Pankreas hücre hattında CRISPR/Cas9 Yöntemi ile collagen triple helix repeat containing 1 (CTHRC1) geninin susturulmasının matriks metalloproteinaz (MMP) protein ifadesi ve tümörün metastatik kapasitesi üzerine etkisinin incelenmesi
Investigation of the effect of silencing collagen triple helix repeat containing 1 (CTHRC1) gene by CRISPR/Cas9 Method on matrix metalloproteinase (MMP) protein expression and metastatic capacity of tumor in pancreatic cell line
- Tez No: 797599
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SEDA EREN KESKİN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 133
Özet
Amaç: Pankreas kanseri, kötü prognozu nedeniyle her iki cinsiyette de kanser ölümlerinin önde gelen yedinci nedenidir. İlaç direnci nedeniyle; yüksek metastaz ve tümör nüksü, pankreas kanseri tedavisinde zorluklara yol açmaktadır. Bu nedenle pankreas tümörü büyümesini engellemede, mevcut bulguların daha iyi anlaşılmasını sağlamak ve gelecekteki pankreas kanseri araştırmalarında yön bulmak amacıyla yeni hedefler arayan çalışmalar hızla ortaya çıkmaktadır. Tümör metastazı, hücre yapışmasını ve ECM'nin proteolitik bozunmasını içeren karmaşık bir süreçtir. MMP'ler, ECM proteinlerini parçalama ve tümör istilasını ve metastazı kolaylaştırmak için matriks molekülleri içindeki kriptik bölgeleri açığa çıkarma yetenekleriyle karakterize edilir. CTHRC1'in yüksek ekspresyonunun, tümör yayılımı, istilası, göçü, yapışması ve metastazının pozitif düzenlenmesi yoluyla tümör oluşumunu ve gelişimini teşvik ettiği düşünülmektedir. Bu sebeple; CTHRC1, pankreas kanserinin komşu organlara yayılmasını engellemede umut verici bir hedef olarak görünmektedir. Bu çalışmada; PANC-1 ve BXPC-3 insan pankreas kanseri hücrelerinde, CRISPR/Cas9 genom düzenleme teknolojisi ile CTHRC1 genini susturup gen ifadesini regüle ederek; MMP ifadeleri ve tümörün metastatik kapasitesindeki değişimi karşılaştırmalı olarak incelemek amaçlanmıştır. Yöntem: Çalışmanın ilk basamağında PANC-1 ve BXPC-3 hücre hatlarında; CRISPR/Cas9 teknolojisini en doğru ve kolay şekilde kullanabilmek amacıyla in vitro transkripsiyon ve tarama çalışmaları gerçekleştirilerek CTHRC1 geni üzerinde hedef bölgede etkin sgRNA dizisi belirlenmiş ardından genom düzenleme protokolleri uygulanmıştır. CTHRC1 geni üzerinde CRISPR/Cas9 teknolojisi ile meydana getirilen düzenleme dizi analizi ve erime eğrisi analizi yöntemleri ile doğrulanmıştır. Çalışmanın ikinci basamağında hedef bölgede meydana getirilen düzenlemenin pankreas kanserinde MMP ifadeleri ve tümörün metastatik kapasitesinde meydana getirdiği değişim; gen ifade analizleri, hücre invazyon ve proliferasyon çalışmaları ile analiz edilmiştir. Bulgular: BXPC-3 hücre hattında hedef bölgede çift zincir kırığına bağlı çerçeve kayması mutasyona sebep olan indellerin varlığı ortaya konmuştur. Buna bağlı olarak; BXPC-3 hücrelerinin invazyon oranının azaldığı (p
Özet (Çeviri)
Objective: Pancreatic cancer is the seventh leading cause of cancer death in both genders due to its poor prognosis. Due to drug resistance; High metastases and tumor recurrence pose difficulties in the treatment of pancreatic cancer. Therefore, studies looking for new targets in inhibiting pancreatic tumor growth are emerging rapidly to provide a better understanding of current findings and to guide future pancreatic cancer research. Tumor metastasis is a complex process involving cell adhesion and proteolytic degradation of the ECM. MMPs are characterized by their ability to cleave ECM proteins and expose cryptic sites within matrix molecules to facilitate tumor invasion and metastasis. High expression of CTHRC1 is thought to promote tumorigenesis and development through positive regulation of tumor spread, invasion, migration, adhesion and metastasis. Therefore; CTHRC1 appears to be a promising target in inhibiting the spread of pancreatic cancer to neighboring organs. In this study; By silencing the CTHRC1 gene and regulating gene expression in PANC-1 and BXPC-3 human pancreatic cancer cells, with CRISPR/Cas9 genome editing technology; It was aimed to comparatively examine the change in MMP expressions and metastatic capacity of the tumor. Method: In the first step of the study, in PANC-1 and BXPC-3 cell lines; In order to use CRISPR/Cas9 technology in the most accurate and easiest way, in vitro transcription and screening studies were performed and the effective sgRNA sequence was determined in the target region on the CTHRC1 gene, and then genome editing protocols were applied. Editing of the CTHRC1 gene with CRISPR/Cas9 technology was confirmed by sequence analysis and melting curve analysis methods. In the second step of the study, the change in the MMP expressions and metastatic capacity of the tumor in pancreatic cancer by the regulation in the target region were analyzed by gene expression assays, cell invasion and proliferation studies. Results: The presence of indels that cause frameshift mutations due to double chain break in the target region in the BXPC-3 cell line were revealed. Consequently; It was observed that the invasion rate of BXPC-3 cells decreased (p
Benzer Tezler
- PANC-1 ve BXPC-3 hücre hatlarında CRISPR/Cas9 yöntemi ile NUSAP1 geninin susturulmasının pankreas kanserinde Epitelyal-Mezenkimal Transizyon (EMT) ve tümör progresyonu üzerine etkisinin araştırılması
Investigation of the effect of NUSAP1 gene silencing by CRISPR/Cas9 method in PANC-1 and BXPC-3 cell lines on Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) and tumor progression in pancreatic cancer
MERVE GÖKBAYRAK
- İnsülin gen naklinin diyabetik hayvan modellerinde terapötik etkisinin belirlenmesi
Therapeutic efficacy of insulin gene delivery in animal models of diabetes
YUNUS EMRE EKŞİ
Doktora
Türkçe
2019
Tıbbi BiyolojiAkdeniz ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH ŞANLIOĞLU
- SU.86.86 metastatik ve BxPC-3 metastatik olmayan pankreas kanser hücre hatlarında keratin 19 (KRT 19) ve transmembran serin proteaz 4 (TMPRSS4) genlerinin ifade düzeylerinin karşılaştırılması
Comparison of expression levels of keratin 19 (KRT 19) and transmembrane serine protease 4 (TMPRSS4) genes in SU.86.86 metastatic and BxPC-3 non-metastatic pancreatic cancer cell lines.
SEDA YAVUZARSLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Genetikİstinye ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SÜREYYA BOZKURT
- Androctonus crassicauda (OLIVER 1807) akrep türünün ham zehrinin insan pankreas kanseri hücre hattı (CAPAN-1) üzerine sitotoksik, apoptotik ve nekrotik etkileri
Cytotoxic, apoptotic, and necrotic effects of the crude venom of scorpion Androctonus crassicauda (OLIVER 1807) in human pancreas cancer cell line (CAPAN-1)
GÜLER ARSLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiKırıkkale ÜniversitesiFen Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NAZİFE YİĞİT KAYHAN
- Dianthus orientalisin pankreas kanserindeki invazyon ve metastaz etkilerinin in vitro olarak araştırılması
In vitro investigation of invasion and metastasis effects of Dianthus ori̇entalis i̇n pancreatic cancer
BURAK SEVİNÇ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Genel CerrahiNecmettin Erbakan ÜniversitesiGenel Cerrahi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET AYKUT YILDIRIM