A personalized approach on molecular mechanisms of Alzheimer's disease: Mapping transcriptome on protein interactome
Alzheimer hastalığının moleküler mekanizmalarına kişiselleştirilmiş bir yaklaşım: Tanskriptom verilerini protein interaktomuna haritalama
- Tez No: 797580
- Danışmanlar: PROF. DR. TUNAHAN ÇAKIR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Alzheimer hastalığı, toplumları sosyal ve ekonomik olarak etkileyen, uzun süreli, ilerleyici bir nörodejeneratif hastalıktır ve kesin bir tedavisi yoktur. Amiloid plaklar ve nörofibriler yumaklarla karakterize olan hastalığın moleküler mekanizması henüz tam olarak aydınlatılamamıştır. Hastalıkla ilgili araştırmaların büyük çoğunluğu verileri toplu olarak değerlendirmekte, bu da hastalığın heterojen doğası nedeniyle hastalar arasında oluşan moleküler farklılıkları gizlemektedir. Bu çalışmada, kişiselleştirilmiş bir yaklaşım benimsenmiş ve 403 Alzheimer hastasının transkriptom verileri, insan protein interaktomu üzerinde ayrı ayrı haritalanarak analiz edilmiştir. Bu amaçla, KeyPathwayMiner ve DOMINO olmak üzere iki farklı algoritma kullanılarak her hasta için protein etkileşim alt ağları keşfedilmiş ve DOMINO'nun hastalıkla ilişkili genleri ve fonksiyonel GO/yolak terimlerini yakalamada daha etkili olduğu görülmüştür. Hastalığın en çok mitokondri, bağışıklık yanıtı, hücre ölümü ve endoplazmik retikulum ile ilgili yolakları etkilediği gözlemlenmiştir. Ayrıca, kişiselleştirilmiş yaklaşımın toplu analizden önemli ölçüde daha verimli olduğu ve Alzheimer hastalığının moleküler etkilerinin daha derinlemesine anlaşılmasını sağladığı gösterilmiştir. Buna ek olarak, hastalar aynı transkriptomik veri setine dayalı olarak hastalığın yakın zamanda bildirilen moleküler alt tipleri doğrultusunda beş grupta analiz edilmiş ve her bir alt tipin kendine özgü karakteristik bir profile sahip olduğu tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Alzheimer's disease is a long-term, progressive neurodegenerative disease that affects societies socially and economically, and there is no accurate treatment. The molecular mechanism of the disease, which is characterized by amyloid plaques and neurofibrillary tangles, has not yet been fully elucidated. The vast majority of research studies on the disease evaluate the data collectively, which obscures the molecular differences among patients due to the heterogeneous nature of the disease. In this study, a personalized approach was adopted and the transcriptome data of 403 Alzheimer's disease patients was analyzed by mapping it on the human protein interactome individually. To this end, protein interaction subnetworks for each patient were discovered by using two different algorithms, KeyPathwayMiner and DOMINO, and it was found that DOMINO is more effective in capturing genes and functional GO/pathway terms associated with the disease. It was observed that the disease mostly affects the pathways related to mitochondria, immune response, cell death and endoplasmic reticulum. Additionally, it was demonstrated that the personalized approach is significantly more efficient than bulk analysis and provides a more in-depth understanding of the molecular effects of Alzheimer's disease. Moreover, the patients were analyzed in five groups, in line with recently reported molecular subtypes of the disease based on the same transcriptomic dataset, and it was found that each subtype has its own characteristic profile.
Benzer Tezler
- Ovulasyon indüksiyonu tedavisinde folliküler gelişimin ultrasonografik takibi
Başlık çevirisi yok
MERİH BAYRAM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Kadın Hastalıkları ve DoğumGazi ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜLAZIM YILDIRIM
- Çimentonun sertleşmesi üzerinde kimyasal komponentlerin etkisi
Başlık çevirisi yok
NACİYE TÜRKEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- Bazı esterlerin kinetik incelenmesi ve termodinamik parametrelerin belirlenmesi
Kinetic study and detesmination of thermodnamic parameters of some esters
İBRAHİM TAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- İzmir'de bazı yolların kapatılarak yaya bölgeleri oluşturma da kent peyzajını geliştirme açısından yeniden planlanması üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
BAHAR TÜRKYILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Şehircilik ve Bölge PlanlamaEge ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
- Atherosklerotik kalp hastalıklarında risk faktörleri
Risk factors in the coronary artery disease
MURAT SUHER
- Diesel motorları yakıt püskürtme sistemlerinin dinamik simülasyonu
Başlık çevirisi yok
İRFAN KARAGÖZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Makine MühendisliğiUludağ ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OĞUZ BORAT