B hücreli akut lenfoblastik lösemi (B-ALL) ile ilişkili PAx5 ve CRLF2 genlerindeki SNP'lerin olası etkilerinin biyoinformatik analizi
Bioinformatic analysis of possible effects of SNPs in PAx5 and CRLF2 genes associated with B cell acute lenfoblastic leukemia (B-ALL)
- Tez No: 795240
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ EBRU ÖZKAN OKTAY, DOÇ. DR. MESUT KARAHAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 77
Özet
Akut Lenfoblastik Lösemi (ALL), çocukluk çağının en yaygın hastalığı olup, öncül B ve T hücrelerinin farklılaşmasının bozulması ve aşırı çoğalması ile kendini gösterir. B hücrelerinden kaynaklanan ALL, B-hücreli ALL (B-ALL) olarak adlandırılmaktadır. Eşleştirilmiş kutu-5 (PAX5) geni, B hücrelerinin gelişimi, farklılaşması ve çoğalması ile yakından ilişkilidir ve barındırdığı bazı genetik anormallikler ile B-ALL'ye yol açtığı bildirilmiştir. Sitokin reseptörü benzeri faktör 2 (CRLF2) geninin aşırı ekspresyonu ve bazı genetik anormallikleri B-ALL ile ilişkilendirilmiştir. Bu tezin amacı, B-ALL ile ilişkili PAX5 ve CRLF2 genlerindeki zararlı tek nükleotid polimorfizmlerini (SNP'leri) tespit etmek, protein yapısı üzerindeki etkilerini, gen-gen ve protein-protein etkileşimlerini tahmine dayalı in siliko yazılım araçları aracılığıyla değerlendirmektedir. Çalışmada zararlı SNP'lerin tahmini için PolyPhen-2, PROVEAN, SNPs&GO, SNAP2, PhD-SNP, PANTHER yazılım araçları kullanılmışken zararlı SNP'lerin protein stabilizasyonu üzerindeki etkisini incelemek için I-Mutant3.0 ve MUpro yazılım araçları kullanılmıştır. Project HOPE yazılım aracı protein modellerinin oluşturulması için kullanılmıştır. Gen-gen etkileşimlerini belirlemek için GeneMANIA ve protein-protein etkileşimlerini belirlemek için STRING yazılım araçları kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlarda PAX5 geninde 52, CRLF2 geninde ise 22 SNP'nin tüm yazılım araçları tarafından ortak olarak zararlı olabileceği tahmin edilmiştir. Zararlı etkili olabilecek SNP'lerin çoğunun PAX5'te DNA bağlanma bölgesinde, CRLF2'de Fibronektin tip III alanında meydana geldiği görülmüştür. SNP'lerin yüksek yoğunluğu sebebiyle yapılacak analiz çalışmalarında zaman kaybı ve yüksek maliyet kaçınılmazdır. Bu nedenle yapılan bu tez çalışmasının, gelecekte yürütülecek ıslak laboratuvar ve klinik çalışmalar için önemli bir veri kaynağı olabileceği düşünülmektedir. Bu tez çalışmasında tahmin edilen SNP'lere öncelik verilerek çalışmalar maddi ve zaman açısından daha verimli hale getirilebilir.
Özet (Çeviri)
Acute lymphoblastic leukaemia (ALL) is the most common disease of childhood and is characterised by impaired differentiation and over proliferation of precursor B and T cells. ALL that originates from B cells is referred to as B-cell ALL (B-ALL). Paired box gene-5 (PAX5) is closely associated with the development, differentiation and proliferation of B cells and has been reported to cause B-ALL with some genetic abnormalities. Overexpression of the cytokine receptor-like factor 2 (CRLF2) gene and some genetic abnormalities have been associated with B-ALL. The aim of this thesis is to identify deleterious single nucleotide polymorphisms (SNPs) in B-ALL-associated PAX5 and CRLF2 genes, and to evaluate their effects on protein structure, gene-gene and protein-protein interactions through predictive in silico software tools. In this thesis study, PolyPhen-2, PROVEAN, SNPs&GO, SNAP2, PhD-SNP, PANTHER software tools were used for deleterious SNP prediction, I-Mutant3.0 and MUpro software tools were used to examine the effect of deleterious SNPs on protein stabilisation. Project HOPE software tool was used to create protein models. GeneMANIA software tools were used to determine gene-gene interactions and STRING software tools were used to determine protein-protein interactions. In the results obtained, 52 SNPs in PAX5 gene and 22 SNPs in CRLF2 gene were predicted to be deleterious or disease effected by all software tools. It was observed that most of the SNPs that may have a deleterious effect occurred in the DNA binding region in PAX5 and in the Fibronectin type III region in CRLF2. Due to the high density of SNPs, time loss and high cost are unavoidable in analyses. Therefore, this thesis study is thought to be an important data source for future wet laboratory and clinical studies. The SNPs predicted in this thesis study can be prioritised and the studies can be made more efficient in terms of time and money.
Benzer Tezler
- B hücreli akut lenfoblastik lösemi (B-ALL) tanılı yaşlı yetişkinlerde prognozda etkili olan faktörler ve tedavi rejimlerinin sağkalım üzerine etkisinin incelenmesi
Analysis of the prognostic factors and the effects of treatment regimens on the survival of elderly adults diagnosed with B-CELL acute lymphoblastic leukemia (B-ALL)
BURCU BAYRAM KAMBUROĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
HematolojiAnkara Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SİNEM CİVRİZ BOZDAĞ
- Identification of surface proteome of B cell lymphoblastic leukemia cell line
B hücreli akut lenfoblastik lösemi hücre hattında yüzey proteomunun belirlenmesi
DUDU BOYVAT
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiAbdullah Gül ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞERİFE AYAZ GÜNER
- Çocukluk çağı B öncül hücreli akut lenfoblastik lösemi'de relaps ilişkili genlerin ekspresyon düzeylerinin tanı anında belirlenmesi
Determination of expression levels of relapse-related genes at the time of diagnosis in childhood B precursor cell acute lymphoblastic leukemia
ÖZNUR TOKTA
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
GenetikAkdeniz ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SİBEL KARAÜZÜM
- Çocukluk çağı akut lenfoblastik lösemi hastalarında MN1 gen ekspresyon seviyesinin analizi
Analysis of MN1 gene expression level in childhood acute lymphoblastic leukemia.
MEHMET DENİZ YENER
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
GenetikGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYTEN KANDİLCİ
- Akut lenfoblastik lösemi tanılı çocuklarda nütrisyon durumunun değerlendirilmesi
Evaluation of nutritional status in children with acute lymphoblastic leukemia
GÜLSEN ERDEM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CENGİZ BAYRAM