Geri Dön

Doğrudan pozitif kan kültür şişelerinden matriks aracılı lazer dezorpsiyon iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) ile hızlı mikrobiyal tanımlamada farklı yöntemlerin araştırılması

Investigation of different methods in rapid microbial identification from directly positive blood culture bottles by matrix assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS)

  1. Tez No: 805316
  2. Yazar: DİLAN KARADAĞ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. MAHMUT CEM ERGON
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 69

Özet

Amaç: Kan kültürü, sepsis tanısında altın standart olup mikroorganizmaları hızlı ve doğru tanımlama mortaliteyi düşürmekte ve uygun antibiyotik kullanımı ile sağaltım sağlanabilmektedir. Bu çalışmada, kan kültüründe üreyen mikroorganizmaları doğrudan kan kültür şişesinden MALDI-TOF MS ile kısa sürede tanımlamada kullanılan hızlı tanımlama yöntemlerini iki farklı okuma modülünde karşılaştırarak laboratuvar için en uygulanabilir ve maliyet etkin olan yöntemi belirlemeyi amaçladık. Gereç ve Yöntem: Araştırmada, Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı Bakteriyoloji Laboratuvarına Aralık 2022-Mart 2023 tarihleri arasında dolaşım sistemi enfeksiyonu şüphesiyle gönderilen ve BACTEC FX (Becton Dickinson, ABD) kan kültürü cihazında inkübe edildikten sonra pozitif sinyal veren BD BACTEC FX Plus Aerobic, Plus Anaerobic, Lytic/10 Anaerob/F ve Peds Plus/F kan kültür şişelerinden oluşan 245 adet kan kültürü örneği yer aldı. Polimikrobiyal üreme tespit edilen beş örnek ve aynı hastaya ait bir hafta içinde tekrar eden üremeler çalışma dışı bırakıldı. MBT Sepsityper IVD kiti (Bruker Daltonik, Almanya), Sodyum dodesil sülfat (SDS) ile lizis ve diferansiyel santrifüj ve protein ekstraksiyonu (PE) yöntemleri ile elde edilen sonuçlar, Bruker Biotyper MBT smart MALDI-TOF MS cihazının standart ve Sepsityper modülünde okutularak rutin koloniden MALDI-TOF MS tanımlama sonuçlarıyla karşılaştırıldı. Bulgular: Sepsityper kiti ile standart modülde, ≥1.7 tanımlama skoru ile %57.9 oranında örnek doğru tanımlanmışken Sepsityper modülünde ise ≥1.6 tanımlama skoru ile bu oran %74.2'ye yükseldi. Standart modülden Sepsityper modülüne geçiş ile doğru tanımlama oranları SDS ile lizis metoduyla %81.3'ten %90.4'a, Santrifüj + PE metoduyla %75.4'ten %84.2'ye yükseldi. Standart modülde, SDS ile lizis ile Sepsityper kiti ve Santrifüj + PE yöntemi ile Sepsityper kiti arasında istatistiksel olarak anlamlı fark saptandı (p

Özet (Çeviri)

Aim: Blood culture is the gold standard in the diagnosis of sepsis, and rapid and accurate identification of microorganisms reduces mortality and sepsis can be treated with appropriate antibiotic administration. The aim of the present study was to analyse the performance of three different preparation methods and determine the most applicable and cost-effective method for the laboratory by comparing in two different analysis modules for direct identification of bacteria from positive blood culture bottles with MALDI-TOF MS. Materials and methods: In present study, 245 blood culture bottles of BD BACTEC FX Plus Aerobic, Plus Anaerobic, Lytic/10 Anaerob/F and Peds Plus/F, which were sent to Dokuz Eylül University Hospital Central Laboratory Bacteriology Laboratory with the suspicion of bloodstream infection between December 2022 and March 2023, and tagged a positive signal after incubation in the BACTEC FX (Becton Dickinson, USA) blood culture system, were evaluated. Five samples with polymicrobial growth and repetitive growths within a week of the same patient were excluded from the study. The results obtained by MBT Sepsityper IVD kit (Bruker Daltonics, Germany), lysis with Sodium dodecyl sulfate (SDS) and differential centrifugation and protein extraction (PE) methods were compared with the routine MALDI-TOF MS identification results obtained from colonies by analyzing in the standard and Sepsityper module of the Bruker Biotyper MBT smart MALDI-TOF MS. Results: By using the standard module with the Sepsityper kit, 57.9% of the samples were correctly identified with acceptable identification score of ≥1.7, while this rate increased to 74.2% with an identification score of ≥1.6 by using the Sepsityper module. With the alteration from the standard module to the Sepsityper module, the correct identification rates increased from 81.3% to 90.4% by the SDS lysis method and from 75.4% to 84.2% by the Centrifugation + PE method. By using the standard module, statistically significant difference was found between SDS lysis method and Sepsityper kit and Centrifugation + PE method and Sepsityper kit (p

Benzer Tezler

  1. Otomatize kültür sistemlerinde üreme sinyali alınan steril sıvı kültür şişelerinden maldı-tof MS ile hızlı bakteri tanımlanması

    Rapid identification of bacteria with maldi-tof MS from sterile liquid culture bottles with reproductive signal in automatized culture systems

    FATİH ÇUBUK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    MikrobiyolojiSivas Cumhuriyet Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ MÜRŞİT HASBEK

  2. Pozitif kan kültürlerinde MALDI-TOF yöntemi kullanılarak hızlı bakteri maya identifikasyonu

    Identification of bacteria-yeast / positive blood cultures using MALDI-TOF methodology

    CENNET TUĞÇE BİLGİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEVRİYE GÖNÜLLÜ

  3. Pozitif kan kültürlerinden MALDI-TOF MS ile direkt mikroorganizma tanımlanması ve hızlı antibiyotik duyarlılık çalışılması

    Direct identification of microorganisms from positive blood cultures with MALDI-TOF MS and studying rapid antibiotic susceptibility test

    BİLGEHAN ERGAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    MikrobiyolojiMarmara Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEYNEP ARZU İLKİ

  4. Fungemi etkeni Candida Albicans ve non-albicans ayrımında kullanılan germ tüp deney süresinin azaltılmasında yöntemlerin karşılaştırmalı olarak araştırılması

    The compare investigation of methods in decreasing time period of germ tube test used in the differentiation of fungemia agent Candida Albicans and non-albicans

    MUSTAFA SUMAK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    MikrobiyolojiMersin Üniversitesi

    Temel Tıp Bilimleri Bölümü

    DOÇ. DR. FEZA OTAĞ

  5. Pozitif kan kültürü şişelerinden karbapenemaz üreten Enterobacterales suşlarının hızlı tespiti ve karbapenemaz karakterizasyonu amacıyla kombinasyon disk testlerinin doğrudan beta-laktam inaktivasyon metoduna dayalı olarak kullanımının etkinliğinin araştırılması

    Investigation of the effectiveness of using combination disc tests based on the direct beta-lactam inactivation method for the rapid detection and characterization of carbapenemase producing Enterobacterales strains from positive blood culture bottles

    TUĞBA AYVALIK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    MikrobiyolojiSüleyman Demirel Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EMEL SESLİ ÇETİN