Periodontitise yatkınlıkta rol oynadığı düşünülen RSPO4 genine ait putatif bir düzenleyici bölgenin gen ifadesini hızlandırıcı etkisinin gösterilmesi
Demonstration of the enhancing effect of a putative regulatory region of the RSPO4 gene predicted to play role in susceptibility to periodontitis
- Tez No: 801686
- Danışmanlar: PROF. DR. PERVİN RUKİYE DİNÇER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Diş Hekimliği, Genetik, Tıbbi Biyoloji, Dentistry, Genetics, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 80
Özet
Periodontitis genetik, çevresel ve hayat tarzı faktörlerinin bir arada rol oynadığı, dişe özgü destek yapıların yıkımıyla karakterize kompleks hastalıklardan birisidir. Patogenezi ve yatkınlığı ile ilişkili genetik mekanizmalar henüz tam olarak aydınlatılamamıştır. RSPO4 özellikle tırnak ve ekstremite gelişimi ile ilişkili mekanizmalarda rolünün yanı sıra kemik oluşumu ve olgun iskelette görev alan bir gendir. Porphyromonas gingivalis (majör periodontopatojen) kaynaklı oral enfeksiyona direnç gösteren spesifik fare hatlarında RNA dizi analizi sonucu RSPO4 ifadesinin arttığını gösteren bulgular RSPO4 gen regülasyonunun periodontal yıkıma dirençte rol oynadığını düşündürmüştür. Genom boyu ilişkilendirme çalışmaları, ENCODE verileri ve çeşitli hücre tiplerinde ChIP-dizileme analizleri; RSPO4'ün 3'UTR bölgesinde yer alan, transkripsiyon faktörü bağlanma bölgeleri olan, H3K4Me1 ve H3K27Ac histon modifikasyonlarına ve DNAz I aşırı duyarlılığına sahip, güçlü linkage disequilibrium değeri gösteren tek nükleotit polimorfizmleri görülen bir haplotip bloğun aşağı yönünde gen ifadesini hızlandırıcı etkisi olduğunu düşündürmüştür. Bu bilgiler ışığında ilgili kromozom bölgesinin periodontitis etiyolojisinde işlevi olan düzenleyici elemanlar içerdiği düşünülmüştür. Araştırmanın amacı bu putatif düzenleyici elemanların gen ifadesini hızlandırdığını doğrulamaktır. Bu amaçla putatif gen ifadesini düzenleyen bölge amplifiye edilip DNA dizi analizi ile doğrulanmış, firefly luciferase reporter vektörü (pgl4.24) içerisine klonlanıp ardından kompetan bakteriler içerisinde yüksek düzeyde ifadesi sağlandıktan sonra RSPO4'ün güçlü bir şekilde ifade edildiği SaOs-2 hücrelerine transfeksiyonu gerçekleştirilmiş ve putatif dizinin promotör aktivitesine olan etkisi lusiferaz assay ile incelenmiştir. İnceleme sonucunda dizinin promotör aktivitesini azalttığı belirlenmiştir. Mevcut sonuçlar incelenen bölgenin gen ifadesini azaltıcı (repressör) bir bölge olduğunu ortaya koymuştur.
Özet (Çeviri)
Periodontitis is one of the complex diseases characterized by the destruction of tooth-specific supporting structures in which genetic, environmental and lifestyle factors play a role, and the genetic mechanisms associated with its pathogenesis and susceptibility have not yet been fully elucidated. RSPO4 is a gene that is involved in bone formation and mature skeleton, as well as has role in mechanisms related to nail and extremity development. Findings showing increased RSPO4 expression as a result of RNA-seq in specific mouse lines resistant to Porphyromonas gingivalis (major periodontopathogen) infection suggested that RSPO4 gene regulation plays a role in resistance to periodontal destruction. According to the genome-wide association studies, ENCODE data and ChIP-seq analyses in various cell types; a haplotype block located in the 3'UTR region of RSPO4, which has transcription factor binding sites, H3K4Me1 and H3K27Ac histone modifications, DNAse I hypersensitivity, and single nucleotide polymorphisms showing strong linkage disequilibrium suggested that the downstream gene expression of a haplotype block is a putative enhancer region. Accordingly, it was thought that the relevant chromosome region containing regulatory elements that have a function in the etiology of periodontitis. The aim of the study is to confirm that these putative regulatory elements enhance gene expression. For this purpose, the region was amplified and confirmed by DNA sequencing, cloned into the firefly luciferase reporter vector pgl4.24, and then transfected into cells where RSPO4 was strongly expressed after it was expressed at a high level in competent bacteria, and the effect of the putative sequence on the promoter activity was carried out. The effect was examined with the luciferase assay. As a result, it was determined that the sequence decreased the promoter activity revealing that the region is a repressor region.
Benzer Tezler
- Beta defensin-2 fonksiyonel gen polimorfizminin kronik periodontitisle ilişkisi
The relationship between beta defensin-2 functional gene polymorphism and chronic periodontitis
SEVDA KURT
Doktora
Türkçe
2016
Diş HekimliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiPeriodontoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYLA ÖZTÜRK
- İleri periodontal yıkım olan bireylerde interlökin-1 beta ve tümör nekrozis faktör alfa gen polimorfizmlerinin ve dişeti oluğu sıvısı düzeylerinin incelenmesi
Determination of interleukin-1beta and tumor necrosis factor- alpha gene polymorphisms and gingival crevicular fluid levels in patients with severe periodontal destruction
ÖZLEM ÖZER YÜCEL
Doktora
Türkçe
2007
Allerji ve İmmünolojiHacettepe ÜniversitesiPeriodontoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. EZEL BERKER
- Peri-implantitisli bireylerde genetik yatkınlıkta hastalıkta etkin rol oynayan enflamatuar mediyatörlerin, olası gen polimorfizmlerinin etkilerinin incelenmesi
Analysis of Pro-inflammatory cytokines gene polymorphisms in periimplantitis patients
MELİS SOYTÜRK
Doktora
Türkçe
2019
Diş Hekimliğiİstanbul ÜniversitesiPeriodontoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALİL ERHAN FIRATLI
- İltihabi periodontal hastalıklarda (agp ve kronik p) IL-1 reseptör antagonisti gen polimorfizminin etkileri
The effects of IL-1 receptor antagonist gene polymorphism on inflammatory periodontal diseases
ÇİĞDEM COŞKUN TÜRER
Doktora
Türkçe
2013
Diş HekimliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiPeriodontoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÖKHAN AÇIKGÖZ
- Periodontal hastalıklarda interlökin-1A, interlökin-1B ve interlökin-1RN gen polimorfizmlerinin belirlenmesi
Determination of IL-1A, IL-1B and IL-RN gene polymorphisms in periodontal diseases
PINAR EMECEN
Doktora
Türkçe
2005
Diş HekimliğiHacettepe ÜniversitesiPeriodontoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. RAHİME MERAL NOHUTCU