Proposing 3D simulation of immune system cell micro-level responses in virtual and mixed reality environments: A comparative analysis
Bağışıklık sistemi hücrelerinin mikro seviyedeki tepkilerinin sanal ve karma gerçeklik ortamlarında 3 boyutlu simülasyonu: Karşılaştırmalı bir analiz
- Tez No: 804006
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ AYBAR CAN ACAR, DOÇ. DR. ELİF SÜRER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilim ve Teknoloji, Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Science and Technology, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Bağışıklık sistemi, Benzetim, Karşılaştırmalı analiz, Sanal Gerçeklik Modelleme Dili, Simulation, Comparative analysis, Virtual Reality Modelling Language
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Enformatik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Herhangi bir bilişim alanında çalışırken, alanın temel mekanizmalarını anlamak büyük önem taşımaktadır. Bu, biyoinformatik alanında da geçerlidir. Çalışılacak biyolojik konu üzerinde rahat çalışılabilmesi için çalışılacak konunun temel bir düzeyde anlaşılmış olması gerekmektedir. Ancak, biyolojik olayları anlamak her zaman kolay olmamaktadır. Bazen olayların biyolojik karmaşıklığı ve olayların görselleştirilmesinin zor olması konunun anlaşılmasında zorluklara neden olmaktadır. Bu durum özellikle eğitim alanında önem taşımaktadır. Eğitim amacıyla çeşitli biyolojik olaylar yazılı olarak anlatılmakta veya bazı durumlarda resimli olarak tasvir edilmektedir. Bazı durumlarda ise eğitimi daha etkili hale getirmek için Sanal Gerçeklik (SG) ve Karma Gerçeklik (KG) gibi daha yeni teknolojiler kullanılmaktadır. Bu çalışmada vücudun savunma sistemi unsurlarından biri olan beyaz kan hücrelerinin kan damarındaki bakterilere karşı verdikleri tepkinin etkileşimli simülasyonu 3 boyutlu ortamda hazırlanmıştır. Beyaz kan hücrelerin tepkilerine dair etkileşimli bu gösterim, katılımcılar tarafından test edilmiş ve değerlendirilmiştir. Uygulama bilgisayar, SG ve KG ortamlarında test edilmiş ve katılımcılardan çeşitli anketleri doldurulması istenmiştir. Sorulan sorular ile katılımcıların bu tarz bir uygulamayı anlamlı bulup bulmadığı ve bu tarz bir uygulama için hangi platformu en etkili buldukları sorularına cevap aranmıştır. Yirmi yedi gönüllü üzerinde yapılan çalışmalar sonucunda, kullanıcıların böyle bir etkileşimli öğrenme sürecini etkili buldukları ve bu tür içerikler için en çok Sanal Gerçeklik platformunu tercih ettikleri belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
When working in any informatics field, it is necessary to understand the core mechanisms of the domain. This is also true in the field of bioinformatics. At least a basic understanding of the biological subject to be studied is required. However, understanding biological phenomena is not always easy. Sometimes the biological complexity of the events and the difficulty of visualizing the events cause difficulties in understanding the subject. This is particularly important in the field of education. For educational purposes, various biological events are described in writing or illustrated. In some cases, newer technologies such as Virtual (VR) and Mixed Reality (MR) are used to make training more effective. In this study, an interactive simulation of the response of white blood cells, one of the elements of the body's defense system, against bacteria in the blood vessel was prepared in a 3D environment. This interactive demonstration was evaluated and evaluated by the participants. The application was evaluated in PC, VR, and MR environments and participants were asked to fill out various questionnaires. With the questions asked, answers were sought to the questions of whether the participants found such an application effective and which platform they found most effective for such an application. As a result of the studies conducted on 27 volunteers, it was determined that the users found such an interactive learning process effective, and they preferred the VR platform the most for such content.
Benzer Tezler
- Investigation of the effect of valproic acid, an hdac inhibitor, on the relationship between oxidative stress and autophagy in human eosinophil
İnsan eosinofillerinde valproik asit ile oluşturulan oksidatif stres ve otofaji sonrası bağışık yanıtların incelenmesi
GÖKSU ÜZEL TURAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. CEREN ÇIRACI
- Immunoregulatory activities of nanoparticle-forming oligodeoxynucleotides
Nanoparçacık oluşturan oligodeoksinükleotidlerin immünmodülatör etkiler
KUTAY KARATEPE
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İHSAN GÜRSEL
- Kalsinörin proteinini hedefleyerek kandidiyaz hastalığının tedavisine yönelik peptit tabanlı moleküllerin bilgisayar ortamında tasarımı
In silico design of peptide-based molecules targeting calcineurin protein for the treatment of candidiasis
YAĞMUR DİCLE ALTUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR ALPTÜRK
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEFER BADAY
- Bio-immunoinformatik yaklaşımlarla in silico olarak leishmaniasis'e karşı çok peptitli aġı adayının tasarlanması ve immun simülasyon yöntemiyle etkinliğinin değerlendirilmesi
In silico design of multi-peptide vaccine candidate against leishmaniasis using BİO-immunoinformatic approaches and investigation of its effect by immune simulation methods
ARZUV CHARYYEVA
Doktora
Türkçe
2022
ParazitolojiErciyes ÜniversitesiParazitoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. Alparslan YILDIRIM
- Küçük hücreli dışı akciğer kanseri peptit aşısı için MAGE-A3, WT1 ve EGFR proteinlerinin immünoinformatik tasarımı
Immunoinformatic design of MAGE-A3, WT1, and EGFR proteins for non-small cell lung cancer peptide vaccine
SABA HALLAJ EBRAHIMI
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
OnkolojiEge ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RALPH LEO JOHAN MEUWISSEN