Çocuklarda üriner sistem enfeksiyonu etkeni olan escherıchıa colı izolatlarında virülans faktörleri, filogenetik grup özellikleri ve st131 klonu varlığının araştırılması
Investigation of virulence factors, phylogenetic group features, and the presence of ST131 clone in escherichia coli isolates, A urinary tract infection agent in children
- Tez No: 797320
- Danışmanlar: PROF. DR. GÜLLÜ İŞTAR DOLAPÇI
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 110
Özet
AMAÇ: Bu çalışmada; Ocak 2021 – Eylül 2021 tarihleri arasında Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Cebeci Hastanesi Merkez Mikrobiyoloji Laboratuvarında 3-18 yaş arası çocuk hastaların üriner sistem enfeksiyonu (ÜSE) ön tanısıyla gönderilen idrar örneklerinden elde edilen 100 ilk, 100 tekrarlayan ÜSE etkeni toplam 200 adet Esherichia coli izolatının antimikrobiyal direnç oranları, filogenetik grup dağılımları, virülans faktörleri sıklığı ve O25b/ST131 klonuna ait olup olmadıkları değerlendirilmiştir. Elde edilen verilerin ilk ve tekrarlayan ÜSE etkenleri arasındaki ve O25b/ST131 klonuna ait olan ve olmayan izolatlar arasındaki dağılımları araştırılarak, ülkemizdeki sürveyans verilerine katkıda bulunmanın yanı sıra daha etkin bir ÜSE yönetimi için geliştirilebilecek tanı, tedavi ve profilaksi seçenekleri için yapılacak yeni çalışmalara ışık tutması amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Konvansiyonel yöntemler ile tanımlanan izolatların antimikrobiyal duyarlılıkları Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemiyle, genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üretimleri çift disk sinerji testi ile değerlendirilmiş, biyofilm oluşumları mikroplak yöntemi, hemolizin üretimleri kanlı agara ekim tekniği ile araştırılmıştır. Filogenetik gruplandırma, O25b/ST131 klonu, virülans genlerinin araştırılması, izolatların moleküler düzeyde üropatojenik E. coli (UPEC) olarak sınıflandırılması ve virotiplendirilmelerinde polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) kullanılmıştır. Aynı hastadan farklı zamanlarda toplanan izolatların arasındaki ilişkiyi ortaya koymak için değişken alanlı jel elektroforezi (PFGE) yapılmıştır. BULGULAR: En yüksek antimikrobiyal direnç oranı ampisilin (n=100, %50), amoksisilin-klavulanik asit (n=43, %21,5), sefazolin (n=99, %49,5), sefotaksim (n=43, %21,5) ve trimetoprim-sülfametoksazol'e (n=55, %27,5) karşı gözlenmiştir. Tekrarlayan ÜSE etkenlerinde (n=100) ilk ÜSE etkenlerine göre sefotaksim (n=29, %29), sefepim (n=25, %25) ve trimetoprim-sülfametoksazol (n=35, %35); O25b/ST131 izolatlarında (n=67) ise bu klonda olmayanlara (n=133) göre siprofloksasin (n=17, %25,4), amikasin (n=3, %4,5) ve gentamisin (n=10, %14,9) direnç oranları daha yüksek saptanmıştır (p0,05). İzolatların en sık adezyon [fimH n=194 (%97), papA n=114 (%57), yfcV n=99 (%49,5)] ve demir edinim sistemlerine [fyuA n=171 (%85,5), chuA n=156 (%78), iutA n=146 (%73)] ait virülans genleri taşıdıkları görülürken, en az oranda toksin grubu [vat n=64 (%32), hlyA n=31 (%15,5), cnf I n=13 (%6,5)] virülans genleri bulunmuştur. O25b/ST131 klonuna ait izolatlarda tüm virülans faktörleri bu klona ait olmayan izolatlara göre daha sık saptanmıştır (p
Özet (Çeviri)
AIM: In this study; antimicrobial resistance rates, phylogenetic group distributions, virulence factors frequency, and belonging to the O25b/ST131 clone of a total of 200 Escherichia coli isolates (causative agents of 100 first and 100 recurrent urinary tract infections (UTI)) isolated from pediatric patients' (3-18 years) mid-stream urine samples between January 2021 and September 2021. The isolates obtained from Ankara University Faculty of Medicine Cebeci Hospital Central Microbiology Laboratory with the preliminary diagnosis of UTI of pediatric patients. In addition to contributing to the surveillance data in our country, it is aimed to shed light on new studies for diagnosis, treatment and prophylaxis options that can be developed for a more effective UTI management by investigating the distribution of the obtained data between the first and recurrent UTI agents and between the isolates belonging and not belonging to the O25b/ST131 clone. MATERIALS AND METHODS: Antimicrobial susceptibility testing of the conventionally identified E. coli isolates evaluated by Kirby-Bauer disc diffusion method, extended spectrum beta-lactamase (ESBL) production assessed by double disc synergy test, biofilm formation investigated by microplate method and hemolysin production detected by blood agar cultivation technique. Polymerase chain reaction (PCR) was used for phylogenetic grouping, investigation of the O25b/ST131 clone and virulence genes, identification of uropathogenic E. coli (UPEC) at the molecular level, and virotyping. Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) was performed to reveal the relationship between isolates collected at different times from the same patient. RESULTS: The highest antimicrobial resistance rates were against ampicillin (n=100, 50%), amoxicillin-clavulanic acid (n=43, 21.5%), cefazolin (n=99, 49.5%), cefotaxime (n=43, 21.5%) and trimethoprim-sulfamethoxazole (n=55, 27.5%). In recurrent UTI agents (n=100), according to the first UTI agents, resistance rates were higher for cefotaxime (n=29, 29%), cefepime (n=25, 25%) and trimethoprim-sulfamethoxazole (n=35, 35%); in O25b/ST131 isolates (n=67), comparing to the non-O25b/ST131 isolates (n=133), the resistance rates were higher for ciprofloxacin (n=17, 25.4%), amikacin (n=3, 4.5%) and gentamicin (n=10, 14.9%) (p0,05). The most common virulence factor group were adhesins [fimH n=194 (97%), papA n=114 (57%), yfcV n=99 (49.5%)] followed by iron uptake systems [fyuA n=171 (85.5%), chuA n=156 (78%), iutA n=146 (73%)], while the least detected virulence genes were found in toxin group [vat n=64 (32%), hlyA n=31 (15.5%), cnf I n=13 (6.5%)]. All virulence factors were detected more frequently in isolates belonging to the O25b/ST131 clone compared to isolates not belonging to this clone (p
Benzer Tezler
- Çocuk idrar örneklerinden escherichia coli izolasyonu; genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz pozitif izolatların antibiyotik duyarlılıkları, direnç ile virülens genlerinin analizi ve filogenetik gruplarının belirlenmesi
Escherichia coli isolation from child urine samples; antibiotic sensitivity of expanded spectrum beta-lactamase positive isolates, analysis of resistance and virulian genes and determination of phylogenetic groups
HİCRAN ALKAN
- Çocukluk çağı üriner sistem enfeksiyonu etkeni olan escherichia coli suşlarında siderofor varlığının araştırılması
Başlık çevirisi yok
FÜSUN ERLER
- PRO-adrenomedüllinin, çocuklarda üriner sistem enfeksiyonu tanısındaki yeri ve C-reaktif protein, prokalsitonin, kan lökosit sayısı ile karşılaştırılması
Diagnosis of childhood urinary tract infection withproadrenomedullin and comparing the C-reactiveprotein, procalcitonin, white blood cell count
ŞEYMA KÖKSAL ATIŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul Medeniyet ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DR. ASUMAN KIRAL
DOÇ. DR. NİLÜFER GÖKNAR
- Üriner sistem enfeksiyonu geçiren çocukların diyet lif içeriğinin değerlendirilmesi
Evaluation of dietary fiber content among children with urinary tract infection
ZEKİYE KÜPÇÜ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DUYGU ÖVÜNÇ HACIHAMDİOĞLU
DOÇ. DR. SERDAR CÖMERT
- İdrar yolu enfeksiyonu saptanan 1-36 ay arası çocuklarda üriner sistem anomalisi ve profilaksi kullanımının değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
CEMRE DEMİREL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık BakanlığıÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TÜLİN GÜNGÖR