Investigation of the genome size effects of in vivo and in vitro serial passages of local SARS-CoV-2 isolate
Yerel SARS-CoV-2 izolatının in vivo ve in vitro seri pasajlarını genom boyu etkilerinin incelenmesi
- Tez No: 800754
- Danışmanlar: PROF. DR. AYKUT ÖZKUL, PROF. DR. EMRE KESKİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 99
Özet
Şu ana kadar dünya hala hayatımızın birçok yönünü etkileyen SARS-CoV-2 salgınıyla uğraşmaktadır. Bilim dünyası SARS-CoV-2 virüsünün mutasyonlar yoluyla evrim geçirme kapasitesine hayranlık duymaktadır; bu da virüsün bulaşma noktalarını ve konakçının bağışıklık sisteminden kaçma becerisini etkilemektedir. Bu çalışma kapsamında, yerel SARS-CoV-2 Ank1 izolatının seri pasajlanması sırasında meydana gelen genomik değişiklikleri daha iyi anlamayı amaçladık. Yerel SARS-CoV-2 izolatı in vitro ve in vivo olarak on kez seri pasajlanmıştır (sırasıyla Vero E6 hücreleri ve tip 1 interferon knockout transgenik fareleri (IFNAR-/-)). İzolatların tüm genom dizilimi Illumine NextSeq 550“ Yeni Nesil Dizileme platformu (NGS) ve ”Paragon CleanPlex® SARS-CoV-2 Paneli" kullanılarak elde edilmiştir. Daha sonra, ham sekans verileri, izolatların genetik materyallerindeki genom değişikliklerini araştırmak için Genome Detective, Unipro UGENE ve Geneious Prime iş akışları gibi çeşitli biyoinformatik araçlarla analiz edilmiştir. Sonuçlarımıza göre, in vitro pasajlamada, 10 numaralı pasajda, orijinal izolata kıyasla dört eşanlamlı olmayan sübstitüsyon ve iki eşanlamlı sübstitüsyon tespit edilmiştir. İlginç bir şekilde, in vivo pasajlamada, 9. ve 10. pasajlarda, iki ek eşanlamlı olmayan sübstitüsyon görülmüştür. Elde ettiğimiz sonuç, SARS-CoV-2 'nin in vitro ve in vivo pasajlama süreçlerinin genomunu etkilediğini göstermiştir, laboratuvardaki konak ortamlarının izolat üzerinde seçici olarak baskı oluşturduğunu tahmin etmiştir.
Özet (Çeviri)
The world is still grappling with the SARS-CoV-2 pandemic, which has affected many aspects of our lives. The scientific community is in awe of the SARS-CoV-2 virus's ability to evolve through mutations that affect its transmission bottlenecks and ability to evade the host immune system. In this study, we aimed to gain a better understanding of the genomic changes that might occur during serial passaging of the local SARS-CoV-2 Ank1 isolate. The local SARS-CoV-2 isolate was serially passaged ten times in vitro and in vivo (Vero E6 cells and type 1 interferon knockout transgenic mice (IFNAR-/-), respectively). Whole genome sequencing of the isolates was performed using the Illumina NextSeq 550 next-generation sequencing (NGS) platform and the Paragon CleanPlex® SARS-CoV-2 panel. The raw sequence data were then analyzed using various bioinformatics tools such as Genome Detective, Unipro UGENE and Geneious Prime workflows to investigate the genome size effects in the genetic material of the isolates. According to our results, in vitro passaging, at passage number 10, four non-synonymous substitutions and two synonymous substitutions were detected compared to the original isolate. Interestingly, in vivo passaging, at passages 9 and 10, two additional nonsynonymous substitutions were observed. Our obtained result indicated that the SARS-CoV-2 passaging processes in vitro and in vivo affect its genome, we speculated that the host environments obtained in the laboratory selectively pressed on the isolate.
Benzer Tezler
- Endometrium kanserlerinde P53, PTEM ve mikrosatellitesinin hastalığın prognuzu üzerine etkisinin incelenmesi
Investigation of the effects of P53, pten and microsatellite on the prognosis of the disease in endometrial cancers
MUTLU ÖĞÜT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Kadın Hastalıkları ve DoğumManisa Celal Bayar ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TEVFİK GÜVENAL
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYÇA TAN
- Jenerasyonel mikroplastik (MP) maruziyetinin oosit ve sperm epigenomu üzerine etkisinin araştırılması
Investigation of the effect of generational microplastic (MP) exposure on oocyte and sperm epigenome
BURCU AKBEYAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
GenetikErciyes ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERPİL TAHERİ
- Yeni doğan buzağılardan patojenik escherichia coli identifikasyonu ve bu etkenlere karşı etkin bakteriyofaj izolasyonu
New born calf pathogenic escherichia coli identification and isolation of bacteriophage against these agents
MUSTAFA REHA COŞKUN
- Oosit matürasyonu ile kumulus hücre yüzey belirteçleri ilişkisinin incelenmesi ve fertilizasyon başarısı ile karşılaştırılması
Investigation of relation between genetic structure, the surface biomarkers of granulosa cell and oocyte quality, fertilisation rate
ŞİRİN BAKTI DEMİRAY
- Siltli kumlar ve Kumlu siltlerde sıvılaşma
The Liquefaction of silty sands and sandy silts
CENGİZ KILIÇ