Ispanakta (Spinacia oleracea L.) tüm genom SSR markörlerinin geliştirilmesi ve nitelikli ıslah havuzunun oluşturulması
Development of whole genome SSR markers in spinach (Spinacia oleracea L.) and creating a qualified gene pool
- Tez No: 796546
- Danışmanlar: PROF. DR. ÖNDER TÜRKMEN, DOÇ. DR. ALİ TEVFİK UNCU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Spinacia oleracea L, Yeni Nesil Sekanslama (NGS), Basit dizi tekrarları (SSR), Gen Ontolojisi (GO), Temel Bileşen Analizi (TBA), Spinacia oleracea L, Simple Sequence Repetitions (SSR), Gene Ontology (GO), Principal Component Analysis (PCA), Diversity
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Selçuk Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 149
Özet
Ispanak aksesyonlarının çoğu, belirli çevresel koşullara yüksek oranda uyum sağlamış ve genetik varyasyon kaynakları olan yerel genotipler olup ıslah projelerinde yararlı kaynaklardır. Bununla birlikte, farklı germplazmların genetik potansiyelinin kullanılması, genetik koleksiyonlar hakkında karakterizasyon, değerlendirme ve sınıflandırma dahil olmak üzere ayrıntılı bilgi gerektirmektedir. Diğer birçok zirai öneme sahip bitki türüne göre çok az sayıda araştırma ıspanak germplazmının genetik çeşitliliğini incelemiştir. Mevcut çalışmada ticari hibritlerden ve yerel genotiplerden oluşan 71 adet ıspanak genotipi agro-morfolojik ve moleküler açıdan karakterize edilmiştir. S5 seviyesine kadar kademe ilerlemesi sağlanan genotiplerde morfolojik çalışmaların yanı sıra moleküler çalışmalar açısından da tarama yapılmıştır. S2 ve S5 seviyesinde ıspanak genotiplerinin fenotipik çeşitlilik profilleri 12 kalitatif agro-morfolojik özellik temelinde değerlendirilmiştir. Agro-morfolojik veriler için TBA (Temel Bileşen Analizi) yapılmış olup verim parametrelerini etkileyen yaprak özelliklerinde olumlu değişkenlikler görülmüştür. Ayrıca S. oleracea genomu yeni moleküler markörlerin geliştirilmesi için kullanılmıştır. Bu amaç doğrultusunda, ıspanak genom sekansı biyoinformatik araçlar kullanılarak yeni SSR markörleri geliştirmek üzere taranmıştır. Çalışma ile 16.388 tri-nükleotid SSR lokusunun %71,7'sinin primer tasarımına uygun olduğu belirlenmiştir. Ayrıca primer tasarımı sonucunda SSR dizilerini oluşturan 9691 primer geliştirme kalitesinde SSR markörü bulunmuştur. Bu markörlerden 36 adeti rastgele seçilerek 94 adet ıspanak genotipinde genetik çeşitlilik analizi gerçekleştirilmiş ve polimorfik bilgi kapasitesi belirlenmiştir. Yeni geliştirilen tüm markörlerin gen ontolojisi incelenmiş ve olası fonksiyonel anotasyonları belirlenmiştir. Ayrıca çalışmada S5 kademesine ait 94 adet genotipin 26'sınının Peronospora farinosa L.'ye karşı direnç allelli bulundurduğu belirlenmiştir. Çalışma sonuçları hem klasik hem de moleküler ıslah ile üstün ıspanak çeşitleri geliştirmek için kullanılacak önemli genetik araçları oluşturmaktadır.
Özet (Çeviri)
Most spinach accessions are local genotypes that are highly adapted to certain environmental conditions and are sources of genetic variation. However, exploiting the genetic potential of different germplasms requires detailed knowledge of genetic collections, including characterization, evaluation and classification. In order to reveal the current potential of plant genetic resources, molecular and agro-morphological properties must be known exactly. Few studies have examined the genetic diversity of spinach germplasm compared to many other agronomically important plant species. In the present study, 71 spinach genotypes consisting of commercial hybrids and local genotypes were characterized agro-morphologically and molecularly. In addition to morphological studies, genotypes were also screened in molecular studies that progressed up to the S5 level. It was evaluated on the basis of 12 qualitative agro-morphological traits to determine the phenotypic diversity profiles of spinach genotypes at the S2 and S5 level. TBA (Principal Component Analysis) was performed for agro-morphological data and positive variability was observed in leaf characteristics affecting yield parameters. In addition, the S. oleracea genome has been used for the development of new molecular markers. For this purpose, the spinach genome sequence was screened to develop new SSR markers using bioinformatics tools. The study determined that 71.7% of 16,388 tri-nucleotide SSR loci were suitable for primer design. In addition, as a result of primer design, 9691 SSR markers in primer development quality were found that formed SSR sequences. Genetic diversity analysis was performed on 94 spinach genotypes by randomly selecting 36 of these markers and polymorphic information capacity was determined. Gene ontology of all newly developed markers was examined and possible functional annotations were determined. In addition, in the selection of 94 genotypes belonging to the S5 level, it was determined that 49 of them had resistance alleles against Peronospora farinosa L. The results of the study constitute important genetic tools to be used to develop superior spinach varieties with both classical and molecular breeding.
Benzer Tezler
- Farklı organik kaynaklı gübre uygulamalarının ıspanakta (Spinacia oleracea L.) bitki gelişimi, verim, kalite özellikleri ve besin elementi içeriği üzerine etkileri
The effects of different organic fertilizer applications on plant growth, yield, quality properties and nutrient content in spinach (Spinacia oleracea L.)
ÖZGÜL YAMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatBolu Abant İzzet Baysal ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BEYHAN KİBAR
- Nitrogen metabolism and accumulation in Spinach (Spinacia oleracea L.) under variant irradiance and temperatures
Ispanak'ta (Spinacia oleracea L.) değişken ışınma ve sıcaklıklar altında azot metabolizması ve birikimi
ABDUL-QUDDUS BAYUKO ABUBAKAR
Doktora
İngilizce
2022
ZiraatErciyes ÜniversitesiTarım Bilimleri ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ABDULLAH ULAŞ
PROF. DR. HALİT YETİŞİR
- Tokat-Kazova'da yetiştirilen ıspanak (Spanica oleracea L. )'ta sorun olan yabancı otlar ile bunların verime olan etkileri üzerine araştırmalar
Investigation of weeds and their effects on yield of spinach (Spanica oleracea L. ) in Kazova plain of Tokat, Turkey
CUMALİ ÖZASLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2002
ZiraatGaziosmanpaşa ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ZEKİ ÖZER
- Ispanak (Spinacia oleracea L. Matador) bitkisinde tuzluluk stresine karşı dışsal uygulamaların verim parametreleri ve antioksidan sistem üzerine etkileri
Effects of exogenous applications against salt stress on the yield parameters and antioxidant system in spinach (Spinacia oleracea L. Matador)
ÖMER TAŞ
Doktora
Türkçe
2024
BiyoteknolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DENİZ EKİNCİ
- Genetic diversity of Turkish spinach cultivars (Spinacia oleracea L.)
Türk ıspanak (Spinacia oleracea L.) çeşitlerinde genetik çeşitliliğin incelenmesi
BİHTER AVŞAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
Biyoteknolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SAMİ DOĞANLAR
PROF. DR. ANNE FRARY