A multilocus sequence analysis for uropathogenic E. coli (UPEC) isolated from different Iraqi cities
Irak'ın farklı şehirlerinden izole edilen üropatojenik E. coli (UPEC) için multilokus sekans analizi
- Tez No: 806148
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SONGÜL ŞAHİN, DR. ÖĞR. ÜYESİ AHMED JAWAD ABD ALALLY ALYASERY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 94
Özet
DSÖ son zamanlarda mikropların üriner sisteme (böbrekler, üreterler, mesane ve üretra) girip geliştiği bir durum olan idrar yolu enfeksiyonu hakkında endişelenmeye başlamıştır.. Özellikle antibiyotiklere karşı daha dirençli hale geldiğinden beri, büyük ölçüde büyümüştür. İdrar yolu enfeksiyonları (İYE) semptomlardan mustarip hastalardan yüz altmış orta akım temiz yakalama idrar örneği toplanmıştır. 15 May 2022 ile 30 Kasım 2022 tarihleri arasında Muthanna'daki Basra Eğitim Hastanesi, Al-Hüseyin Eğitim Hastanesi, Doğum ve Çocuk Eğitim Hastanesi, Necef'teki Al-Sadr tıp şehri ve Bağdat'taki Merkez Halk Sağlığı Laboratuvarı'ndaki hastalardan numuneler toplanmıştır. Sonuçlar, 160 örnekte; Escherichia coli'nin 77 (%48,2) ile baskın bakteri olduğunu, diğer bakterilerin ise 55 (%34,3) olduğunu ortaya koydu. 160 örnekten 28'i (%17,5) negatif kültür sonucu verdi. E. coli suşlarının 25 izolatı için on farklı antibiyotik için duyarlılık testi yapıldı. Amoksisilin en yüksek direnç oranlarına sahipken, E. coli'de Amoksisilin direncinden sonra Tikarsilin ve Tetrasiklin geldi. Farklı İYE enfeksiyonları ve farklı lokasyonları olan hastalardan izole edilen 25 E. coli izolatını karşılaştırmak için Multilocus Sekans Analizi (MLSA) kullanılmıştır. Bu çalışmada, beş housekeeping genleri (fadD, gyrB, mdh, mutS ve rpoS) yeni MLSA şeması olarak kullanıldı. İncelenen 25 E. coli örneğinden 21 yeni dizi tipi (ST'ler), yeni MLSA şemasına göre tanımlanmıştır. Bu 21 ST, beş grup ve farklı singletone halinde gruplandı. Farklı İYE tipleri (Üritit, Vajinit, sistit ve piyelonefrit) sonuçta ortaya çıkan genotipler üzerinde etkilidir; burada üst İYE enfeksiyonu örneklerinin çoğu, alt İYE enfeksiyonundan farklı ST'lerde gruplandırılmıştır. Bu 5 housekeeping genlerin tümü polimorfik değişiklikler gösterdi. gyrB geni, 12 alel üreten en polimorfik gendi. Karşılaştırıldığında, rpoS, 9 alel üreten daha az polimorfik gendi. Bu çalışma, yeni MLSA şemasının patojenik bakteriler arasında ayrım yapmak için yüksek ayrım gücüne sahip olduğunu kanıtlamıştır. Beş housekeeping genleri (fadD, gyrB, mdh, mutS ve rpoS) moleküler düzeyde inceledikten sonra, bir sonuca varmak için aşağıdaki moleküler teknikler (eBURST analizi, dairesel filogenetik analiz, Split-dekompozisyon analizi ve Phylogram analizi) kullanıldı. E. coli numuneleri, en patojen suşları belirlemek için kullanıldı. E. coli'nin çoğunluğu Basra şehrinde bulundu, bunu Necef, Bağdat ve Al-Muthanna izledi. E. coli üriner sistem enfeksiyonu prevalans oranlarının en yüksek olduğu alanlar da bulundu. Escherichia coli vajinada diğer bölgelere göre- mesane, üreterler veya piyelonefritte olduğundan daha yaygındı.
Özet (Çeviri)
WHO has recently begun to worry about urinary tract infection, a condition in which germs enter and develop in the urinary system. (kidneys, ureters, bladder, and urethra). Particularly since it became more resistant to antibiotics, it has drastically grown. One hundred sixty of midstream clean-catch urine samples were collected from patients suffering from symptoms urinary tract infections (UTIs). Between 15 May 2022 and 30 November 2022, samples were collected from patients at Basra Teaching Hospital, and Al-Hussein Teaching Hospital, Maternity and Children teaching Hospital in Muthanna, Al-Sadr medical city in Najaf and Central Publıc Health Laboratory in Baghdad. The results revealed that Escherichia coli were the predominant bacteria with 77 (48.2%), while the other bacteria were 55 (34.3%). Out of 160 samples, the negative culture was 28 (17.5%). An antibiotic sensitivity test was performed, a ten different antibiotics were tested for 25 isolates of E. coli strains showed the highest resistance rates to Amoxicillin. Ticarcillin and Tetracycline came after Amoxicillin resistance in E. coli. Multilocus sequence analysis (MLSA) was used to compare 25 E. coli isolates isolated from patients with different UTI infections and different locations. In this study, five housekeeping genes ( fadD, gyrB, mdh, mutS, and rpoS) were used as new MLSA scheme. Of 25 studied samples of E. coli, 21 novel sequence types (STs) were identified according to the new scheme of MLSA. These 21 STs were grouped to five groups and different singletones. The different types of UTI (Urithitis, Vaginitis, cystitis, and pyelonephritis) have impact on the resulted genotypes, where most samples of the upper UTI infection were grouped in STs that are different than the lower UTI infection. All 5 housekeeping genes showed polymorphic changes. gyrB gene was the most polymorphic gene, where generate 12 alleles. In comparison, the rpoS was the less polymorphic gene, which generate 9 alleles. This study it has been proven that novel MLSA scheme has high discriminately power to differenciate among pathogenic bacteria. After studying the five housekeeping genes (fadD, gyrB, mdh, mutS, and rpoS) at the molecular level, the following molecular techniques eBURST analysis, circular phylogenetic analysis, split-decomposition analysis, and phylogram analysis were used to draw a conclusion. The E. coli samples were used to identify the most pathogenic strains. The majority of the E. coli was found in Al-Basra city, which was followed by Al-Najaf, Baghdad, and Al-Muthanna. E. coli urinary tract infection areas with the highest prevalence rates were also found. Escherichia coli was more common in the vagina than in the bladder, ureters, or pyelonephritis.
Benzer Tezler
- Kanatlı hayvan ve ürünleri kaynaklı salmonellaların serotiplendirilmesi ve genotiplendirilmesi
Serotyping and genotyping of salmonellae of poultry and poultry product origin
ZAFER ATA
Doktora
Türkçe
2016
Besin Hijyeni ve TeknolojisiUludağ ÜniversitesiBesin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE GÜL EYİGÖR
- Şanlıurfa ilindeki Salmonella enterica subsp. enterica sürveyans çalışması
Salmonella enterica subsp. enterica sürveyans study in Şanlıurfa city
İLHAN ÜNER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
MikrobiyolojiHarran ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FADİLE YILDIZ ZEYREK
- Burkholderia türlerinin moleküler yöntemlerle tiplendirilmesi, türler arasında biyofilm oluşumu ve antibiyotik direnç farklılığının belirlenmesi
Multilocus sequence analysis, biofilm production, antibiotic susceptibility and synergy tests of burkholderia species in patients with and without cystic fibrosis
HAVVA ÖZLEM ALTAY AKIŞOĞLU
Doktora
Türkçe
2018
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE GÜLŞEN HASÇELİK
- Bazı nocardioform izolatların 16S rRNA, rpoB ve gyrB gen dizi analizleri ile moleküler sistematiği
Moleculer systematic of some nocardioform isolates by 16S rRNA, rpoB and gryB gene sequencing analyses
FADİME ÖZDEMİR KOÇAK
- Karbapenem dirençli acinetobacter baumannii klinik izolatlarının moleküler epidemiyolojisinin araştırılmasında farklı yöntemlerin karşılaştırılması
Comparison of different methods in the investigation of molecular epidemiology of clinical isolates of carbapenem resistant acinetobacter baumannii
GÜLŞEN ULUÇAM ATAY
Doktora
Türkçe
2019
MikrobiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜLÇİN BAYRAMOĞLU