CCDC124 ve makromolekül fus protein etkileşiminin belirlenmesi
Determination of the interaction between macromolecule fus and CCDC124
- Tez No: 797014
- Danışmanlar: PROF. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY, DR. HASAN ÜMİT ÖZTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyomühendislik, Genetik, Biology, Bioengineering, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 90
Özet
Ccdc124 (Coiled-coil domain containing 124) proteini ökaryotlarda korunmuş bir sentrozom ve midbody proteini olarak tanımlanmıştır. Ccdc124'ün sitokinez sırasında midbody yapısına metafaz, profaz, anafaz safhasında ise sentrozoma giderek hücre bölünmesinde yer aldığı bilinmektedir. Daha sonraki bir çalışmada ise Ccdc124 proteininin stres durumunda duraklamış ribozomlara bağlandığı ve stres sonrası translasyonel yeniden başlamada rol oynadığı gösterilmiştir. Bunlardan başka, Ccdc124'ün aynı zamanda bir RNA bağlayıcı protein olduğu yumurtalık, endometriyal ve idrar kesesi kanserleri gibi bazı kanser türlerinde ekspresyonunun arttığı bildirilmektedir. Aynı çalışmada stres granülleri ile yapılan deneylerde CCDC124'ün stres granül proteini TIA1 ve G3BP1ile aynı granülde yer aldığı tespit edilmiştir. Ccdc124'ün hem RNA bağlayıcı bir protein olduğunun gösterilmesi hem de stres granüllerinin varlığı, onun nörodejeneratif hastalıklarda bir rolü olabileceğini düşündürmektedir. Ccdc124'ün, Bio-ID testinde ve protein etkileşim ortakları bulmak için yapılan immünopresipitasyon (IP) çalışmalarında FUS (Fused in Sarcoma) proteini ile etkileşime girebileceği gözlemlenmiştir. Bu görüş, nörodejeneratif bir hastalık olan ALS'de FUS proteininin rolü ile desteklenmiştir. RNA'ya bağlanan protein FUS'da meydana gelen mutasyonlar, çekirdekten sitoplazmaya lokalizasyonunu değiştirerek ALS hastalığındaki protein kümeleşmesine sebep olmaktadır. Ayrıca hücrede strese cevaben oluşturulan stress granüllerinde yer alarak bağlı olduğu mRNA'ların translasyonunu önlemektedir. ALS hastalığının patofizyolojisinde Ccdc124'ün potansiyel yeni işlevini değerlendirmek için yapılan bu tez çalışmasında FUS ve Ccdc124 proteinleri, hücresel proteinlerden uzaklaştırılmak amacıyla farklı kromatografi teknikleri ile saflaştırılmıştır. Pürifiye edilen proteinlerin birbirleriyle etkileşimleri Far Western Blot analiziyle incelenmiştir.
Özet (Çeviri)
The Ccdc124 (Coiled-coil domain containing 124) protein has been identified as a conserved centrosome and midbody protein in eukaryotes. It is known that Ccdc124 is involved in cell division by turning to the midbody structure during cytokinesis, and to the centrosome during metaphase, prophase and anaphase. In addition, it is reported that Ccdc124 is also an RNA-binding protein and its expression is increased in some cancer types. In the same study, in experiments with stress granules, CCDC124 was found to be located in the same granule as stress granule protein TIA1 and G3BP1. Its RNA binding protein properties and its presence in stress granules suggest that Ccdc124 protein may have a role in neurodegenerative diseases. It has been observed that the Ccdc124 protein can interact with the FUS (Fused in Sarcoma) protein with the help of Bio-ID test and immunoprecipitation (IP) studies applied for protein interactions. This view was supported by the determination of the role of the FUS protein in ALS, a neurodegenerative disease. Mutations in the structure of the FUS protein, another protein that binds to RNA, change the localization of RNA molecules from the nucleus to the cytoplasm, causing protein aggregation in ALS. In this thesis study to evaluate the potential novel function of Ccdc124 in the pathophysiology of ALS disease, recombinantly produced FUS and Ccdc124 proteins were purified by different chromatography techniques to separate them from cellular proteins. The interactions of the purified proteins with each other were investigated by Far Western Blot analysis.
Benzer Tezler
- CRISPR\Cas9 yöntemi aracılığı ile insan CCDC 124 geni delesyonunun hücre bölünmesi üzerine etkileri
Effects of CRISPR\Cas9 mediated human CCDC124 gene deletion on cellular division
SİNEM GÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
GenetikGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY
- Investigating the role of coiled-coil domain containing 124 (CCDC124) in innate antiviral immune response
Sarılı-sarmal bölge bulunduran 124 (CCDC124) proteı̇nı̇nı̇n doğal bağışıklık sı̇stemı̇nı̇n antı̇vı̇ral yanıtındakı̇ rolü
ALP ERTUNGA EYÜPOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Allerji ve İmmünolojiSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TOLGA SÜTLÜ
DR. ÖĞR. ÜYESİ MERAL YÜCE
- Characterization of the coiled-coil domain-containing protein 124 (CCDC124) as a novel centrosome and MIDBODY component involved in cytokinesis
Coiled-coiled domain-containing protein 124 (CCDC124)'ün sitokinezde rol oynayan yeni bir sentrozom ve orta-cisimcik (MIDBODY) proteini olarak tanimlanmasi
PELİN TELKOPARAN AKILLILAR
Doktora
İngilizce
2013
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
DOÇ. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY
- Coiled-coil domain-containing 124 (CCDC124) proteininin işlevleri ve hücre-altı konumunun translasyon sonrası mekanizmalarla düzenlenmesi
Regulation of subcellular localization and functions of coiled-coil domain-containing 124 (CCDC124) protein by post translational mechanisms
ÖMER GÜLLÜLÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyofizikGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY
- Microscopic analysis of aneuploidy induced by the mutation of the CCDC124 gene
CCDC124 gen mutasyon sonucunda oluşan anöplyıdının mikroskopik analizi
ASMA AL-MURTADHA
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyolojiSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET BATU ERMAN