SARS-CoV-2 (Covıd-19) spike reseptör bağlanma domain (S-RBD) antijenine yönelik lipid nanopartikül kaplı özgün dizayn edilmiş mRNA aşısının geliştirilmesi
Development of lipid nanoparticle coated uniquely designed mRNA vaccine for SARS-CoV-2 (Covid-19) spike receptor binding domain (S-RBD) antigen
- Tez No: 796569
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NACİ ÇİNE, DOÇ. DR. NADİR KOÇAK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 216
Özet
Amaç: Şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs 2 (SARS-CoV-2) dünya çapında önemli morbidite ve mortaliteye neden olmuştur. Hızla yayılan koronavirüs enfeksiyonuna karşı en etkili bağışıklama yöntemlerinden biri aşılamadır. Son yıllarda, geliştirilen mRNA aşıları güçlü bağışıklık sağlaması ve uzun süreli koruma sağlaması yönüyle diğer aşılama yöntemlerinden ayrılmaktadır. Bu çalışmada, COVID-19'a karşı yüksek koruyuculuk ve bağışıklık göstermesi beklenen SARS-CoV-2 S-RBD hedef antijenine yönelik lipid nanopartikül (LNP) kaplı özgün dizayn edilmiş mRNA aşısının geliştirilmesi amaçlanmıştır. Yöntem: mRNA aşı konstrüksiyonunun oluşturulması için, öncelikle S-RBD içeren plazmid DNA'sı, kalsiyum kompotent bakteri hücrelerinde klonlandıktan sonra kit ve alkalen lizis yöntemi ile izole edilmiştir. ORF bölgesine 5'UTR ve 3'UTR dizileri dizayn edilen köprü dizilerle ligaze edilmiştir. Ligasyon ürünü, TOPO TA vektörüne klonlandıktan sonra, 3' bölgeye Poli (T) uzantısı konstrüksiyona dahil edilmiştir. 5'kapak analoğu olan ARCA'nın da 5' bölgeye eklenmesinden sonra, modifiye nükleotitler (5-Me-CTP, Ψ-UTP) ve GTP, ATP kullanılarak IVT ile mRNA aşı molekülü oluşturulmuştur. mRNA aşı molekülü katyonik lipid karışımı ile formülize edildikten sonra, LNP'ye dönüştürülerek enkapsüle edilmiştir. Diyaliz ile saflaştırılan aşı molekülü, elektron mikroskobu ile görüntülenerek parçacık boyut analizi yapılmıştır. Bulgular: Alkalen lizis metoduyla kite göre yüksek konsantrasyonda elde edilen (p
Özet (Çeviri)
Objective: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has caused significant morbidity and mortality worldwide. One of the most effective immunization methods against the rapidly spreading coronavirus infection is vaccination. In recent years, mRNA vaccines developed differ from other vaccination methods in that they provide strong immunity and long-term protection. In this study, it was aimed to develop a specially designed mRNA vaccine coated with lipid nanoparticle (LNP) for SARS-CoV-2 S-RBD target antigen, which is expected to show high protection and immunity against COVID-19. Method: In order to create the mRNA vaccine construction, first of all, plasmid DNA containing S-RBD was cloned in calcium competent bacterial cells and then isolated by kit and alkaline lysis method. The 5'UTR and 3'UTR sequences were ligated into the ORF region with the designed bridge sequences. After the ligation product was cloned into the TOPO TA vector, the Poly (T) extension was incorporated into the 3' region. After adding ARCA, which is a 5' cap analog, to the 5' region, mRNA vaccine molecule was formed by IVT using modified nucleotides (5-Me-CTP, Ψ-UTP) and GTP, ATP. After the mRNA vaccine molecule was formulated with a cationic lipid mixture, it was converted to LNP and encapsulated. The vaccine molecule purified by dialysis was visualized by electron microscopy and particle size analysis was performed. Results: By using the plasmid DNA obtained in high concentration (p
Benzer Tezler
- SARS-CoV-2 varyantlarında spike protein reseptör bağlanma bölgelerinin analizi
Analysis of spike protein receptor binding domains in SARS-CoV-2 variants
EMRE CAN YILDIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK BALIK
- COVİD-19 aşısı sonrası antikor yanıt izlemi, elecsys anti-SARS-COV-2 S testi ile nötralizasyon testinin karşılaştırılması
Antibody response monitoring after COVID-19 vaccine, comparison of elecsys anti-SARS-COV-2 s test and neutralization test
ZEYNEP ATALAY ALTINKAYNAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiAnkara Yıldırım Beyazıt ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İMRAN HASANOĞLU
- Investigating the SARS-COV-2 specific antibody response in convalescent pediatric COVID-19 patients
COVİD-19 tanısı alıp iyileşmiş pediatrik hastalarda SARS-COV-2'ye karşı spesifik antikor cevabının araştırılması
FATMA ÖYKÜ ELASLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYÇA SAYI YAZGAN
- Exploring the conformational transition between closed and open states of the sars-CoV-2 spike glycoprotein using molecular dynamics simulations
Sars-CoV-2 spike glikoproteininin kapalı ve açık halleri arasındaki konformasyonel geçişin moleküler dinamik simülasyonları kullanılarak araştırılması
CEREN KILINÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MERT GÜR
- Large-scale manufacturing and characterization of a SARSCOV-2 virus-like particle vaccine adsorbed onto alhydrogel and adjuvanted with K3 CPG oligodeoxynucleotide for phase 1/2 clinical trials
SARSCOV-2 pandemisine karşı virüs benzeri parçacık temelli, alum absorbe ve K3 CPG olıgodeoksinükleotid adjuvantlı aşı adayının faz 1/2 klinik deneyler için üretimi ve incelenmesi
ARTUN BÜLBÜL
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Allerji ve İmmünolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İHSAN GÜRSEL