Geri Dön

A comprehensive analysis of mutations in cancers and neurodevelopmental disorders

Kanserlerde ve nörogelişimsel hastalıklarda bulunan mutasyonların kapsamlı bir analizi

  1. Tez No: 803488
  2. Yazar: BENGİ RUKEN YAVUZ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON, DOÇ. DR. NURCAN TUNÇBAĞ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Biostatistics, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Enformatik Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıp Bilişimi Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyoenformatik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 143

Özet

Çok sayıda patoloji mutasyonlar tarafından yönlendirilir ve tek bir mutasyon bile tanısal bir belirteç olabilir ve küresel genom ve protein ekspresyonunu değiştirerek onkojenik sinyal yollarını değiştirebilir. Bununla birlikte, tek sürücülü bir mutasyonun onkojenik sinyal yollarının aktivasyonuna katkısı çok düşüktür ve zaman içinde ek mutasyonlara ihtiyaç duyulur. Bu tez, tümör oluşumunu teşvik eden ve tedavilere yanıtı değiştiren aynı gen üzerinde bulunan mutasyonları tespit etmeyi amaçlamaktadır. Bu amaçla, pan-kanser gruplarında birlikte bulunan anlamlı mutasyonları belirlemek için istatistiksel bir yöntem kullandık, translasyon potansiyeli belirgin olmayan ve düşük frekanslara sahip gizli sürücü mutasyonlarının tanımlanmasına odaklandık. Daha sonra fazlalık olmayan yolları ve etkileşimleri değiştiren ve kansere özgü tümör oluşumunu destekleyen 4352 anlamlı farklı gen çift mutasyonu keşfettik. Trans kombinasyonlarında bulunan seyrek ikililer, metastaz belirteci olarak işlev görebilirken, ayrık kombinasyonlar, onkojen kaynaklı yaşlanmaya yol açabilir. Ayrıca, bu tez nörogelişimsel bozukluklar ve kanser arasındaki ortak ve ayırt edici özellikleri araştırmaktadır. Klinik belirtilerindeki farklılıklara rağmen, nörogelişimsel hastalıklara sahip bireylerin kansere yakalanma olasılığı daha yüksektir. Kanser mutasyonları seyrek ve somatikken, NDD ile ilişkili mutasyonları kalıtsaldır. Bununla birlikte hem nörogelişimsel hastalıklar hem de kanser, aynı proteinleri, yolakları ve mutasyonları paylaşır. Nadir olan ancak dramatik fenotipik değişikliklere yol açabilen ve klinik imza görevi görebilen derin motifler, büyük genomik verilerin sorgulanması ve küçük molekül hassasiyet verileriyle bütünleştirilmesi yoluyla keşfedilebilir.

Özet (Çeviri)

A multitude of pathologies are driven by mutations, and even a single mutation can act as a prognostic marker and modify the global genome and protein expression, thus changing oncogenic signaling pathways. However, a single-driver mutation has minimal contribution to the activation of oncogenic signaling pathways and necessitates additional mutations over time. This thesis aims to identify co-occurring mutations in genes that promote tumorigenesis and alter the response to treatments. To achieve this, we employed a statistical technique to identify significantly co-occurring mutations in pan-cancer cohorts, focusing on the identification of latent driver mutations with minor observable translational potential and low frequencies. We then discovered 4352 significant different gene double mutations that alter non-redundant pathways and interactions and promote cancer-specific tumorigenesis. Rare co-occurring in trans combinations can serve as metastasis markers, whereas excluded combinations may give rise to oncogene-induced senescence (OIS). Furthermore, this thesis investigates the shared and distinguishing features between neurodevelopmental disorders (NDDs) and cancer. Despite the differences in their clinical manifestations, individuals with NDDs are more likely to develop cancer. Cancer mutations are sporadic and arise during life, whereas NDD-associated mutations are germline. However, both NDDs and cancer share proteins, pathways, and mutations. Deep patterns that are rare but can prompt dramatic phenotypic alterations and serve as clinical signatures can be discovered through interrogating large genomic data and integrating it with small-molecule sensitivity data.

Benzer Tezler

  1. A comprehensive study of K-Ras protein and its oncogenic mutations: A dynamic point of view

    K-Ras proteini ve onkojenik mutasyonları üzerine kapsamlı bir çalışma: Dinamik bir bakış açısı

    SEZEN VATANSEVER

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyofizikKoç Üniversitesi

    Biyomedikal Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BURAK ERMAN

  2. Veri madenciliği ile yeni ilaç hedeflerinin saptanmasına yönelik interaktomikler: İn silico bir senaryo

    Interactomics to determine new drug targets with data mining: In silico a scenario

    BESTE UNCU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    OnkolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Onkoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YASEMİN BAŞBINAR

  3. Türkiye'de ailesel multipl miyelom hastalarının tespiti ve ailesel yatkınlığa sebep olan genetik varyantların araştırılması

    Detection of familial multiple myeloma cases and investigation of predisposing genetic variants in turkey

    ERMAN AKKUŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    HematolojiAnkara Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MERAL BEKSAÇ

  4. Standart ve agresif seyirli diferansiye tiroid kanserlerinde BRAF V600E ve TERT mutasyon analizlerinin değerlendirilmesi

    Evaluation of BRAF V600E and TERT mutation analysis in standard and aggressive differential thyroid cancers

    NIGAR GASIMOVA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Genel CerrahiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Genel Cerrahi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AHMET CEM DURAL

  5. Malign melanom hastalarında tiroid nodül-kanser sıklığı ve nodül-kanser gelişimine etki eden risk faktörlerinin değerlendirilmesi

    Assessment of thyroid nodule-cancer frequency and risk factors affecting the development of nodule-cancer in malign melanoma patients

    DURSUN GÖKTÜRK TAŞKIN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    İç HastalıklarıAnkara Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA ŞAHİN