A comprehensive analysis of mutations in cancers and neurodevelopmental disorders
Kanserlerde ve nörogelişimsel hastalıklarda bulunan mutasyonların kapsamlı bir analizi
- Tez No: 803488
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON, DOÇ. DR. NURCAN TUNÇBAĞ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Biostatistics, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Enformatik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıp Bilişimi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoenformatik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 143
Özet
Çok sayıda patoloji mutasyonlar tarafından yönlendirilir ve tek bir mutasyon bile tanısal bir belirteç olabilir ve küresel genom ve protein ekspresyonunu değiştirerek onkojenik sinyal yollarını değiştirebilir. Bununla birlikte, tek sürücülü bir mutasyonun onkojenik sinyal yollarının aktivasyonuna katkısı çok düşüktür ve zaman içinde ek mutasyonlara ihtiyaç duyulur. Bu tez, tümör oluşumunu teşvik eden ve tedavilere yanıtı değiştiren aynı gen üzerinde bulunan mutasyonları tespit etmeyi amaçlamaktadır. Bu amaçla, pan-kanser gruplarında birlikte bulunan anlamlı mutasyonları belirlemek için istatistiksel bir yöntem kullandık, translasyon potansiyeli belirgin olmayan ve düşük frekanslara sahip gizli sürücü mutasyonlarının tanımlanmasına odaklandık. Daha sonra fazlalık olmayan yolları ve etkileşimleri değiştiren ve kansere özgü tümör oluşumunu destekleyen 4352 anlamlı farklı gen çift mutasyonu keşfettik. Trans kombinasyonlarında bulunan seyrek ikililer, metastaz belirteci olarak işlev görebilirken, ayrık kombinasyonlar, onkojen kaynaklı yaşlanmaya yol açabilir. Ayrıca, bu tez nörogelişimsel bozukluklar ve kanser arasındaki ortak ve ayırt edici özellikleri araştırmaktadır. Klinik belirtilerindeki farklılıklara rağmen, nörogelişimsel hastalıklara sahip bireylerin kansere yakalanma olasılığı daha yüksektir. Kanser mutasyonları seyrek ve somatikken, NDD ile ilişkili mutasyonları kalıtsaldır. Bununla birlikte hem nörogelişimsel hastalıklar hem de kanser, aynı proteinleri, yolakları ve mutasyonları paylaşır. Nadir olan ancak dramatik fenotipik değişikliklere yol açabilen ve klinik imza görevi görebilen derin motifler, büyük genomik verilerin sorgulanması ve küçük molekül hassasiyet verileriyle bütünleştirilmesi yoluyla keşfedilebilir.
Özet (Çeviri)
A multitude of pathologies are driven by mutations, and even a single mutation can act as a prognostic marker and modify the global genome and protein expression, thus changing oncogenic signaling pathways. However, a single-driver mutation has minimal contribution to the activation of oncogenic signaling pathways and necessitates additional mutations over time. This thesis aims to identify co-occurring mutations in genes that promote tumorigenesis and alter the response to treatments. To achieve this, we employed a statistical technique to identify significantly co-occurring mutations in pan-cancer cohorts, focusing on the identification of latent driver mutations with minor observable translational potential and low frequencies. We then discovered 4352 significant different gene double mutations that alter non-redundant pathways and interactions and promote cancer-specific tumorigenesis. Rare co-occurring in trans combinations can serve as metastasis markers, whereas excluded combinations may give rise to oncogene-induced senescence (OIS). Furthermore, this thesis investigates the shared and distinguishing features between neurodevelopmental disorders (NDDs) and cancer. Despite the differences in their clinical manifestations, individuals with NDDs are more likely to develop cancer. Cancer mutations are sporadic and arise during life, whereas NDD-associated mutations are germline. However, both NDDs and cancer share proteins, pathways, and mutations. Deep patterns that are rare but can prompt dramatic phenotypic alterations and serve as clinical signatures can be discovered through interrogating large genomic data and integrating it with small-molecule sensitivity data.
Benzer Tezler
- A comprehensive study of K-Ras protein and its oncogenic mutations: A dynamic point of view
K-Ras proteini ve onkojenik mutasyonları üzerine kapsamlı bir çalışma: Dinamik bir bakış açısı
SEZEN VATANSEVER
Doktora
İngilizce
2017
BiyofizikKoç ÜniversitesiBiyomedikal Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURAK ERMAN
- Veri madenciliği ile yeni ilaç hedeflerinin saptanmasına yönelik interaktomikler: İn silico bir senaryo
Interactomics to determine new drug targets with data mining: In silico a scenario
BESTE UNCU
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
OnkolojiDokuz Eylül ÜniversitesiOnkoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YASEMİN BAŞBINAR
- Türkiye'de ailesel multipl miyelom hastalarının tespiti ve ailesel yatkınlığa sebep olan genetik varyantların araştırılması
Detection of familial multiple myeloma cases and investigation of predisposing genetic variants in turkey
ERMAN AKKUŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
HematolojiAnkara Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERAL BEKSAÇ
- Standart ve agresif seyirli diferansiye tiroid kanserlerinde BRAF V600E ve TERT mutasyon analizlerinin değerlendirilmesi
Evaluation of BRAF V600E and TERT mutation analysis in standard and aggressive differential thyroid cancers
NIGAR GASIMOVA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Genel CerrahiSağlık Bilimleri ÜniversitesiGenel Cerrahi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET CEM DURAL
- Malign melanom hastalarında tiroid nodül-kanser sıklığı ve nodül-kanser gelişimine etki eden risk faktörlerinin değerlendirilmesi
Assessment of thyroid nodule-cancer frequency and risk factors affecting the development of nodule-cancer in malign melanoma patients
DURSUN GÖKTÜRK TAŞKIN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
İç HastalıklarıAnkara Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ŞAHİN