Tüberküloz dışı mikobakterilerin maldı-tof ms yöntemi ile tanımlanması
Identification of non-tuberculous mycobacteria by maldi-tof ms method
- Tez No: 803296
- Danışmanlar: PROF. DR. CÜNEYT ÖZAKIN
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Bursa Uludağ Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 45
Özet
Son yıllarda tüberküloz dışı mikobakteri (TDM) enfeksiyonlarında artış ve bu enfeksiyonların tedavilerinin tüberkülozdan farklı olması nedeniyle tür düzeyinde tanımlama gereklidir. Çalışmamızın amacı MALDI-TOF sisteminin Mycobacterium tuberculosis kompleks dışı mikobakterilerin tanımlanmasında etkinliğini göstermek, suşların referans laboratuvarına gönderilip tanımlanıp raporlanması için geçen süre göz önüne alındığında daha hızlı klinisyene sonuç vermek ve bu metodun kurumumuzda rutin kullanımını sağlamaktır. Bursa Uludağ Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarındaki klinik örneklerden 2016-2021 tarihlerinde izole edilmiş Ulusal Tüberküloz Referans Laboratuvarına gönderilerek tür tanımlaması yapılarak saklamaya alınmış 65 suş içinde canlandırılabilen 20 TDM suşu çalışmaya alınmıştır. Mikobakterilerin MALDI Biotyper numunesinin hazırlanması için Bruker Daltonik GmbH tarafından tavsiye edilen inaktivasyon ve ekstraksiyon prosedürü MycoEX yöntemi kullanılmıştır. Sonra MALDI-TOF sonuçları ile GenoType CM/AS kiti ile çalışılmış referans laboratuvarından gelen sonuçlar karşılaştırılmıştır. İki yöntem arasındaki uyum 20/20 (%100) olmuştur. Bir izolat GenoType CM/AS yöntemi ile M. fortuitum group olarak tanımlanmasına rağmen MALDI-TOF ile aynı grubun içinde yer alan tür M. farcinogenes olarak tanımlandığından uyumlu kabul edilmiştir. Yedi izolat >2,0; 2 izolat 1,8-2,0; 9 izolat 1,6-1,8; 2 izolat
Özet (Çeviri)
Due to the increase in non-turberculous mycobacteria (NTM) in recent years and different treatment strategies other than tuberculosis, identification at the species level is necessary for NTM. The aim of our study is to demonstrate the effectiveness of the MALDI-TOF system in the identification of NTM, to provide faster results to the clinician when considering the time taken for the strains to be sent to the reference laboratory, identified and reported, and to ensure the routine use of this method in our institution. Sixty-five NTM strains isolated from clinical samples between 2016 and 2021 at the Medical Microbiology laboratory of Bursa Uludag University Health Application and Research Center were sent to the National Tuberculosis Reference Laboratory and classified and stored, and 20 NTM strains that could be revived among them were included in the study. The MycoEX method, the inactivation and extraction procedure recommended by Bruker Daltonik GmbH, was used for the preparation of the MALDI Biotyper sample of mycobacteria. The MALDI-TOF results were then compared with the results from the reference laboratory studied with the GenoType CM/AS kit. The agreement between the two methods was 20/20 (100%). Although an isolate was identified as M. fortuitum group by GenoType CM/AS method, it was considered compatible because the species in the same group with MALDI-TOF was identified as M. farcinogenes. Seven isolates were identified with a score of >2.0, 2 isolates between 1.8-2.0, 9 isolates between 1.6-1.8, and 2 isolates with a score of
Benzer Tezler
- Matriks destekli lazer dezorpsiyon/iyonizasyon-uçuş zamanı kütle spektrometresi ile tüberküloz dışı mikobakterilerin tür düzeyinde tanımlanması
Identification of nontuberculous mycobacteria at species level by matrix assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry
MERT MANYASLI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
MikrobiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURAN ESEN
- Tüberküloz dışı mikobakteri türlerinin matriks destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyonu-uçuş zamanı kütle spektrometresi ile sıvı besiyerinden tanımlanmasında üç farklı protokolün karşılaştırılması
Comparison of three di̇fferent protocols for matrixassisted laser desorption/ionization-time of flight massspectrometry identification of non-tuberculous mycobacteri̇aisolated from liquid culture
NEZİHAT DESEN BÜYÜKSOY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURAN ESEN
DOÇ. DR. ÖZGÜR APPAK
- Klinik örneklerden izole edilen tüberküloz dışı mikobakteri TDM suşlarının tanımlanmasında MALDI-TOF MS yönteminin yeri
Place of MALDI-TOF MS method in the identification of non-tuberculous mycobacteria strains isolated from clinical samples
MELDA DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DİLEK ŞATANA
- Mycobacterıum abscessus izolatlarının sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile antibiyotik duyarlılık paterninin belirlenmesi
Determination of antibiotic susceptibility patterns of mycobacterium abscessus isolates using the broth microdilution method
HANDE ÖZCAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA GÜNEY
- Tüberküloz dışı mikobakterilerin PCR-RFLP (polymerase chain reaction restrioction fragment lenght polymorphism) ile tiplendirilmesi
Typing of non-tuberculosis mycobacteria by PCR-RFLP (polymerase chain reaction restrioction fragment lenght polymorphism)
TURAN NAJAFLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Sağlık EğitimiMersin ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÖNÜL ASLAN