkilenen PTGS2, metabolik yollar ve kanserde rol alan yolaklar gibi üç yolakdan etkilenmektedir. Bununla birlikte NDUF4L2, retrograd endokannabinoid sinyalleme, metabolik yollar ve diyabetik kardiyomiyopatiden etkilendiğini gösterdik. Ang2, diyabetik kardiyomiyopatide, nöroaktif ligand-reseptör etkileşiminde ve kanserde yollarında rol aldığını gösterdik. Tüm analizlerimizin sonunda önemli olarak, IGF2 ve RTK (NTRK2), genlerinin hem PI3K-Akt sinyal yolunda hem de MAPK sinyal yolunda etkilendiğini gösterdik. PI3K-Akt sinyal yolunun muhtemelen yaşlanmada SPATA31A1'den etkilenen ana yol olduğunu öne sürdük. IGF2, mTOR'u aktive etmede rol oynamasına ek olarak, IGF2 yaşlanma fenotipleri ile ilgili çalışılması ve araştırılması gereken en önemli gendir, henüz bilmediğimiz ikincil bir mekanizmayı içerebilir. Gelecekteki araştırmalar için önerim, IGF2 ve IGF ekseninin SPATA31 genin yaşlanmaya etkisi açısından rolünü araştırmak için bir deney tasarlamaktır.
Özet (Çeviri)
The risk of aging communities on economic and increasing the burden of age-associated diseases motivated scientists to further study and investigate aging at different levels, seeking to understand the basic mechanisms of aging to maximize the amount of time spent living a life free from chronic illness and impairment. In this study, we focus on SPATA31 copy number variant (CNV) genes, one of the human core duplicon gene families that are involved in human evolution and aging. By using bioinformatics and network analysis, I focused on 21 genes that were significantly affected in the seven key pathways. These 21 genes selected from 66 genes that were affected more than two fold by SPATA31 overexpression. As a result of my analysis, the following five genes are affected by many pathways, and they overlap PTGS2, NDUF4L2, IGF2, RTK (NTRK2), and AGT. Some of these genes were affected in three pathways such as PTGS2 which was affected in retrograde endocannabinoid signaling, metabolic pathways and pathways in cancer. However, NDUF4L2 affected in retrograde endocannabinoid signaling, metabolic pathways and diabetic cardiomyopathy. On the other hand, Ang2 is affected in diabetic cardiomyopathy, neuroactive ligand-receptor interaction, and also involved in pathways related with cancer. IGF2 and RTK (NTRK2) are affected in both the PI3K-Akt signaling pathway and the MAPK signaling pathway. As a result, we proposed that PI3K-Akt signaling pathway is probably the main pathway that is affected by SPATA31A1 over expression. My network analysis showed that IGF2, in addition to it is a role in activating mTOR, is the most important gene to study and investigate regarding aging phenotypes, it might involve a secondary mechanism we don't know yet. My suggestion for future research is to design an experiment to investigate the role of IGf2 and the IGF axis.
Benzer Tezler
- Microarray applications for determination of the effects of emodin on breast cancer cell lines
Emodin etkilerinin meme kanseri hücre hatlarında mikrodizin analizi ile incelenmesi
EMİLİA QOMİ EKENEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Bölümü
DOÇ. DR. NURSEN ÇORUH
PROF. DR. MESUDE İŞCAN
- Identification of oncostatin M target genes by RNA-seq in mouse primary myotube cells
Fare birincil miyotüp hücrelerinde RNA-seq ile oncostatin M hedef genlerinin tanımlanması
AYNUR ERKIN KASHGARI
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
GenetikKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SERKAN KIR
- Pankreas kanserlerinde tanı ve tedaviye yönelik işaretçilerin in silico yöntemlerle tespiti
Detection of diagnostic and treatmental markers in pancreas cancers by in silico methods
JALE ÖZ ÜNAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
İç HastalıklarıDokuz Eylül Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ENDER BERAT ELLİDOKUZ
- Expression analysis of NAC type transcription factors on wheat seedlings under abiotic stress conditions
Buğday fidelerinde abiyotik stres koşulları altında NAC tipi transkripsiyon faktörlerinin ifade analizi
MEHMET CENGİZ BALOĞLU
Doktora
İngilizce
2011
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Bölümü
PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM
PROF. DR. MERAL YÜCEL
- Genetic and epigenetic analysis of immortal and senescence arrested liver cancer cells
İmmortal ve hücre yaşlanması programlı karaciğer kanser hücrelerinde genetik ve epigenetik analizi
G. SEVGİ BAĞIŞLAR
Doktora
İngilizce
2009
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK