Doğrudan pozitif kan kültür şişelerinden matriks aracılı lazer dezorpsiyon iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) ile hızlı mikrobiyal tanımlamada farklı yöntemlerin araştırılması
Investigation of different methods in rapid microbial identification from directly positive blood culture bottles by matrix assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS)
- Tez No: 805316
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MAHMUT CEM ERGON
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 69
Özet
Amaç: Kan kültürü, sepsis tanısında altın standart olup mikroorganizmaları hızlı ve doğru tanımlama mortaliteyi düşürmekte ve uygun antibiyotik kullanımı ile sağaltım sağlanabilmektedir. Bu çalışmada, kan kültüründe üreyen mikroorganizmaları doğrudan kan kültür şişesinden MALDI-TOF MS ile kısa sürede tanımlamada kullanılan hızlı tanımlama yöntemlerini iki farklı okuma modülünde karşılaştırarak laboratuvar için en uygulanabilir ve maliyet etkin olan yöntemi belirlemeyi amaçladık. Gereç ve Yöntem: Araştırmada, Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı Bakteriyoloji Laboratuvarına Aralık 2022-Mart 2023 tarihleri arasında dolaşım sistemi enfeksiyonu şüphesiyle gönderilen ve BACTEC FX (Becton Dickinson, ABD) kan kültürü cihazında inkübe edildikten sonra pozitif sinyal veren BD BACTEC FX Plus Aerobic, Plus Anaerobic, Lytic/10 Anaerob/F ve Peds Plus/F kan kültür şişelerinden oluşan 245 adet kan kültürü örneği yer aldı. Polimikrobiyal üreme tespit edilen beş örnek ve aynı hastaya ait bir hafta içinde tekrar eden üremeler çalışma dışı bırakıldı. MBT Sepsityper IVD kiti (Bruker Daltonik, Almanya), Sodyum dodesil sülfat (SDS) ile lizis ve diferansiyel santrifüj ve protein ekstraksiyonu (PE) yöntemleri ile elde edilen sonuçlar, Bruker Biotyper MBT smart MALDI-TOF MS cihazının standart ve Sepsityper modülünde okutularak rutin koloniden MALDI-TOF MS tanımlama sonuçlarıyla karşılaştırıldı. Bulgular: Sepsityper kiti ile standart modülde, ≥1.7 tanımlama skoru ile %57.9 oranında örnek doğru tanımlanmışken Sepsityper modülünde ise ≥1.6 tanımlama skoru ile bu oran %74.2'ye yükseldi. Standart modülden Sepsityper modülüne geçiş ile doğru tanımlama oranları SDS ile lizis metoduyla %81.3'ten %90.4'a, Santrifüj + PE metoduyla %75.4'ten %84.2'ye yükseldi. Standart modülde, SDS ile lizis ile Sepsityper kiti ve Santrifüj + PE yöntemi ile Sepsityper kiti arasında istatistiksel olarak anlamlı fark saptandı (p
Özet (Çeviri)
Aim: Blood culture is the gold standard in the diagnosis of sepsis, and rapid and accurate identification of microorganisms reduces mortality and sepsis can be treated with appropriate antibiotic administration. The aim of the present study was to analyse the performance of three different preparation methods and determine the most applicable and cost-effective method for the laboratory by comparing in two different analysis modules for direct identification of bacteria from positive blood culture bottles with MALDI-TOF MS. Materials and methods: In present study, 245 blood culture bottles of BD BACTEC FX Plus Aerobic, Plus Anaerobic, Lytic/10 Anaerob/F and Peds Plus/F, which were sent to Dokuz Eylül University Hospital Central Laboratory Bacteriology Laboratory with the suspicion of bloodstream infection between December 2022 and March 2023, and tagged a positive signal after incubation in the BACTEC FX (Becton Dickinson, USA) blood culture system, were evaluated. Five samples with polymicrobial growth and repetitive growths within a week of the same patient were excluded from the study. The results obtained by MBT Sepsityper IVD kit (Bruker Daltonics, Germany), lysis with Sodium dodecyl sulfate (SDS) and differential centrifugation and protein extraction (PE) methods were compared with the routine MALDI-TOF MS identification results obtained from colonies by analyzing in the standard and Sepsityper module of the Bruker Biotyper MBT smart MALDI-TOF MS. Results: By using the standard module with the Sepsityper kit, 57.9% of the samples were correctly identified with acceptable identification score of ≥1.7, while this rate increased to 74.2% with an identification score of ≥1.6 by using the Sepsityper module. With the alteration from the standard module to the Sepsityper module, the correct identification rates increased from 81.3% to 90.4% by the SDS lysis method and from 75.4% to 84.2% by the Centrifugation + PE method. By using the standard module, statistically significant difference was found between SDS lysis method and Sepsityper kit and Centrifugation + PE method and Sepsityper kit (p
Benzer Tezler
- Otomatize kültür sistemlerinde üreme sinyali alınan steril sıvı kültür şişelerinden maldı-tof MS ile hızlı bakteri tanımlanması
Rapid identification of bacteria with maldi-tof MS from sterile liquid culture bottles with reproductive signal in automatized culture systems
FATİH ÇUBUK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
MikrobiyolojiSivas Cumhuriyet ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MÜRŞİT HASBEK
- Pozitif kan kültürlerinde MALDI-TOF yöntemi kullanılarak hızlı bakteri maya identifikasyonu
Identification of bacteria-yeast / positive blood cultures using MALDI-TOF methodology
CENNET TUĞÇE BİLGİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVRİYE GÖNÜLLÜ
- Pozitif kan kültürlerinden MALDI-TOF MS ile direkt mikroorganizma tanımlanması ve hızlı antibiyotik duyarlılık çalışılması
Direct identification of microorganisms from positive blood cultures with MALDI-TOF MS and studying rapid antibiotic susceptibility test
BİLGEHAN ERGAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiMarmara ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP ARZU İLKİ
- Fungemi etkeni Candida Albicans ve non-albicans ayrımında kullanılan germ tüp deney süresinin azaltılmasında yöntemlerin karşılaştırmalı olarak araştırılması
The compare investigation of methods in decreasing time period of germ tube test used in the differentiation of fungemia agent Candida Albicans and non-albicans
MUSTAFA SUMAK
- Pozitif kan kültürü şişelerinden karbapenemaz üreten Enterobacterales suşlarının hızlı tespiti ve karbapenemaz karakterizasyonu amacıyla kombinasyon disk testlerinin doğrudan beta-laktam inaktivasyon metoduna dayalı olarak kullanımının etkinliğinin araştırılması
Investigation of the effectiveness of using combination disc tests based on the direct beta-lactam inactivation method for the rapid detection and characterization of carbapenemase producing Enterobacterales strains from positive blood culture bottles
TUĞBA AYVALIK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiSüleyman Demirel ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMEL SESLİ ÇETİN