PANC-1 ve BXPC-3 hücre hatlarında CRISPR/Cas9 yöntemi ile NUSAP1 geninin susturulmasının pankreas kanserinde Epitelyal-Mezenkimal Transizyon (EMT) ve tümör progresyonu üzerine etkisinin araştırılması
Investigation of the effect of NUSAP1 gene silencing by CRISPR/Cas9 method in PANC-1 and BXPC-3 cell lines on Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) and tumor progression in pancreatic cancer
- Tez No: 847673
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NACİ ÇİNE
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 137
Özet
Pankreas kanseri (PK), erken metastaz ve yüksek mortalite ile karakterize edilen en ölümcül kanser türlerinden biridir. Metastaz ve tümör ilerlemesi, pankreas duktal adenokarsinomundan hastalarda başlıca ölüm nedenidir. Tümör büyümesi ve özellikle yayılma, tipik olarak epitelden mezenkime transizyon (EMT) programının aktivasyonu ile ilişkilidir EMT, epitel hücrelerinin mezenkimal özellikleri benimsemesini sağlayan ve göç etme yeteneklerini artıran hücresel bir süreçtir. Erken evre Pankreas kanserinde prognostik bir biyolojik belirteç olarak nükleolar ve iğ ile ilişkili protein 1'in (NUSAP1) çeşitli veri tabanlarında yüksek ekspresyon seviyesi tanımlanmıştır. NUSAP1 geninin düzensiz ekspresyonu, G2 / M kontrol noktasında mikrotübül demetlenmesini ve hücre döngüsü tutuklanmasını indükler. Hücre döngüsünün düzensizliği ise PK hücrelerinin proliferasyonu, invazyonu ve metastazı ile ilişkili biyolojik davranışlarda anahtar faktördür. NUSAP1'in, çeşitli solid kanser türlerinde gelişme, ilerleme, metastazda ve EMT sürecinde rol oynadığı bilimsel çalışmalarla ortaya konmuştur. Yeni tedavi stratejilerinin geliştirilmesinde NUSAP1 geni yeni farmakolojik hedeflerden biri olabilir. Bu projede pankreas kanseri hücre hatlarında NUSAP1 geninin CRİSPR/Cas9 genom düzenleme tekniği ile susturulup EMT üzerine etkisine bakılacaktır. Elde edilen verilerle NUSAP1 geninin pankreas kanserinin progresyonundaki rolünü açıklamak hedeflenmiştir. Yöntem: Çalışmanın ilk basamağında PANC-1 ve BXPC-3 hücre hatlarından hücre kültürü çalışması yapılmıştır. NUSAP1 geninde belirlenen hedef bölgenin CRISPR/Cas9 teknolojisi kullanılarak en doğru şekilde düzenlenmesi amacıyla 3 farklı sgRNA dizayn edilerek in vitro transkripsiyon ve tarama çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Hedef bölgede meydana gelen düzenlemeler mutasyon saptama analizi ve erime eğrisi çalışmaları ile analiz edilmiştir. Pankreas kanserinde CRISPR/Cas9 uygulanan hücrelerin tümör progresyonu üzerine etkisi; gen ifade analizleri, hücre invazyon ve proliferasyon çalışmaları ile analiz edilerek ortaya konmuştur. Bulgular: BXPC-3 hücre hattında iki farklı deney grubu monoklonal ve poliklonal gruplar ekspresyon farklılığı gen ifade analizi ile ortaya konmuştur. PANC-1 hücre hattnda deney grubu oluşturulmak üzere CRISPR/Cas9 uygulanan hücrelerin hücre kültürü çalışması yapılmıştır ama kültür ortamında çoğalması sağlanamamıştır. Hedef bölgede çift zincir kırığına bağlı çerçeve kayması mutasyona sebep olan indellerin gösterilmiştir. Buna bağlı olarak; BXPC-3 hücrelerinin invazyon oranının azaldığı (p
Özet (Çeviri)
Pancreatic cancer (PC) is one of the most lethal types of cancer, characterized by early metastasis and high mortality. Metastasis and tumor progression is the leading cause of death in patients with pancreatic ductal adenocarcinoma. Tumor growth, and especially invasion, is typically associated with activation of the epithelial-to-mesenchyme transition (EMT) program. EMT is a cellular process that enables epithelial cells to adopt mesenchymal properties and increases their ability to migrate. High expression level of nucleolar and spindle-associated protein 1 (NUSAP1) has been identified in several databases as a prognostic biomarker in early stage pancreatic cancer. Dysregulated expression of the NUSAP1 gene induces microtubule bundling and cell cycle arrest at the G2/M checkpoint. Cell cycle dysregulation is a key factor in biological behaviors associated with proliferation, invasion and metastasis of PC cells. Scientific studies have demonstrated that NUSAP1 plays a role in the development, progression, metastasis and EMT process in various solid cancer types. NUSAP1 gene may be one of the new pharmacological targets in the development of new treatment strategies. In this project, we will silence the NUSAP1 gene in pancreatic cancer cell lines by CRISPR/CAS9 genome editing technique and examine its effect on EMT. With the data obtained, it is aimed to explain the role of NUSAP1 gene in pancreatic cancer progression. Methods: In the first step of the study, cell culture studies were performed from PANC-1 and BXPC-3 cell lines. In vitro transcription and screening studies were carried out by designing 3 different sgRNAs in order to edit the target region determined in the NUSAP1 gene in the most accurate way using CRISPR/Cas9 technology. Mutation analysis of the editing in the target region was analyzed by mutation detection kit and melting curve studies. The effect of CRISPR/Cas9 on tumor progression in pancreatic cancer cells was analyzed by gene expression analysis, cell invasion and proliferation studies.the target region were analyzed by gene expression assays, cell invasion and proliferation studies. Results: Differences in expression between monoclonal and polyclonal groups of two different experimental groups in the BXPC-3 cell line were revealed by gene expression analysis. Frame shift due to double chain breakage in the target region was shown to be the indels causing mutation. Accordingly, it was observed that the invasion rate of BXPC-3 cells decreased (p
Benzer Tezler
- Pankreas hücre hattında CRISPR/Cas9 Yöntemi ile collagen triple helix repeat containing 1 (CTHRC1) geninin susturulmasının matriks metalloproteinaz (MMP) protein ifadesi ve tümörün metastatik kapasitesi üzerine etkisinin incelenmesi
Investigation of the effect of silencing collagen triple helix repeat containing 1 (CTHRC1) gene by CRISPR/Cas9 Method on matrix metalloproteinase (MMP) protein expression and metastatic capacity of tumor in pancreatic cell line
GÜLHAN DEMİR
Doktora
Türkçe
2022
GenetikKocaeli ÜniversitesiTıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEDA EREN KESKİN
- PANC-1 ve BXPC-3 pankreas kanseri hücre hatlarında juglon uygulamasının wnt sinyal yolu aktivesi ile metastaz ve anjiyogenez üzerine etkilerinin moleküler yöntemler ile analizi
Molecular analysis of the effects of juglone application on metastasis and angiogenesis in PANC-1 and BXPC-3 pancreatic cancer cell lines via activation of wnt signaling pathways
FATMA GÖKTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Tıbbi BiyolojiSelçuk ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. DUDU ERKOÇ KAYA
- PANC-1 ve BxPC-3 pankreas kanseri hücre hatlarına juglon uygulamasının mitokondrial biyogenez ve aktivasyonla ilgili genlerin ifade düzeyleri üzerine etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of juglone application on the expression levels of the genes related to mitochondrial biogenesis and activation in PANC-1 and BxPC-3 pancreatic cancer cell lines
EMİNE MERVE DEMİRBAŞ BÜYÜKTÜT
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Tıbbi BiyolojiSelçuk ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HİLAL ARIKOĞLU
- Dianthus orientalisin pankreas kanserindeki invazyon ve metastaz etkilerinin in vitro olarak araştırılması
In vitro investigation of invasion and metastasis effects of Dianthus ori̇entalis i̇n pancreatic cancer
BURAK SEVİNÇ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Genel CerrahiNecmettin Erbakan ÜniversitesiGenel Cerrahi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET AYKUT YILDIRIM
- Asetilsalisilik asitin pankreatik stellat hücre aracılı pankreas kanseri agresifliğine etkisi
Investigation of effects of acetylsalicylic acid on pancreatic stellate cells-mediated pancreatic cancer aggressiveness.
SILA SIĞIRLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Biyolojiİstinye ÜniversitesiKanser Biyolojisi ve Farmakolojisi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ DİDEM KARAKAŞ ZEYBEK